2022-04-28

day7 测序技术知识——罗wb

测序技术原理及平台.png

测序技术原理及常用数据格式简介（*****）

https://mp.weixin.qq.com/s/zPa2G5gzl-sTFAi-qAzbvA

各测序技术的参数及特点

微信图片_20220428231130.jpg

各测序技术、公司、仪器的研发史

https://mp.weixin.qq.com/s/GReWY8yq7O_xVnajknrHZQ

简化基因组测序

http://www.lc-bio.com/news/show-484.html
http://www.gencracker.com/?page_id=269

WES

https://ml.mbd.baidu.com/r/Fel3KazOxO?f=cp&u=c4580ae8d8fa4795

不同测序组学的用途

https://mp.weixin.qq.com/s/SAnCLBTxfi4BaCnuaAVCpQ

测序常用术语

https://mp.weixin.qq.com/s/oGylvM0HC8GUImxYN1AEVw

测序数据文件格式

测序数据文件格式.png

格式解析

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

格式转换

Fastq文件→Fasta文件（Linux命令）：

法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta

法2：seqtk seq -A input.fastq > output.fasta

EMBL → Fasta格式转换（在线工具）：

http://www.geneinfinity.org/sms/sms_embltofasta.html

文件处理

FASTX-Toolkit（用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。）

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/