高通量测序中的接头(adapter)到底是什么

首先放一张测序示意图,在DNA片段两端所加的序列即接头序列,也就是我们今天要讲述的主角。

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1 基本概念

1.1 adapter

接头,为一段已知的短核苷酸序列,用于链接未知的目标测序片段

1.2 index或barcode

几个碱基组成的寡核苷酸链,用于在混合测序时,区分不同样本

1.3 insert

待测序的目标序列,位于两个adapter之间

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测序片段包括几个部分:universal_adapter-insert-indexed_adapter。

测序由5'端开始,最开始的几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时去除,由于测序读长的限制,第二个adapter通常测不到。

但是如果插入片段本身较短,测序会测穿,即会得到 insert-部分adapter 这样的read,这里的adapter便是我们常常提到的需要去除的接头部分。

2 序列信息

2.1 接头序列(示例)

universal adapter:

5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’

indexed adapter:

5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(barcode)ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’

仔细看上面这对接头序列,universal adapter的3'末端的T与待测片段新增的A配对,那么剩余序列的反向互补链为
GATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT

与 indexed adapter 的前面12个碱基一致
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC,即两段接头序列部分互补,形成Y型的结构。

2.2 index序列

可根据fastq序列中的信息获取

@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGT

fastq的格式信息不再赘述,第一行最末的 CGATGT 即本次测序所使用的index。

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