公元1399年，在朱元璋长孙朱允炆刚刚登基不久之后，朱棣发动了一个历史性的叛乱，史称靖难之役。
朱棣会发动这场叛乱完全是因为朱允炆当时削藩而引起的，朱允炆登基之后想要加强朝廷的统治，所以就需要对各大势力藩王进行整治，在朱棣之前已经有5位藩王被削夺了，而其中第1位正是朱棣同母的弟弟周王。
再加上有人说朱棣有九五之尊气象，再加上朝廷的人把朱棣派往京城的使者给下狱，朱棣感觉到了自己生死存亡的危机，在公元1399年7月发动了叛乱，占领了北平；最后打着诛杀奸臣，清君侧的名头“出征”。
一开始朱棣可以说是势如破竹，北方诸将多为燕王朱棣的旧部，所以基本没有什么抵抗就投降了；到了8月份朝廷终于反应过来了，朱允炆以耿炳文为平叛大将军，率30万大军去平定朱棣；而此时朱棣加上投降的旧部也就是10万人左右。
两者的兵力相差了3倍，而且朝廷的兵源广，后续还可以从全国各地调兵来，但是朱棣兵力就这些了，就是在这样的情况下朝廷还是败给了当时毫不占优势的叛军。
当时耿炳文的30万大军先后折了2阵，第1阵是先锋部队9000人抵达雄县（隶属于河北省保定市）的时候被朱棣偷袭全军覆没，第二阵是在真定（今河北正定）打了一架，朝廷的军队又是大败。
朱允炆一气之下，直接走马换将，以勋戚李景隆代耿炳文，调兵50万伐燕，筑垒九门，围攻北平；但是这一番操作下来，差不多到10月份了；那个时候北平气温已经开始转凉；当时朱棣长子防守北平，用冰冻住城墙，所以李景隆在那边都是白费功夫。
而朱棣当时趁机攻破了大宁（隶属于山西省临汾市），执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增；然后回师北平大败李景隆。
第2年4月（公元1400年）李景隆又再一次的战败了；同年9月的时候朝廷又来了一次走马换将，改命盛庸代李景隆。十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌（今山东聊城），燕师大败，主将张玉战死。
总算是为朝廷挣回了些面子，这个盛庸倒是不错，一开始时候打赢了很多胜战，后来随着时间推移，加上朝廷军队内部纪律一些问题，盛庸也顶不住了。
公元1401年，2月的时候朱棣再一次率兵南下，三月份时候在滹沱河打败盛庸；在同年年底的时候有朝廷内部的大臣跟朱棣告密，京师内部空虚；朝廷接连的败战京城防务的兵力也调派了很多出去，所以导致京城防务空虚。
朱棣随机改变策略，在第2年（公元1402）正月的时候朱棣率兵直取京师，朱允炆派使者想要跟朱棣割地求和，但是朱棣不同意；6月的时候朱棣抵达南京城下，谷王朱橞与李景隆开金川门降，南京城沦陷。
当时朝廷失败的原因主要可以归结为3点，首先是在指挥上不行，其次是兵力孱弱，然后是内部松懈；朝廷军队虽然是朱棣的好几倍，但都是从全国各地调派来的，很不好指挥；各地的兵种太杂乱了，纪律就松散了，关键是朝廷这些军队很多年都没有打过战了，战斗力不好。
而朱棣不同了，朱棣本身就是个身经百战的人，而且他的封地就在北平，朱元璋给他这个封地可不是随便给的，朱棣在这边是负责防御当时北方的蒙古的，他到了北平之后也多次率军北征蒙古，所以他的兵力虽然少，但是个个都是久经沙场的，岂是朝廷军队可比。
朱棣于1402年7月17日即皇帝位，也宣告着朱允炆时代的结束；朱棣以劣势的兵力打败了朝廷的军队。