NCBI下载nt/nr/swissprot库

NCBI下载nt/nr/swissprot库

1. 确定你要下载文件的位置

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

2. 进行下载

方法一：使用wget，nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 2>&1 &

方法二：使用ascp，nohup /path/.aspera/connect/bin/ascp -v -QT -l 400m -k1 -i /path/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/blast/db/FASTA/nt.gz /home/Database/nt/ 2>&1 &

3. 下载注意事项

方法一

①wget支持断点续传，若因为网络问题中断下载，可执行nohup wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 2>&1 &，从而再次下载。
②如若不小心是用来命令nohup wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 2>&1 &，进行下载，即使下载完成，但是下载的nt.gz文件不能进行解压（无法使用，等于白干了~~血泪教训）

给大家看图

这是下载的ftp，所以在解压时，出错


只能重新下载，使用https，进行加压

方法二

①安装ascp，你可以参考我的另一篇文章，也可以自行下载安装

②我发现，因为服务器的不同，这一软件运行的速率也不同。可能是150Mb/s，也有10Mb/s。请读者自行斟酌

4. 下载完成，进行解压，为makeblastdb，准备输入文件

nohup gunzip -c ./nt.gz > ./nt.fa 2>&1 &（保留原文件，以便出现问题重复下载）
注意：这里为什么一定要解压，是makeblastdb不支持压缩包输入

以上都是本人遇到的问题，如有错误，希望大家指正，共同学习