有读者咨询Shift表的处理,这篇文章就分享下Shift表SAS编程处理。
文章所附代码是完整的处理代码,除了没有RTF输出。读者可以自行复制到SAS中进行调试、运行和理解。若有疑问或建议,欢迎评论区指出。
后续另写文章,介绍RTF的输出。
1. Shift Table的本质
关于Shit Table,它本质上就是一个频数统计表,所以可以直接按正常的频数统计表去处理。
以下面2张Table为例,左侧为基线后TBS分类的Shift表,右侧为各类AE的频数统计表。左侧与右侧相比,直观上是多了2个“试验分组”;并且,Shift表的分组变量为基线分类变量,普通频数统计表为试验分组变量。
因此,我们把普通的频数统计表的试验分组变量,换成基线分类变量,是不是就完成了Shift的表的编程?
下面是具体的演示代码:
2. 建立演示数据集
我以SASHelp.Class数据集为基础,做一个演示数据集,便于实现“Shift”。数据集包含变量TRT01AN , ANRIND, BNRIND, AVSITN:
**Create a demo dataset;
data class;
set sashelp.class( in = a )
sashelp.class( in = b)
sashelp.class( in = c)
sashelp.class( in = d);
*avisitn;
if a then avisitn = 1;
else if b then avisitn = 2;
else if c then avisitn = 3;
else if d then avisitn = 4;
*trt01an;
if sex = "M" then trt01an = 1;
else if sex = "F" then trt01an = 2;
*anrind;
length anrind $10;
if height < 57 then anrind = "Low";
else if height >= 57 and height <= 66 then anrind = "Normal";
else anrind = "High";
*bnrind;
length bnrind $10;
if weight < 84 then bnrind = "Low";
else if weight >= 84 and weight <= 112 then bnrind = "Normal";
else bnrind = "High";
run;
3. Shift Table的具体编程
Shift Table的示例代码参考:
SAS编程:通过Picture语句设置变量Format ;
SAS编程:频数汇总时,如何使分组类别按固定顺序展示?;
SAS编程:生成Table时,汇总组(Total)组如何处理?。
大家可以直接复制以下代码到SAS中运行,代码里有详细的注释。对于不理解的代码或选项,可以参考上面3篇示例文章。
若还有疑问,欢迎评论区留言。
***1.Craete Formats for preloadfmt options and Totle group;
proc format;
*Format for FREQ;
picture freq (round default=8 )
0 <-<99.5 = "009.9)" (prefix="( " )
0, 99.5-100 = "(100) " (noedit)
;
value $anrind (notsorted multilabel)
"Low" = "Low"
"Normal" = "Normal"
"High" = "High"
"Low", "Normal", "High" = "Total"
;
*Informat for anrind order;
invalue anrindn
"Low" = 1
"Normal" = 2
"High" = 3
"Total" = 4
;
*number for transpose ID var;
value $bnrind (notsorted multilabel)
"Low" = "1"
"Normal" = "2"
"High" = "3"
"Low", "Normal", "High" = "4"
;
value trt01an
1 = 1
2 = 2
;
value trt01a
1 = "Placebo"
2 = "Treatment"
;
value avisitn
1 = 1
2 = 2
3 = 3
4 = 4
;
value avisit
1 = "Screening"
2 = "Month 1"
3 = "Month 2"
4 = "Month 3"
;
run;
***2. Get data for analysis;
**2.1 Get data for BigN;
data class_bign;
set class;
if avisitn = 1;
*Flag for cont;
flag = 1;
proc sort nodupkey;
by trt01an name;
run;
**2.2 Get data for small n;
data class_n;
set class;
if avisitn > 1;
*Flag for cont;
flag = 1;
proc sort;
by trt01an avisitn;
run;
***3. Calculate statistics;
**3.1 Derive BigN and save them to macro vars;
proc means data = class_bign nway completetypes ;
format trt01an trt01an.;
class trt01an / preloadfmt order = data;
var flag;
output n = bign nmiss = nmiss out = BigN;
run;
data _null_;
set BigN;
call symput("N_"||strip(put(trt01an, best.)), strip(put(bign, best.)));
run;
*Check BigN;
proc sql noprint;
create table BigNcheck as
select *
from dictionary.macros
where name like "N_%";
quit;
**3.2 Derive statistic vars;
proc means data = class_n noprint nway completetypes;
by trt01an avisitn;
format anrind $anrind.;
class anrind / preloadfmt mlf order = data;
format bnrind $bnrind.;
class bnrind / preloadfmt mlf order = data;
var flag;
output n=count nmiss=nmiss out=count1 ;
run;
*Get Bign and compute freq;
data count;
merge count1(in = a) bign;
by trt01an;
if a;
length freq $200;
if count = 0 then freq =strip(put(count, best.));
else freq =strip(put(count, best.))||put(count/bign*100, freq.);
*order var for anrind;
catn = input(anrind, anrindn.);
length trt01a avisit $20;
trt01a = put(trt01an, trt01a.);
avisit = put(avisitn, avisit.);
proc sort;
by trt01an avisitn catn anrind;
run;
proc transpose data = count out = final(drop = _name_) prefix = trt_;
by trt01an trt01a avisitn avisit catn anrind;
id bnrind;
var freq;
run;
程序运行的结果如下:
总结
这篇文章介绍了,Shift表的完整处理过程,Shift表本质是一个频数统计表,只是分组变量不是常规的试验分组,而是基线分类变量。
文章也展示我日常TFL编程的“4段论”:(RTF输出后续介绍)
***1. Craete Formats for output;
***2. Get data for analysis;
***3. Calculate statistics;
***4. Create RTF output;
Shift表的SAS编程,涉及到了分类变量汇总时固定位置的展示,利用multilabel
选项生成汇总组,以及通过Picture
语句设置变量的Format。当然,用其他方式实现对应功能也是可以的。
关于Shift表的BigN,我取的是每个试验组的总人数,正常的ADaM数据集在这一步是需要去重处理的。当然,具体的BigN还需要查看对应TFL Shell的要求。
Proc means中,分析的分组变量可以放到Class语句中,也可以放到By语句中。如果需要对分析的分组变量提前设置格式和排列顺序,就需要放在Class语句中。Completetypes
选项会输出Class变量分类的所有排列组合,如果因此产生多余的分类,需将对应变量放到By语句中。
在最后的输出数据集中,我将频数的列名前缀设置为trt_
,是方便批量引用处理,trt_:
。如果设置为trt
, 批量引用trt:
就会涉及到trt相关变量,造成处理错误。当然,其他唯一前缀也可以同样的功能。
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