6、
四月十二日，设置鸡林大都督府于新罗国，以金法敏为都督。
7、
四月二十三日，蓬莱宫含元殿建成，皇上开始移居此宫，把原来的寝宫改名为西内。四月二十五日，皇上开始在紫宸殿听政。
8、
五月三十日，柳州蛮酋吴君解造反；朝廷派冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征发岭南兵讨伐。
9、
吐蕃与吐谷浑互相攻击，各自遣使上表论曲直，更来求援；皇上两边都不许。
吐谷浑之臣素和贵有罪，逃奔吐蕃，详细透露了吐谷浑虚实，吐蕃发兵攻击吐谷浑，大破之，吐谷浑可汗曷钵与弘化公主率数千篷帐弃国逃奔凉州，请求徙居内地。皇上任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率右武卫将军独狐卿云、辛文陵等分别屯驻凉州、鄯州二州，以防备吐蕃。
六月二十六日，又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，节度诸军，为吐谷浑后援。
吐蕃禄东赞屯驻青海，派使者论仲琮入京朝见，表陈吐谷浑之罪，并且请求和亲。皇上不许，派左卫郎将刘文祥出使吐蕃，降玺书斥责。
10、
秋，八月二十七日，皇上因为东方海上连年用兵，百姓困于征调，士卒战死溺死者甚众，下诏停止三十六州造船，派司元太常伯窦德玄等分别前往十道，问人疾苦，罢黜和升降官吏。窦德玄，是窦毅的曾孙。
11、
九月八日，熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等击破百济余众及倭兵于白江，攻拔其周留城。
当初，刘仁愿、刘仁轨既攻克真岘城，皇帝下诏，命孙仁师将兵渡海助战。百济王扶馀丰南引倭人以拒唐兵。孙仁师与刘仁愿、刘仁轨合兵，军势大振。诸将以加林城是水陆要冲，想要先攻打加林，刘仁轨说：“加林险固，急攻则伤士卒，缓之则旷日持久。周留城，是敌虏巢穴，群凶所聚，除恶务本，应该先攻周留，如果攻克周留，其他城池自然瓦解。”于是孙仁师、刘仁愿与新罗王金法敏率陆军前进，刘仁轨与别将杜爽、扶馀隆率水军及粮船自熊津入白江，以会合陆军，共同向周留城挺进。与倭兵在白江口遭遇，四战皆捷，焚其舟四百艘，烟炎灼天，海水皆赤。百济王扶馀丰脱身逃奔高丽，王子扶馀忠胜、扶馀忠志等率众投降，百济全部平定，唯独别帅迟受信坚守任存城，拒不投降。
当初，百济西部人黑齿常之，身长七尺余，骁勇有谋略，在百济为达率兼郡将，相当于中国刺史。苏定方攻克百济，黑齿常之率所部随众投降。苏定方囚禁百济国王及太子，纵兵劫掠，百济青壮年很多都被杀死。黑齿常之惧怕，与左右十余人逃归本部，收集亡散，据守任存山，结栅以自固，十天半月之间，归附者三万余人。苏定方派兵攻击，黑齿常之拒战，唐兵不利；黑齿常之收复二百余城，苏定方不能攻克，只好退兵。黑齿常之与别部将沙吒相如各自据险以响应福信，百济既败，都率其部众降。刘仁轨让黑齿常之、沙吒相如各自率领自己部众，攻任存城，供应粮草武器给他们。孙仁帅说：“这些人都是人面兽心，怎可信任！”刘仁轨说：“我观察这二人，都是忠勇有谋，敦信重义；只是之前投降时，没有遇对人，现在正是其感激立效之时，不用怀疑。”于是给他们粮草武器，分兵跟随他们，攻拔任存城，守将迟受信抛弃妻子儿女，逃奔高丽。
