学习小组Day3笔记--林枫

检查有没有bzip2

输入bzip2，检查

  安装：yum install -y bzip2

下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活miniconda

source ~/.bashrc

添加镜像

  1.# conda config --remove-key channels
  2.conda config --add channels r
  3.conda config --add channels conda-forge
  4.conda config --add channels bioconda
  5.conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list（所有软件列表）
conda search fastqc（搜索软件）
conda install fastqc -y（安装软件）
conda remove fastqc -y（卸载软件）

环境 conda

查看当前conda有哪些环境

  conda info --envs
#建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

查看conda环境

  conda info --envs

激活新的conda环境

  conda activate rna-seq

卸载一个环境中的软件

  ###要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除
    conda deactivate
  #卸载环境中的软件
    conda remove -n rna-seq fastqc -y
#  卸载环境
    conda remove  -n rna-seq --all