通过mutsigcv得到重要突变基因

参考文章：

https://www.jianshu.com/p/c86fadbff4c3

https://www.jianshu.com/p/cf3bd4b99649

通过mutsigcv得到重要突变基因

查看文献发现，使用mutsigcv筛选significant cancer mutated genes

因此本文的目的就是得到significant cancer mutated genes！！**

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通过网上的搜索，我发现使用mutsigcv需要matlab环境

我使用的是windows系统

• 安装matlab软件

  因为mutsigcv需要matlab环境

• 将matlab的工作路径设置在mutsigcv文件夹

• 双击打开mutsigcv.m

• 在命令行中输入

  MutSigCV('my_mutations.maf','exome_full192.coverage.txt','gene.covariates.txt','my_results','mutation_type_dictionary_file.txt','chr_files_hg19')
  

• 结果会以my_results_***的形式呈现

看到下面这个图，好开心啊！!

但是以上只是说明你学会了在windows下载matlab里顺利跑mutsigcv，接下来最最重要的是如何解读数据！

得到的文件如下：

打开my_results.sig_genes，发现head中有q，因此我们可以将文件读入R，进行愉快的筛选significant cancer mutated genes啦！！