皇帝下诏，命刘仁轨将兵镇守百济，召孙仁帅、刘仁愿还京。百济兵火之余，比屋凋残，僵尸满野。刘仁轨开始命令掩埋尸骸，调查户口，整理村落，署任官长，打通道路，建立桥梁，修补堤堰，恢复鱼塘，考课耕桑，赈济贫乏，赡养孤老，建立唐朝社稷，颁布正朔及庙讳；百济大悦，阖境各安其业。然后开始屯田，储备粮食，训练士卒，准备征服高丽。
刘仁愿到了京师，皇上问他：“你在东方海上，前后奏事，都符合机宜，又有文理。你本是武人，怎能如此？”刘仁愿说：“这都是刘仁轨所为，不是臣所能做到的。”皇上喜悦，将刘仁轨连升六级，正式任命为带方州刺史（之前起用他为检校带方州刺史，属于代理，现在正式任命），并为他在长安修建宅第，厚厚的赏赐他的妻子儿女，遣使带着玺书前往，慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨遭黜削而能尽忠，刘仁愿手握大权而能推贤，都可以说是君子了。”
华杉曰：
这一段，三个教益：
一是攻打加林还是周留，这是识别战略重心。要善于在一个复杂的战局中，找到战略重心，找到决胜点。把重心解决，其他地方自然瓦解。征服百济，战略重心就是拿下周留，决胜点就在周留。如果攻打加林，不仅代价昂贵，不易拿下，拿下之后，问题也还没解决。
二是苏定方逼反黑齿常之，以至前功尽弃。征服百济本来是为了解决问题，苏定方却纵兵烧杀抢掠，制造问题。孙仁师说黑齿常之人面兽心，那是没有照镜子看看自己。
三是刘仁轨和刘仁愿两位君子。刘仁轨之前因监督海运，而发生船舰倾覆事故，被免官，他没有觉得委屈，也没有颓废，积极努力，重新立功，再次得到皇帝赏识提拔。刘仁愿更了不起！他是刘仁轨上司，去见皇帝，能举荐刘仁轨，看见别人的能力，就好像自己有一样高兴，并向上级举荐他，这就是站在国家的立场，君王的立场，这是为人臣者最大的美德，和对国家最大的贡献。
12、
冬，十月一日，皇帝下诏，命太子每五日于光顺门内听取诸司奏事，其中较小的事务，都由太子裁决。
13、
十二月二十一日，下诏，次年改年号为麟德。
14、
十二月二十三日，任命安西都护高贤为行军总管，率军攻击弓月，以救于阗。
15、
本年，大食（萨拉森帝国）攻击波斯、拂菻（fu lin，东罗马帝国），击破；又南侵婆罗门（印度），吞灭诸胡，能胜任作战的士兵有四十余万。
麟德元年（公元664年）
1、
春，正月十六日，改云中都护府为单于大都护府，以殷王李旭轮（后来改名为李旦）为单于大都护。
当初，李靖击破突厥，迁三百篷帐于云中城，阿史德氏为其酋长。至此，部落人口逐渐增加，阿史德氏到京师，请求按胡人惯例，立亲王为可汗以统领。皇上召见，对他说：“今天的可汗，就是古代的单于。”所以改为单于都护府，而以殷王在京师遥领。
2、
二月十日，皇上前往万年宫。
3、
夏，四月五日（原文为壬子日，根据柏杨考据修改），卫州刺史、道孝王李元庆薨逝。
4、
四月二十九日，魏州刺史、郇公李孝协被控贪赃枉法，赐死。司宗卿、陇西王李傅义等上奏求情说，念及李孝协父的李叔良死于王事（高祖时，在与突厥的战争中，被流箭射中阵亡），李孝协没有兄弟，恐怕绝嗣。皇上说：“法律只有一个，不因为亲疏不同而变更，如果危害百姓，就算是皇太子也不能不赦免。李孝协有一个儿子，还担心祖宗没有祭祀吗！”李孝协竟自尽于家中。
5、
五月一日，遂州刺史、许悼王李孝薨逝。