- dell服务器centos启动后进入emergency mode模式解决方法
探序基因
生信服务器运维服务器运维
碱基跳动计算机研究院整理作者的服务器最近不能登陆,以为是服务器故障,结果重启动后,提示welcometoemergencymodel!Afterloggingin,type"journalctl-xb"orviewsystemlogs,之类的提示。输入root密码登陆后,输入journalctl-xb,也不太看得懂里面的长篇大论。服务器启动的过程中,也隐约能看到有时候提示ERROR。登陆紧急模式的
- 基于深度学习的基因组数据分析
SEU-WYL
深度学习dnn深度学习数据分析人工智能
基于深度学习的基因组数据分析利用深度学习技术来处理和分析基因组数据,帮助解决基因组学领域中一些复杂且具有挑战性的问题。这种方法已经在疾病预测、基因功能预测、变异检测、基因表达调控分析、个性化医疗等方面取得了显著进展。1.基因组数据分析的核心挑战基因组数据分析涉及以下主要挑战:高维数据与稀疏性:基因组数据通常包括数百万到数十亿个碱基对,数据维度非常高。同时,许多基因变异事件是稀有的,这种稀疏性使得数
- Trimmomatic 数据过滤
生信编程日常
Trimmomatic是一个很常用的Illumina平台数据过滤工具。支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。用法:Trimmomatic=~/biotools/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jaradapter=~/biotools/Trimmomatic-0.36/adapte
- 生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim
程序员
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高通量测序仪产出的测序数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量3'区域。该程序允许接头序列和poly-A序列的不精确匹配(从而考虑到由测序错误导致的错配和插入/缺失)。此工具还可以对reads应用低复杂性(“dust”)过滤器,或计数并折叠重复reads,这
- 简并碱基
我想养只猫zhl
以下简并碱基所代表的字母在NCBI-Blast,primerpremier,oligo等软件中能够被识别,故可放心使用。简并/混合碱基A+C+G→V简并/混合碱基A+T+G→D简并/混合碱基T+C+G→B简并/混合碱基A+T+C→H简并/混合碱基A+T→W简并/混合碱基C+G→S简并/混合碱基T+G→K简并/混合碱基A+C→M简并/混合碱基C+T→Y简并/混合碱基A+G→R简并/混合碱基A+G+C
- 2022-12-01
图灵基因
Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化(2)原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术,碱基特异性原位测序(BaSISS),已经绘制并跟踪了乳腺癌肿瘤的细胞和组织环境,提供了一些驱动癌症进展的分子因素的见解。这项研究揭示了哪些乳腺癌细胞群对疾病的传播负有责任,并首次强调了癌细胞在肿瘤生长中的位置的重要性。这项新的研究
- 遗传学经典选择题
JQYP
1.遗传病特指(c)A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是(b)A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时,遗传信息的基本流动方向是(d)A.RNA→DNA→蛋白质B.DNA→RNA→蛋白质CtRNA→mRNA→蛋白质DDNA→mRNA→蛋白质4遗传密码表中的遗传密码是以以下何种分子的5`→3`方向的碱基三联体表示(b)ADN
- 2022-01-27
学习生信的小兔子
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号;第3行以“+”开始,可以储存一些附加信息,但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息,与第2行的碱基序列是一一对应的,其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
- 2020-03-07 知识笔记
君马白
博学超突变:B细胞在识别抗原、被刺激增殖过程中,发生的超过正常增殖突变率的体细胞突变。肿瘤突变负荷:肿瘤细胞每单位碱基发生的突变数目。《国富论》分工可以提高生产力。原因有三:员工的熟练程度提升、减省切换工种所浪费的时间、简单的工作促进工具的开发。《小狗钱钱2》金先生的三条建议:1.尊重他人,对他人友善;2.不去抱怨这世间的不公,因为它全无用处;3.不去说他人的坏话,挖掘别人的闪光点可以让自己更为积
- <<代码整洁之道>> 总结
山钬君
按照阅读顺讯进行总结,将书中每一个章节内容进行简要总结。一命名只做有意义的命名,并且能见名知意。1.类名对象名只可使用名词或短语2.禁止在接口文件命名使用“I”作为前缀3.制定命名约定,团队中需准守4.禁止复杂的描述,精简并能完整表达意思即可二函数把一件事情拆成若干件小事,会感觉每件小事都是那么容易。1.函数入参量尽量减少2.try/catch必须与逻辑主体进行分离3.
