石蜡包埋组织RNA提取步骤有哪些?

操作步骤:

1. 请自行准备:无水乙醇、异丙醇、灭菌双蒸水、二甲苯及 1.5mL 离心管。

2. 取出洗涤液,按以下操作:

a) 洗涤液 A:按终浓度 30%的比例加入无水乙醇,如 7mL 加入 3mL 无水乙醇,14mL 加入 6mL 无水乙醇,充分混匀。

b) 洗涤液 B:按终浓度 70%的比例加入无水乙醇,如 3mL 加入 7mL 无水乙醇;6mL 加入 14mL 无水乙醇,充分混匀。

c) 配制好的洗涤液如出现沉淀,可在 37℃溶解,摇匀后使用。

3. 样本处理:a) 取 5-8 μm 厚石蜡切片 5-10 张(含载玻片),65℃放置 10 分钟,放入装有二甲苯的玻璃瓶中,浸泡 10 分钟后,用手术刀或刀片,将组织刮下,放入 1.5 mL 离心管。b) 将 5-10 张石蜡切片(不含载玻片)直接放入装有 1.2 mL 二甲苯的 1.5 mL 离心管中,盖紧管盖,60℃金属浴 10 分钟,取出后震荡 10 秒,12,000 rpm 室温离心 2 min,彻底弃上清。 c)石蜡块:手术刀刮取 20-30 mg 石蜡包埋组织样本(尽量去除石蜡部分),放入装有 1.2 mL 二甲苯的 1.5 mL 离心管中,盖紧管盖,60℃金属浴 15 分钟,取出后震荡 10 秒,12,000 rpm 室温离心 2 min,彻底弃上清。d)福尔马林固定、未包蜡样本:取 30 mg 样本,用手术刀尽量切碎,置于 1.5 ml 离心管中,加入 500 μL 灭菌双蒸水,涡旋振荡 20 秒, 12,000 rpm 离心 2 min,弃上清。重复 1 次,转步骤 6 处理。

4. 在上述处理过的脱蜡样本管中加入 1.2 mL 无水乙醇,旋涡震荡 30 秒,12,000 g 离心 2 分钟,弃上清(注意不要倒掉沉淀,少量乙醇可用吸水纸吸去,未包蜡样本不需此步)。

5. 开盖,室温放置 5 分钟,去除残留无水乙醇。

6. 加入 170 μL 裂解液 I,30μL 消化液,振荡混匀,56℃水浴至组织完全消化裂解。(一般为 30-60 分钟,皮肤、肺脏、子宫等结缔组织较多的切片应适当延长消化时间,最好消化至溶液中无可见的组织碎片。)

7. 加入 200 μL 裂解液 II,振荡混匀,56℃水浴 5 分钟。

8. 加入 400μL 异丙醇,充分振荡混匀。将吸附柱放入收集管内,将混合物用移液器吸入吸附柱内,12,000 rpm 离心 2 分钟,弃收集管内废液。

9. (可选步骤,去除 DNA) 取 RNase-free 离心管 1 只,每份需去除 DNA 的提取样本分别加入 10x DNase I Buffer 6μL、RNase-free ddH2O52μL 、RNase-free DNase I 2μL,轻轻手振混匀,勿剧烈震荡。用移液器在每份提取样本的吸附膜中央加入 60μL 上述配制好的 DNase I反应液,室温放置 15min,参见 BIOG RNase-free DNase I 试剂盒,货号:51004。

10. 将吸附柱放回收集管内,加 500 μL 洗涤液 A 至吸附柱内,静置 2 分钟,12,000 rpm 离心 1 分钟,弃收集管内废液。

11. 将吸附柱放回收集管内,加 500 μL 洗涤液 B 至吸附柱内,静置 2 分钟,12,000 rpm 离心 1 分钟,弃收集管内废液。

12. 将吸附柱放回收集管内,加 500 μL 洗涤液 B 至吸附柱内,12,000 rpm 离心 1 分钟,弃收集管内废液。

13. 将吸附柱放回收集管内,12,000 rpm 离心 2 分钟,离去残留的洗涤液。同时,按每份样本 30-50μL 取洗脱液(如 10 份提取样本,即取300-500μL 洗脱液),放置于灭菌 1.5mL 离心管,65℃预热。

14. 取出吸附柱,放入新的 1.5 mL RNase-free 离心管内,加入 30-50 μL 预热的洗脱液,静置 3 分钟,12,000 rpm 离心 2 分钟,收集 RNA溶液。提取的 RNA 即可用于下一步实验或-70℃保存。

注意事项:

1、洗涤液在使用前应加入乙醇后充分混匀,最好现用现配,每次根据所需提取的样本量计算后适量配制。

2、本试剂盒提取 RNA 品质有赖于样本本身的质量,组织是否及时固定、固定时间、固定剂种类等均影响 RNA 的完整性。组织放置时间过长未及时固定、固定时间过长超过 24 小时、组织脱蜡不彻底、消化不完全等,都会影响 RNA 的得率和质量。

3、石蜡切片厚度不宜超过 8 μm,组织块应尽可能切碎或用液氮研磨,以便消化完全。

4、样本种类不同、提取样本量多寡都会影响 DNA 残留,如需除去 DNA,使用者可根据需要在在首次实验时,对 DNase I 的使用量进行优化。

5、裂解液、消化液、洗涤液含有刺激性化学物质,操作过程请做好防护措施,避免直接接触皮肤,防止吸入口鼻。

6、由于 RNA 容易降解,提取实验所用器具应除去 RNA 酶,实验过程中最好戴一次性洁净手套、口罩,提取的 RNA 溶液可适当加入RNA 保护因子(货号:51090,一般 50μLRNA 溶液加入 2μL。)

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