弗洛伊德的思想对后世影响非常巨大而且深远，但是人们对他学说的质疑，至今都未曾停止过。弗洛伊德最不被认可的原因，就在于他的研究成果大多缺乏实证，很多人认为他的学说是建立在主观的臆测之上，甚至有人说他的学术是伪科学。
弗洛伊德曾32次被提名诺贝尔医学奖（诺贝尔没有心理学奖）候选人，甚至罗曼罗兰给瑞典科学院写信，推荐弗洛伊德为诺贝尔文学奖的候选人。但是这33次提名均未成功。
官方和主流学界对科学的态度历来注重实证，看重使用观察、测量、实验等方式来进行研究的学派，就是说即使是心理学也要有数据、有明证。比如人生病了，科学家能从生病的人体内找到致病物，并可以在临床或者动物实验上加以验证，这就是实证。
弗洛伊德的精神分析研究过分强调无意识的作用，无意识是很难捕捉的一个对象，比如一个人做出一些行为，你说他是在无意识状态下产生的这些行为，但人们无法从他体内获取“无意识”，进而查证出导致某些行为的“致病物”的。无法证实，也无法证伪。因此弗洛伊德的“精神分析学说”成为一个纯理论分析的心理学领域范畴。
1879年，冯特创立了世界上第一个心理学实验室，心理学才正式进入了科学的领域。随着计算机科学的发展，脑电波、脑成像技术的应用，生理心理学和认知心理学的发展越来越引人注目，也就是因为能够获得实证。
而弗洛伊德的精神分析，是用很有限的语言和文字，在探讨着人类内心深处的某种力量（力比多），探讨这些力量是不是我们行为表现的原动力。这种联系太过模糊，太过虚无。
人类的复杂心理活动引发的某些事件，有时候连本人都说不清楚原因和动机，实验室的量化分析更加无从考证。
无论社会如何进步，科技如何发达，测量仪器如何先进，人内心深处的某些意识仍然不会被捕捉到，仍然需要靠主观推定和猜测，这也是为什么各种学派的心理学理论中都有弗洛伊德精神分析学说的影子和印迹。
比如马斯洛为代表的人本主义心理学，关注个体所体验到的主观世界，而不是由观察者或研究者所看到的客观世界。反对在实验室条件下对心理现象进行量化分析。但人本主义太过强调“人是自己命运的主人，人有对自己的行为和生活有自由选择的能力”。
这一点和弗洛伊德的学说有点背道而驰，精神分析提出，人的行为有可能是被不在意识范围内的动机所驱使，人的天性不总是理性的。也就是说，人的行为很多时候是不可控的。
这就能解释，为什么那么多心理障碍者被精神痛苦逼迫崩溃甚至死亡。正常的人也许理解不了，但实际情况是，人在精神疾病的困扰下，根本没有多少选择。
弗洛伊德还认为，人的行为源于本能和原始的冲动，如果某些本能不能得到满足，并被压抑到潜意识中，就会导致精神疾病。这样的理论能够更好地解释某些说不清楚动机的心理事件。
依据这个理论，很多人从自己的原生家庭里，自身的经历中，就可以解释大部分的精神困扰：如小的时候缺少关爱照顾、被暴力（包括语言暴力）对待、被漠视、被过度操控等等，都是源于一些人类的本能欲望没有得到满足，或是没有得到释放，被压抑下来，在成年的时候以情绪障碍、精神困扰、心理疾病的方式爆发的一种结果。
曾有人于1929年批评道：“弗洛伊德的整个精神分析理论，正如我们今天所看到的，主要是基于一个假设，并没有任何科学证据证明，神经症可以追溯到儿童期的性创伤，即便真有这种创伤存在”。
而50年代末，哈洛的“恒河猴实验” （恒河猴和人类有 94% 的基因同源性，它对外界刺激所做出的反应，和人类非常类似或相近。）其中一个结论：严重缺乏回应的婴孩，内心会产生两个激烈情绪：一个是绝望，一个是仇恨。童年的依恋满足，会成为一生的“心理资本”，而童年关爱的缺失，会造成一系列的人生缺失。
（这个实验非常残忍，有些猴子崩溃的状态和疯掉的人类一模一样）
这个实验结论，从某些方面印证了弗洛伊德的“本能压抑”导致精神疾病的理论。
人们发现，弗洛伊德的理论虽然不能够得到清晰的验证，但能合理地解释很多人类的行为、动机和心理现象。所以越来越多的心理学者喜欢延用弗洛伊德的学说理论对心理现象进行解读，并有越来越多的人信服这种解读。
生理心理学界发现很多有心理障碍、受精神疾病困扰的人，有内分泌紊乱的现象，如果适当地用药物或者其它物理治疗给予干预，会对病症起到一定作用。但是治标不治本，一旦停止药物干预就会复发。所以你不能从这种“实证”里说明心理疾病是由内分泌紊乱造成的，可见它并不是根源上的问题。
如果我们从弗洛伊德的学说里反观自我，就能从中找出某些印证，但是如果说找实据，估计没有人能做到。
主流科学界强调现象的验证，弗洛伊德强调挖掘更深层次的本质。如果说主流心理学说是树的枝干、叶的话，弗洛伊德的学说就是根，它在看不见的地方发挥着重要的作用，是一切心理现象的最根源的映像。
在各种层出不穷的心理学理论的辩证厮杀中，弗洛伊德的学说似乎被边缘化了，在正规的教科书里，弗洛伊德的学说以及成就总是得不到很正面的评价。
但是他的学说又像是营养一样，融入到各种心理学派甚至其它学术的血脉中去。
他试图打破人们停留在心理学表象认知的边界，带领人们走得更远。
很多人说，弗洛伊德为人类开辟了一条通往心灵深处的道路。他透过他的洞察力率先看到了真相，他说他看见了，人们不相信。但是我相信，他就是看见了。