- 对基因编码的一点思考
幽幽86129
昨天看到朋友圈里在疯转一篇关于基因编辑婴儿诞生的文章,滑了几下,瞄了几眼,没看懂。出于对遗传生物学的兴趣(当初学生物工程专业就是因为喜欢学生物哇),今天又把这篇文章从头到尾仔细看了一遍。文章里说一位科学家利用基因编辑技术,修改了编码CCR5蛋白的基因,把这个基因修改成了它在自然界的突变体CCR5Δ32,二者的区别是:后者比前者少了32个碱基对。这个突变体的外在表现是,可以让一个人增强对HIV-1病
- 开始极简了
小七小七是只猫
这是我最想写的一个题目,也是我今年身体力行一直在实践的最重要的事情之一。极简不仅是一个主张更是一种生活方式。曾经以为我是一个物质欲很低的人,本身就很简单,一直喜欢muji这样沉静简单的设计,直到有一次搬家,我发现极简并没有那么简单。因为房东很着急收房,搬家的时间就在三天之内,我收拾了一个行李箱,几个纸盒,去外面买了几只结实的编织袋开始往里面扔,当时还没有做极简的意识几乎是什么都要带走的,临时住回老
- Q30与Phred值
新欣enjoy
转录组测序数据中,经常会出现Q30或Phred值,它们究竟是什么含义?Q30表示一个碱基的质量值,也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30,错误率为0.1%,正确率为99.99%。同理Q40表示错误率为0.01%,正确率为99.999%。二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%
- 理解生物信息学FASTA格式
陈佶1
在生物信息学中,FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下:第一行是由大于号">"开头的任意文字说明,用于序列标记,为了保证后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性。;从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸
- C语言:基因相关性
籽寒12
c语言
题目描述为了获知基因序列在功能和结构上的相似性,经常需要将几条不同序列的DNA进行比对,以判断该比对的DNA是否具有相关性。现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对,如果一个碱基对中的两个碱基相同的话,则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例,如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的,否则不相关。输入格式有三行,第一行是用来判定
- 《简•爱》读后感
偶偶_baf9
作者汤玘珣简自幼就生活在姨妈家里,但过的并不好,大家都很嫌弃她。后来她顶撞了姨妈,被逐出了家门,被送往了罗沃德寄宿学校。学校的主人罗克赫斯特经常找简的麻烦,还诋毁她,不过简并不害怕,她与同样受辱的海伦·彭斯成为了朋友,并从她那儿懂得了许多知识。可惜一场肺病夺去了海伦的生命。几年后简来到了桑菲尔德,担任法国姑娘阿黛勒的家庭教师。大宅的主人罗切斯特先生爱上了她,简也同意了罗切斯特先生的求婚。但发现罗切
- 文件格式——FASTA
oddxix
FASTA文件的格式在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。名字中最后一个字母A,是Alignment的意思,最初是由William.R.Pearson和David.J.Lipman在1988年所编写,目的是用于生物序列数据的处理,把FASTA作为这
- HGVS规则下的变异命名(三) | 蛋白水平变异命名,知识点来袭!!!
基因部落
本文首发于微信公众号“基因部落”,欢迎关注,获取更多干货。HGVS规则下的变异命名专题,不知不觉已经到了最后一期,这一期,分享一下关于蛋白水平的变异命名,本专题的三篇文章看下来,今后的变异命名和变异解读应该可以风雨无阻了(先给自己点个赞)。三个碱基组成一个密码子,翻译成一个氨基酸,碱基的变异可导致不同种类的氨基酸的变化,比如:一个氨基酸变成另一份氨基酸:错义突变(missense)一个氨基酸变成终
- 一、二、三、四代测序技术原理详解
生信空间
测序技术是基因组学的核心技术,上期的推送【LAI:基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实,测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念:“生命是序列的”和“生命是数据的”。序列是基因组学最基本最重要的数据,也是生命科学领域大数据时代的核心组成部分。简单来说,测序技术就是将DNA/RNA分子中碱基ATGC的排列顺序显示出来。1953年,Watson和Crick提出DNA双
- Nucleosome, Recombinant Human, H2BK120ub1 dNuc, Biotinylated
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表观遗传学染色质生物学组蛋白H2B
EpiCypher(国内授权代理商欣博盛生物)是一家为表观遗传学和染色质生物学研究提供高质量试剂和工具的专业制造商。EpiCypher生产的在E.coli中表达的重组人单核小体(组蛋白H2A、H2B、H3和H4各2个;accessionnumbers:H2A-P04908;H2B-O60814;H3.1-P68431;H4-P62805)由601位处的147个DNA碱基对缠绕在组蛋白上构成。组蛋白
- Meta小课题:K-mer
