生物信息学之玩转Linux---学习笔记（一)---生信技能树

Linux系统是进行生物信息学分析的基石，许多生物信息学软件都是基于Linux系统开发的。所以学习Linux对于生物信息学分析尤为重要。

学习链接：https://research.biomart.cn/experiment/course_detail.htm?id=25&from=wechat_20190713

Linux系统具有很多优势：
去可视化：使用命令行模式、节省计算资源
文件和目录结构管理
安全、稳定、多线程
权限设置
适合处理大文本
等等等

Linux命令入门

通用的终端命令格式是

命令+参数+文件（必须空格分隔）
command options arguments

为了更好的进行linux学习，

Windows用户可以下载git软件，可以进行去可视化操作

Mac用户可以寻找终端，进行去可视化操作

当然，最好可以在服务器上进行学习和操作

具体的服务器介绍，可以参考一下生信技能树的内容：http://www.biotrainee.com/thread-108-1-1.html 里面有各种云服务器和实体服务器的使用方法的介绍

下面开始今天的Linux学习笔记：

Linux基本命令---目录集

首先要学习Linux系统的目录结构

/          #根目录，是系统最起始的目录，所有的文件都在根目录下面
/bin       #可执行二进制文件的目录 如 ls 等命令
/home      #家目录，系统默认的用户家目录
/etc       #系统配置文件存放的目录，一般刚开始接触linux的同学暂时不要去鼓捣
/root      #存放启动linux时使用的一些核心文件

了解了Linux系统的目录结构，接下来学习目录常用命令

ls        #显示目录内容列表
mkdir     #创建目录    mkdir -p 可以进行递归创建
rmdir     #删除空的目录
cd        #切换到某一个目录下
cp        #将文件复制到目标目录下
mv        #移动目录、文件或者重命名目录、文件
pwd       #绝对路径方式显示用户当前工作目录
find      #查找文件
dirs      #显示目录记录
touch     #生成一个空文件或者更改文件的时间
ln        #建立软链接
echo      #把内容重定向到指定的文件中

Linux基本命令---文件命令集

文件操作命令

cat      #查看文件内容并且打印到屏幕上
head     #查看文件前几行
tail     #查看文件后几行
less     #查看文件，可以上写翻页浏览内容
more     #显示文件内容，每次显示一屏幕
touch    #创建我呢见
find     #查找文件和文件夹
diff     #查看两个文件是否有差异
rename   #重命名
mv       #移动和重命名
wc       #统计文件中的字节数

路径的表示方法

路径有两种表示方法：绝对路径和相对路径

绝对路径： 从根目录“/”开始，并且使用“/”将各级目录分隔开
相对路径：目标目录相对于当前目录的位置
                    .   代表当前目录
                    ..  代表上一级目录
                    -   代表前一个目录
                    ~ 代表家目录（用户的个人主目录）

在进行文件批量操作过程中和文件查找过程中，通配符具有重要的作用

通配符的规则

##通配符用来匹配符合条件的文件名，通配符是完全匹配
符号           含义                                      举例
*          代表任意（0到多个字符）          ls  *fastq  #查找以fastq结尾的所有文件
                                            ls test* #查找以test开头的所有文件
？         代表文件中任意一个字符           ls test?.sh #查找test开头的 .sh结尾的文件
[]        查找[]范围内的任意一个字符        [abc]匹配abc中的任意一个
                                            [a-c] 匹配a-c中的任意一个
{}        命令区块组合或者内容序列          mkdie 2016_{a..z} #创建文件夹2016_a,2016_b......2016_z

Linux学习未完待续，明天开始学更加重要的内容：文本处理（Linux的三驾马车！！！）