三、函数和 R 包

set.seed(10201)#与该函数连用每次抽出的样本都是一样的
sample(letters,10)#sample随机抽样函数，letters二十六个英文字母
x=sample(letters,100,replace=T)#可重复取值
length(unique(x))#统计取值个数
length(table(x))
sum(!duplicated(x))

1. 函数和参数

（1）形式参数与实际参数

实际参数，可修改
形式参数，不可修改，熟练后可不写

1

（2）写函数的函数

2

#当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环
#把变得地方作为函数的参数，不变的地方作为函数的主体
test=iris
g <- function(i){plot(test[,i],col=test[,ncol(test)])}

g(1)
g(2)

（3）默认参数

作者会设计很多参数，但只有前1~n个是必须填的，其他的参数都有默认值。

3

#写一个函数，输入参数为一个数值型向量，输出结果为：该向量的“中位数”和“平均数”
#(1)
mdm <- function(x){
  c(mean=mean(x),
  median=median(x))
}#不可直接写mean(x) median(x)，函数只有一个返回结果默认返回后面那个，用c组合在一起
a=rnorm(10)
mdm(a)
#(2)
mdm2 <- function(x){
 print(paste0("mean:",mean(x),
              ",median:",median(x)))
}
mdm2(a)

2. R包

R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。

(1)R包来源

CRAN网站
http://cran.r-project.org/web/views/

Bioconductor
http://bioconductor.org/

github
http://github.com

(2)R包的安装

#CRAN：
install.packages()
#Biocductor: 
BiocManager::install()
#Github:
devools::install_github()
#from CRAN
install.packages("tidyr")
#form Biocductor
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")
#from github
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写作者用户名加包名
devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade = F) #网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装，从GitHub点code下载zip文件，zip文件必须放在工作目录下，安装完包的名字为AnnoProbe，使用library AnnoProbe 。master仅为后缀

来源未知时谷歌、必应搜索包名，即可找到，或前两个命令逐个试一下，一个命令不成功就用另一个。

安装后需要加载才能用
一次安装，每次打开新的session都要加载。
加载：二选一，不加引号,library()或require()

library(tidyr)
require(tidyr)

(3)R包安装前需设置镜像

方法1：tools→ global option→ packages→ 选择中科大或清华
方法2：代码设置（每次下载R包时运行一下以下代码）

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

(4)R包的使用

方法一：加载包（library报错就是R包未安装成功）→ 使用包里的函数
方法二：以安装、不加载、直接使用
dplyr ：：filter（）（或用于不同包里有重名函数情况）

• 安装时出现package " " is not available 原因有三：
  1）包名写错
  2）安装命令使用错误
  3）R语言版本与包所要求的版本不符
• 报错中有connection或url
  切换镜像，检查网络连接。如果都没有问题，运行

options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

再重新下载。

判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

• 查看函数帮助文档

?max
help("max")