AUtodock

虚拟筛选, 反向对接与分子动力学模拟

autodock也可以做虚拟筛选。zinc提供了三千五百万个小分子以供docking从ZINC中寻找小分子http://zinc.docking.org/substances/h
Peng_001·2024-01-14 13:10

[文献学习] 运行AutoDock Vina进行虚拟筛选的1001种方法

Jaghoori,M.M.,Bleijlevens,B.&Olabarriaga,S.D.1001WaystorunAutoDockVinaforvirtualscreening.JComputAidedMolDes30,237–249(2016).https://doi.org/10.1007/s10822-016-9900-9Autodockvina是个popular分子对接软件，因为其免费且
小芊要努力·2023-10-20 08:28

分子共价对接（Covalent Docking）

常用的共价对接软件有CovDock，AutoDock4，FITTED，GOLD，ICM-Pro与MOE等。
发呆的比目鱼·2023-10-17 10:06

Autodock vina 对接教程

Autodock对接网上有很多教程可以用，官方的也写的非常好，这里贴下下载的地址MGLtoolhttp://mgltools.scripps.edu/downloadsAutodockvinahttp:
xiaolan39·2023-10-10 19:46

AutoDock Vina 对接计算（大批量）

AutoDockVina1.2.0对接计算（大批量）AutoDockVina1.2.0的示例应用：A)对接多个配体(PDB5x72)；B)使用AutoDock4(PDB4ykq)的水合对接方案与水分子对接
MurphyStar·2023-09-22 19:43

AutoDock Vina多配体对接 (Simultaneous Multiple Ligand Docking)

1.多配体分子对接简介多配体分子对接（SimultaneousMultipleLigandDocking,SMLD）或（MultipleLigandSimultaneousDocking,MLSD）是一种分子对接技术，用于将多个配体（小分子药物候选物）同时对接到一个蛋白质分子的结合位点。与传统的分子对接技术不同，传统方法通常只考虑一个配体与一个蛋白质的相互作用。SMLD的目标是更高效地研究多个配体
MurphyStar·2023-09-22 19:43

蛋白与小分子共价连接的dock方法

这里写自定义目录标题简单介绍Linux安装conda的安装软件安装蛋白质与小分子的准备将小分子与相应的氨基酸连接autodock加粗样式简单介绍本教程主要介绍蛋白质与小分子共价连接的dock实现方法。
非儒·2023-09-21 23:49

学习药物设计入门案例---分子对接（Autodock）

1.从file里面读取大分子受体蛋白4zau.pdb，在edit里面加氢，去水，计算电荷，设置原子类型ASSIGNAD4,去水，最后保存为PDBQT的格式。1.PDBQT的格式。2.从ligand里面open小分子配体azd9291.pdb.弹出提示框点击确定。然后在ligand里面choose该配体。接下来判定配体的root。ADT菜单栏：Ligand->TorsionTree->DetectR
YHJX57·2023-09-21 00:01

计算机药物设计---分子对接--薛定谔--AUTODOCK等案例解析

生物分子互作基础1.生物分子互作用研究方法1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理1.2分子对接研究生物分子相互作用1.3蛋白蛋白对接研究分子相互作用蛋白数据库1.PDB数据库介绍1.1PDB蛋白数据库功能1.2PDB蛋白数据可获取资源1.3PDB蛋白数据库对药物研发的重要性2.PDB数据库的使用2.1靶点蛋白结构类型、数据解读及下载2.2靶点蛋白结构序列下载2.3靶点蛋白背景分析及相关数据资源
YHJX57·2023-09-21 00:30

使用Autodock Vina进行分子对接

根据OlegTrott等人测试结果，与AutoDock4相比，AutoDockVina显着提高了结合模式预测的准确度。此外，Vina可以利用系统上的多个CPU内核来显着缩短其运行时间。
wufeil·2023-06-09 12:23

同源建模、小分子构建、小分子化合物库、生物分子互作用ⅠAutodock

计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。同源建模课程内容：1.同源建模原理介绍1.1同源建模的功能及使用场景1.2同源建模的方法2.Swiss-Model同源建模；2.1同源蛋白的搜索（blast等
桃子0·2023-06-07 01:33

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响

速度vs精度：在AutoDockVina中，不同对接盒子BoxSize、Exhaustiveness对配体姿势精度的影响介绍：在AutodockVina的中，用户需要提供两个关键的相关参数:1)盒子大小（BoxSize），即对接搜索空间的大小;2)Exhaustiveness，即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成，其中包括对评分函数及其在位置-方向-扭矩坐标中
NDLilaco·2023-04-16 03:37

3.Autodock使用大分子蛋白处理（20180706）

1.把小分子删掉Edit--Delete--DeleteMolecular--选中--Delete2.载入蛋白质分子File--ReadMolecular--找到对应蛋白的pdb文件--打开3.根小分子一样加氢4.根小分子一样加电荷5.处理指定为对接的蛋白质Grid--Macromolecule--choose--选中--点击Select--确定默认存为.pdbqt文件6.存好后点Grid--se
YX_Andrew·2023-04-02 16:57

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

AutoDock网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/进入网站首页点击downloads，进入下载页面，需要从这里下载2个软件，AutoDock4.2和mgltools。
【云森】·2023-02-06 09:21

Linux中autoduck批量对接,利用AutoDOCK进行分子对接（一）

8种机械键盘轴体对比本人程序员，要买一个写代码的键盘，请问红轴和茶轴怎么选？分子对接(Moleculer-docking)理论分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接在酶学研究和药物设计中具有重要的应用意义。分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。其思想起源于F
异想天开的猴·2023-02-06 09:50

Linux中autoduck批量对接,科学网—用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 - 杜文义的博文...

