alphafold2 蛋白三级结构预测

nature原文
安装及具体使用见主页
要注意GPU的配比问题,例如在我们的服务器上使用：

freen | grep -E 'Partition|----|gpu'

查看可用的GPU以及每个GPU的限制。
我们服务器上已经安装了该软件，所以直接调用module,需要自己准备包含蛋白氨基酸序列的protein.fa

#!/bin/bash
#SBATCH --time=8:00:00
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=100g
#SBATCH --gres=lscratch:200,gpu:p100:1
#SBATCH --mail-type=END,TIME_LIMIT_90,FAIL
module load alphafold2
out_dir=/your_dir
run_singularity \
    --model_preset=monomer_casp14 \
    --fasta_paths=$out_dir/protein.fa \
    --max_template_date=2020-05-14 \
    --output_dir=$out_dir