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RPKM,FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去,当您进行RNA测序时,您以RPKM(ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion每千碱基百万个碎片)报告结果。但是,TPM(TranscriptsPerKilobaseMillion每千碱基记录本)现在变得非常流行。由于这些术语似
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最近开始了分子生物学中质粒设计和构建实验,其中设计到无缝连接克隆,正好借着这个机会温故和知新,一只小菜鸟的学习之旅开始了。一.最最最基础的PCR反应聚合酶链式反应(PCR)是基于碱基互补配对原则,通过温度的变化去控制DNA复制的三个主要步骤:变性,退火和复性。下面图1是最基础的PCR扩增循环示意图。图1.PCR基础扩增过程(三步法)来自https://www.takarabiomed.com.cn
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my%degenerate=("A,G"=>"R","C,T"=>"Y","A,C"=>"M","G,T"=>"K","G,C"=>"S","A,T"=>"W","A,T,C"=>"H","G,T,C"=>"B","G,A,C"=>"V","G,A,T"=>"D","A,T,G,C"=>"N");
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转自:https://mp.weixin.qq.com/s/EFhFnAc25tCo4-kqdUSt8g人类遗传学领域的核心是遗传变异研究。迄今为止,绝大多数遗传研究都集中在单核苷酸变异(Single-nucleotidevariants,SNVs)上。据统计,每个人类基因组大约有20,000个结构变异(Structuralvariations,SVs),跨越1,000万个碱基对,是受SNVs影响
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考拉王的桉树
今日idea:讨论老板让我尝试改进方法为单碱基,有难度,以后的课题再说,这次就100bp吧。另外让我质谱测Tg含量,拉倒吧,不会对文章档次有任何影响,如果审稿人问到再说。今日反思:主动承担旅程中更多的责任,当司机、找餐馆,让考拉幸福地享受旅程就好。今日idea:癌细胞迁移性+epigenetics+singlecell5mCSeq。今日反思:勤奋,晚上空闲时间利用起来,文献、审稿,越早完成效果越好
- 关于日常的点点滴滴
紫微妈咪
化妆;如果你真的不喜欢化妆或没这个功夫,也不必过于纠结,保持干净整洁,于得体之中展现自己真实而自在的独特气质,也不失为一种美丽。购物:一定不要有捡便宜的心理,再便宜的东西,如果并不需要,它就是垃圾。而我们的家,不是堆放垃圾的地方。着装:精致与极简并不矛盾。极简不是粗陋,而是懂得取舍;极简也不是价格便宜,而是建立自己的风格体系,只选择适合自己的衣服。少而精,少而美即是正道。工作;既使面对并不怎么喜欢
- 高分文章热门测序结果验证方法,解决你的选择困扰
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随着测序技术的发展和应用的普及,研究者们在拿到大量的测序结果后,面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里,我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧,总有一种适合你。SangerSanger测序原理(图1)[1]:选择的DNA序列是用一个测序反应制备的,其中脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)与终止的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)结合。每个链末端的核苷酸都用碱基特有的颜色标记。测序反应生成所
- LeetCode[位运算] - #137 Single Number II
Cwind
javaAlgorithmLeetCode题解位运算
原题链接:#137 Single Number II
要求:
给定一个整型数组,其中除了一个元素之外,每个元素都出现三次。找出这个元素
注意:算法的时间复杂度应为O(n),最好不使用额外的内存空间
难度:中等
分析:
与#136类似,都是考察位运算。不过出现两次的可以使用异或运算的特性 n XOR n = 0, n XOR 0 = n,即某一
- 《JavaScript语言精粹》笔记
aijuans
JavaScript
0、JavaScript的简单数据类型包括数字、字符创、布尔值(true/false)、null和undefined值,其它值都是对象。
1、JavaScript只有一个数字类型,它在内部被表示为64位的浮点数。没有分离出整数,所以1和1.0的值相同。
2、NaN是一个数值,表示一个不能产生正常结果的运算结果。NaN不等于任何值,包括它本身。可以用函数isNaN(number)检测NaN,但是
- 你应该更新的Java知识之常用程序库
Kai_Ge
java
在很多人眼中,Java 已经是一门垂垂老矣的语言,但并不妨碍 Java 世界依然在前进。如果你曾离开 Java,云游于其它世界,或是每日只在遗留代码中挣扎,或许是时候抬起头,看看老 Java 中的新东西。
