柒月⑩肆
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Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程

Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程

win7，原创

Step1: 导入蛋白结构

蛋白结构使用sybyl进行加H加电荷，去掉水分子，将共价残基处理成反

应态（一般需将反应原子所连接的H原子删除）
Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程_第1张图片
step2: 定义对接口袋

如已有配体，可直接使用配体来定义口袋，默认选取配体6埃范围内的蛋

白结构作为口袋，选取配体可直接在主界面使用file>open，口袋设置

后，口袋内的残基展示为灰色。
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Step3: 选取打分函数
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Step4：选取对接配体

此处可导入单个的配体分子，也可直接导入含多个分子的结构文件，可

在此设置GA Runs参数。
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Step5: 选择对应的打分函数
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Step6：选取构象搜索参数

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Step7：进入高级设置，找到covalent选项，进行共价原子的设定。

注意配体的连接原子有两种设定模式，一种为直接在结构显示界面点中

单个原子（atom），一种为提前将共价基团保存下来（比如直接将硼酸

的warhead保存为mol2文件），然后使用structure file导入，再选中相应

的原子（structure）。
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Step8: 点击run gold运行，运行时注意error界面的报错情况。

使用moe进行warhead处理

1.借助moe中docktite中的step1 warhead screening进行处理。
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2.在ligand中导入需要处理的小分子库

需提前将小分子导入至Moe能识别的mdb库文件，这一步可在file中new

database, 后将小分子添加至database中（可提前将小分子库保存在sdf

格式）

3.选取处理warhead的rxns文件

Moe有一个rxns文件库，其中一个rxn文件（保存在mdb中）在代表处理

一种类型的结构，该文件库默认保存在以上显示的目录。

对于所涉及到的结构处理，可直接从以下目录中寻找相应的mdb文件。

比如以下的bornic.mdb代表处理硼酸结构的文件。
Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程_第11张图片
下图为处理之后的结果，

Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程_第12张图片

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  • C 语言初级 位运算 1140566087 位运算c
    第十章 位运算   1、位运算对象只能是整形或字符型数据，在VC6.0中int型数据占4个字节   2、位运算符： 运算符 作用 ~ 按位求反 << 左移 >> 右移 & 按位与 ^ 按位异或 | 按位或 他们的优先级从高到低；   3、位运算符的运算功能： a、按位取反： ~01001101 = 101
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    14.1 Scripting脚本编程 脚本语言和java这类静态的语言的主要区别是:脚本语言无需编译,源码直接可运行; 如果我们经常需要修改的某些代码,每一次我们至少要进行编译,打包,重新部署的操作,步骤相当麻烦; 如果我们的应用不允许重启,这在现实的情况中也是很常见的; 在spring中使用脚本编程给上述的应用场景提供了解决方案,即动态加载bean; spring支持脚本
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