关于方差分解的内容之前已经分享过两篇推文
之前的推文分享过一篇
内容是重复了一篇 Nature Ecology&Evolution期刊论文的方差分解过程，虽然对运行过程还是不太理解，但是能得到结果。今天的推文我们利用得到的结果复现一下论文中的Figure4a
image.png
前面的计算过程可以参考推文
现在是假设我们已经拿到了计算结果，需要作图，组图用到的示例数据如下
image.png
（这里不再提供示例数据和代码的下载链接，因为发现有人用我的推文的示例数据和代码写公众号，他还申请原创，有点过分了）
（如果需要示例数据和代码的话可以留言，实名制 加我的微信）
读取数据
df<-read.csv("mydf.csv",check.names = F)
df
准备配色
cols<-c("#9832cb","#6a8d23","#fc0000","#4776fd","#f2a260")
首先是左侧的点线图
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(ggh4x)
df %>%
mutate(group=fct_relevel(group,
c("Geo","Abiotic","Richness","Mean/Var","Skew/Kurt"))) %>%
group_by(group) %>%
arrange(Estimate,.by_group = T) %>%
mutate(var=fct_relevel(var,var)) %>%
mutate(signi=case_when(
`Pr(>|z|)` > 0.05 ~ '',
`Pr(>|z|)` < 0.05 & `Pr(>|z|)` >= 0.01 ~ '*',
`Pr(>|z|)` < 0.01 & `Pr(>|z|)` >= 0.001 ~ '**',
`Pr(>|z|)` < 0.001 ~ '***'
)) %>%
ggplot(aes(x=Estimate,y=var))+
geom_linerange(aes(xmin=Estimate-`Std. Error`,
xmax=Estimate+`Std. Error`,
color=group))+
geom_point(aes(color=group))+
theme_minimal()+
labs(x="Parameter Estimate",y=NULL)+
scale_x_continuous(limits = c(-0.2,0.3),
breaks = c(-0.2,-0.1,0,0.1,0.2))+
guides(x=guide_axis_truncated(trunc_lower = -0.2,
trunc_upper = 0.2))+
theme(axis.text.y = element_blank(),
axis.ticks.y = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
axis.line.x = element_line(),
axis.ticks.x = element_line(),
legend.position = "none")+
scale_color_manual(values = rev(cols))+
geom_text(aes(x=0.15,label=var),
hjust=0,parse = T)+
geom_text(aes(x=0.25,label=signi))
image.png
然后是右侧的堆积柱形图
df %>%
mutate(group=fct_relevel(group,
rev(c("Geo","Abiotic",
"Richness","Mean/Var",
"Skew/Kurt")))) %>%
group_by(group) %>%
summarise(sum_value=sum(abs(Estimate))) %>%
mutate(new_col=sum_value/sum(sum_value)) %>%
ggplot(aes(x=1,y=new_col,label=group))+
geom_col(aes(fill=group),
show.legend = F)+
scale_fill_manual(values = cols)+
scale_y_continuous(expand = c(0,0))+
theme_minimal()+
theme(axis.text.x = element_blank(),
axis.title.x = element_blank(),
axis.line.y = element_line(),
axis.ticks.y = element_line(),
plot.title = element_text(hjust=0.5))+
labs(y="Relative efect of estimates (%)",
title = expression(Adj.R^2==0.66))+
geom_text(aes(x=1,
y=rev(c(0.03,0.25,0.43,0.6,0.8)),
label=group))
image.png
最后是拼图
library(patchwork)
p2+p1+plot_layout(widths = c(0.5,3))
image.png
这个就是最终的结果，论文中原图有的文字是斜体，这个用代码实现暂时想不到比较好的办法了，可以出图后手动编辑
如果需要推文示例数据和代码可以在推文下方留言，实名制加我的微信 我发送示例数据和代码的下载链接
欢迎大家关注我的公众号
小明的数据分析笔记本
小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！