Guava
Guava[gwɑ:və],一句话,只要你做Java项目,就应该用Guava(Github)。
guava 是 Google 出品的一套 Java 核心库,在我看来,它甚至应该
- HttpClient
120153216
httpclient
/**
* 可以传对象的请求转发,对象已流形式放入HTTP中
*/
public static Object doPost(Map<String,Object> parmMap,String url)
{
Object object = null;
HttpClient hc = new HttpClient();
String fullURL
- Django model字段类型清单
2002wmj
django
Django 通过 models 实现数据库的创建、修改、删除等操作,本文为模型中一般常用的类型的清单,便于查询和使用: AutoField:一个自动递增的整型字段,添加记录时它会自动增长。你通常不需要直接使用这个字段;如果你不指定主键的话,系统会自动添加一个主键字段到你的model。(参阅自动主键字段) BooleanField:布尔字段,管理工具里会自动将其描述为checkbox。 Cha
- 在SQLSERVER中查找消耗CPU最多的SQL
357029540
SQL Server
返回消耗CPU数目最多的10条语句
SELECT TOP 10
total_worker_time/execution_count AS avg_cpu_cost, plan_handle,
execution_count,
(SELECT SUBSTRING(text, statement_start_of
- Myeclipse项目无法部署,Undefined exploded archive location
7454103
eclipseMyEclipse
做个备忘!
错误信息为:
Undefined exploded archive location
原因:
在工程转移过程中,导致工程的配置文件出错;
解决方法:
 
- GMT时间格式转换
adminjun
GMT时间转换
普通的时间转换问题我这里就不再罗嗦了,我想大家应该都会那种低级的转换问题吧,现在我向大家总结一下如何转换GMT时间格式,这种格式的转换方法网上还不是很多,所以有必要总结一下,也算给有需要的朋友一个小小的帮助啦。
1、可以使用
SimpleDateFormat SimpleDateFormat
EEE-三位星期
d-天
MMM-月
yyyy-四位年
- Oracle数据库新装连接串问题
aijuans
oracle数据库
割接新装了数据库,客户端登陆无问题,apache/cgi-bin程序有问题,sqlnet.log日志如下:
Fatal NI connect error 12170.
VERSION INFORMATION: TNS for Linux: Version 10.2.0.4.0 - Product
- 回顾java数组复制
ayaoxinchao
java数组
在写这篇文章之前,也看了一些别人写的,基本上都是大同小异。文章是对java数组复制基础知识的回顾,算是作为学习笔记,供以后自己翻阅。首先,简单想一下这个问题:为什么要复制数组?我的个人理解:在我们在利用一个数组时,在每一次使用,我们都希望它的值是初始值。这时我们就要对数组进行复制,以达到原始数组值的安全性。java数组复制大致分为3种方式:①for循环方式 ②clone方式 ③arrayCopy方
- java web会话监听并使用spring注入
bewithme
Java Web
在java web应用中,当你想在建立会话或移除会话时,让系统做某些事情,比如说,统计在线用户,每当有用户登录时,或退出时,那么可以用下面这个监听器来监听。
import java.util.ArrayList;
import java.ut
- NoSQL数据库之Redis数据库管理(Redis的常用命令及高级应用)
bijian1013
redis数据库NoSQL
一 .Redis常用命令
Redis提供了丰富的命令对数据库和各种数据库类型进行操作,这些命令可以在Linux终端使用。
a.键值相关命令
b.服务器相关命令
1.键值相关命令
&
- java枚举序列化问题
bingyingao
java枚举序列化
对象在网络中传输离不开序列化和反序列化。而如果序列化的对象中有枚举值就要特别注意一些发布兼容问题:
1.加一个枚举值
新机器代码读分布式缓存中老对象,没有问题,不会抛异常。
老机器代码读分布式缓存中新对像,反序列化会中断,所以在所有机器发布完成之前要避免出现新对象,或者提前让老机器拥有新增枚举的jar。
2.删一个枚举值
新机器代码读分布式缓存中老对象,反序列
- 【Spark七十八】Spark Kyro序列化
bit1129
spark
当使用SparkContext的saveAsObjectFile方法将对象序列化到文件,以及通过objectFile方法将对象从文件反序列出来的时候,Spark默认使用Java的序列化以及反序列化机制,通常情况下,这种序列化机制是很低效的,Spark支持使用Kyro作为对象的序列化和反序列化机制,序列化的速度比java更快,但是使用Kyro时要注意,Kyro目前还是有些bug。
Spark
- Hybridizing OO and Functional Design
bookjovi
erlanghaskell
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Tell Above, and Ask Below - Hybridizing OO and Functional Design
