blat下载与安装

blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。

wget https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip #下载
unzip blatSrc35.zip 1>/dev/null
rm blatSrc35.zip
cd blatSrc  #解压 blastSrc.zip文件夹，并进入
#echo $MACHTYPE #if you get x86_64-pc-linux-gnu continue with next line, if something else write appropriate short name
# 在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型，我的机器得到下面信息:x86_64
export MACHTYPE=x86_64
mkdir ~/bin/x86_64
make 
echo 'PATH=$PATH:~/bin/x86_64/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

blat的使用教程请参考：http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html
中间出现了错误，如下图：

image.png

我的是centos系统，解决方法也很简单

sudo yum install libpng libpng-devel