Autodock分子对接教程Firstrelease：2017-12-20Lastupdate:2018-07-24Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是，目前最新的版本是AutoDock4.2.6
solomonhume·2023-02-06 09:50

AutoDock分子对接

软件自选，Dock,AutoDock…二、操作过程记录及结果1、软件下载与安装AutoDock下载安装进入AutoDock官网下载安装http://autodock.scripps.edu/downloads
wangyunpeng_bio·2023-02-06 09:19

用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接

Autodock分子对接教程Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock4.2.6，包括AutoDock
Molecular_Model·2023-02-06 09:19

AutoDock Vina批量分子对接|Linux系统+Windows系统|R语言+Bash+Python|22.6.17更新

本文是关于一个受体与多个配体的分子对接批处理。由于作者本人也是赶鸭子上架，写出来的脚本比较简单，请见谅。此外，由于对某个语言某个包的喜爱与使用，作者用到的编程工具比较杂，但是可以作为思路参考。当然，如果您具备条件，也可以选择复刻，本文章的代码都被跑过，请根据自己需要修改参数（内含中文不能直接跑）与编程。作者：Squirrelity（CSDN)一、获取受体WIndows系统从https://www.
Squirrelity·2023-02-06 09:47

【实用教程】使用Autodock进行蛋白-小分子对接

这里写自定义目录标题软件下载三维结构文件获取Autodock使用打开Autodock配体小分子准备蛋白质大分子的分割运行AutoGrid4进行分子对接运行AutoDock4对接结果查看及评估使用PLIP
Eumenidus·2023-02-06 09:16

学习discovery studio对对接结果进行分析

经过autodock软件完成分子对接后，我们可以得到前几个打分值较高的对接构象，在autodock内保存为pdb文件。在DiscoveryStudio内打开。
黄思博呀·2023-02-06 09:46

auto dockvina 安装-linux

autodockvina下载地址1、解压安装包chomd+xvinachomd+xvina_split2、环境变量设置autodockexportPATH=$PATH:/efs/software/autodock_vina
DoubleT_2aac·2023-02-04 00:30

CADD生物药物分子相互作用、虚拟筛选

蛋白结构分析-Pymol4：同源建模-用2019-nCoVspike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型5：小分子构建-分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子6：小分子化合物库、数据库7：生物分子互作用Autodock
Hbaixue·2023-01-05 15:24

CADD药物设计专题干货总结

PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模\Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测\构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术生物分子互作基础1.生物分子互作用研究方法1.1蛋白-小分子
Angus_1·2023-01-05 15:22

免费虚拟筛选软件 - PyRx

PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件。目前只有0.8版本是免费的（grosetta后台回复：‘pyrx’），其余的版本都存在版权限制。
grosetta·2022-12-11 15:58

CADD--Amber分子动力学--Schrodinger薛定谔--Pymol--AutoDock 等系列专题会议

专题一《计算机辅助药物设计CADD专题》为基础专题，共计4天，采用“理论+实操”模式，详细讲授PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析
m0_64731599·2022-11-19 03:22

4.Autodock使用最后一步docking

1.首先Docking--Macromolecule--Setrigidfilename找到文件夹下面的protein.pdbqt文件--打开选定蛋白质分子2.再点击Docking--ligand--open--找到文件夹下面的ligand.pdbqt--打开--accept（接受默认小分子参数）3.记下来选择Docking算法--searchparameters--localsearchpara
YX_Andrew·2021-06-21 17:58

Autodock vina 和MGL tools linux版本操作（命令行操作）

总结：step1.MGLtools蛋白质Edit——加polarH，加Kollman电荷后，Grid——Macromolecule——choose，自动保存pro1.pdbqt配体Ligand——Input——QuickSetup，自动保存.out.pdbqtstep2.AutodockVina写参数文件config1.txtreceptor=clusters_0001_model1.pdbqtl
小芊要努力·2021-03-01 18:40

分子对接简要教程（autodock）

使用autodock的小伙伴们，按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话，也基本是这个步骤。
ZJayHan·2020-08-16 07:57

Autodock分子对接完结&总结

1.Grid（1）打开蛋白，“Grid->Macromocule->Open”，打开“r.pdbqt”。弹出的对话框，点击Yes及确定（2）打开小分子，“Grid->SetMapTypes->Openligand”（3）设置GridBox，“Grid->GridBox…”，打开GridOptions对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。PDB中的蛋白大多能查到结合信息，如果查不到，在不知道结合位点
小洁忘了怎么分身·2020-07-27 15:09

R包shiny开发网页--7.文字、表格与图像的输出

续写于2018.10.5时间过得太快，中间去学了一下autodock，断断续续就过了这么多天，在家也要好好学习！（虽然懒猪基因就自然的特异性表达了）今天系统学习一下输出的东西是怎么得到的。
小洁忘了怎么分身·2019-12-25 01:23

用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接

Autodock分子对接教程Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，目前最新的版本是AutoDock4.2.6，包括AutoDock
duwenyi·2019-12-14 14:21

1.Autodock安装---Autodock五部曲（抄录以前的手写笔记）

1.第一步：autodock的安装A：Autodock4安装文件autodock4.2.3_win32.exe下载：http://autodock.scripps.edu/B:MGLTools图形化软件安装文件
YX_Andrew·2019-01-16 15:08

pbs 书写

bin/sh#PBS-lnodes=1:ppn=8#PBS-qstudents#PBS-joe#PBS-Nhemecd/home/sxtian/cf3/CF3-Cl/usr/local/chemsoft/autodock4.2.2.1
大漠驼铃·2009-12-08 09:00
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