【R语言】--- 包(packages)的介绍及其使用方法

包

R提供了很多可以直接调用的功能，这些基础的功能是R自带的。R不仅仅只具备基本的某些功能，其还可以通过可选模块的下载和安装来进行实现更多的功能。据统计，目前已经有大约2500多个包（packages）可以直接从由用户贡献的http://cran.r-project.org/web/packages进行下载安装使用。这些包包含了各种领域，包括地理数据分析、蛋白质质谱分析、心理测验分析及生态学分析等。

包的定义

包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上储存包的目录成为库（library）。函数library()函数能够显示目前library中所包含的所有packages。

library中所含的所有包

R中自带了一系列默认的包（例如base、datesets、utils、stats等），这些默认的包提供众多默认函数和数据集。其他的包（例如ggplot2、vegan等）可以通过下载来进行安装调用。

包的安装

安装包的方式有五种：
1、使用install.packages("包名")进行安装。

install.packages()函数安装vegan包

2、使用Rstudio界面的选项进行安装（包括在线和本地安装两种方式，本地安装需要先进行下载）。

下载vegan包文件

Rstudio界面安装包示意

3、如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关R包，比如edgeR这个包，搜索到后先查看其相关用途，再进行如下安装：

install.packages('BiocManager')
library(BiocManager)
install('edgeR')

下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。

4、安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github函数来进行安装，具体代码如下：

#安装需要的包
install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
#配置环境及调用包（见包的调用部分）
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
#安装github是包
devtools::install_github("OHDSI/Achilles")

github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。

5、从github上下载zip包后离线手动安装（这个方法我一般用于安装各种安装不成功的包）

github中下载包

install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
devtools::install_local("C://Users//ASUS//Desktop//Achilles-master.zip")  
#镜像选择all-- 1

包的载入/调用

包安装成功以后，如果要在R中使用它，就需要使用library()函数来进行载入这个包了。例如要使用vegan包，运行library(vegan)即可。

vegan包的载入/调用

包的使用方法

载入/调用包后，即可使用该包中的函数和数据集了。每个包中会提供岩石学的小型数据集和演示代码，可供我们参考。一般用help(package = "包名")可以输出其包的描述和函数名称列表及数据集。

help()函数调用vegan包的描述和函数名称列表

R语言编程中的常见错误

实践示例

本示例中我们主要完成以下任务：
1、打开帮助文档首页，查看介绍；
2、安装vcd包（可视化类别数据的包）；
3、列出vcd包中可用函数和数据集；
4、载入vcd包并阅读数据集Arthritis的描述和内容；
代码如下：

help.start()
install.packages("vcd")
help(package="vcd")
library(vcd)
Arthritis
example(Arthritis)
q()

安装vcd包

帮助文档首页

介绍

可用函数和数据集

数据集Arthritis