文章中把OO和FP讲的深入透彻,里面把smalltalk和haskell作为典型的两种编程范式代表语言,此点本人极为同意,smalltalk可以说是最能体现OO设计的面向对象语言,smalltalk的作者Alan kay也是OO的最早先驱,
- Java-Collections Framework学习与总结-HashMap
BrokenDreams
Collections
开发中常常会用到这样一种数据结构,根据一个关键字,找到所需的信息。这个过程有点像查字典,拿到一个key,去字典表中查找对应的value。Java1.0版本提供了这样的类java.util.Dictionary(抽象类),基本上支持字典表的操作。后来引入了Map接口,更好的描述的这种数据结构。
&nb
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-职责链模式-Chain Of Responsibility
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
/**
* 业务逻辑:项目经理只能处理500以下的费用申请,部门经理是1000,总经理不设限。简单起见,只同意“Tom”的申请
* bylijinnan
*/
abstract class Handler {
/*
- Android中启动外部程序
cherishLC
android
1、启动外部程序
引用自:
http://blog.csdn.net/linxcool/article/details/7692374
//方法一
Intent intent=new Intent();
//包名 包名+类名(全路径)
intent.setClassName("com.linxcool", "com.linxcool.PlaneActi
- summary_keep_rate
coollyj
SUM
BEGIN
/*DECLARE minDate varchar(20) ;
DECLARE maxDate varchar(20) ;*/
DECLARE stkDate varchar(20) ;
DECLARE done int default -1;
/* 游标中 注册服务器地址 */
DE
- hadoop hdfs 添加数据目录出错
daizj
hadoophdfs扩容
由于原来配置的hadoop data目录快要用满了,故准备修改配置文件增加数据目录,以便扩容,但由于疏忽,把core-site.xml, hdfs-site.xml配置文件dfs.datanode.data.dir 配置项增加了配置目录,但未创建实际目录,重启datanode服务时,报如下错误:
2014-11-18 08:51:39,128 WARN org.apache.hadoop.h
- grep 目录级联查找
dongwei_6688
grep
在Mac或者Linux下使用grep进行文件内容查找时,如果给定的目标搜索路径是当前目录,那么它默认只搜索当前目录下的文件,而不会搜索其下面子目录中的文件内容,如果想级联搜索下级目录,需要使用一个“-r”参数:
grep -n -r "GET" .
上面的命令将会找出当前目录“.”及当前目录中所有下级目录
- yii 修改模块使用的布局文件
dcj3sjt126com
yiilayouts
方法一:yii模块默认使用系统当前的主题布局文件,如果在主配置文件中配置了主题比如: 'theme'=>'mythm', 那么yii的模块就使用 protected/themes/mythm/views/layouts 下的布局文件; 如果未配置主题,那么 yii的模块就使用 protected/views/layouts 下的布局文件, 总之默认不是使用自身目录 pr
- 设计模式之单例模式
come_for_dream
设计模式单例模式懒汉式饿汉式双重检验锁失败无序写入
今天该来的面试还没来,这个店估计不会来电话了,安静下来写写博客也不错,没事翻了翻小易哥的博客甚至与大牛们之间的差距,基础知识不扎实建起来的楼再高也只能是危楼罢了,陈下心回归基础把以前学过的东西总结一下。
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- 8、数组
豆豆咖啡
二维数组数组一维数组
一、概念
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二、好处
可以自动给数组中的元素从0开始编号,方便操作这些元素
三、格式
//一维数组
1,元素类型[] 变量名 = new 元素类型[元素的个数]
int[] arr =
- Decode Ways
hcx2013
decode
A message containing letters from A-Z is being encoded to numbers using the following mapping:
'A' -> 1
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概述:本文通过实例从同步和异步两种方式上回答了”如何在Swift语言中创建http请求“的问题。
如果你对Objective-C比较了解的话,对于如何创建http请求你一定驾轻就熟了,而新语言Swift与其相比只有语法上的区别。但是,对才接触到这个崭新平台的初学者来说,他们仍然想知道“如何在Swift语言中创建http请求?”。
在这里,我将作出一些建议来回答上述问题。常见的
- Spring事务的传播方式
uule
spring事务
传播方式:
新建事务
required
required_new - 挂起当前
非事务方式运行
supports
&nbs