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引言朴素贝叶斯方法是一种基于贝叶斯定理的简单概率模型,它假设特征之间相互独立。文章目录引言一、朴素贝叶斯方法的概率图表示1.1节点表示1.2边表示1.3无其他连接1.4总结二、朴素贝叶斯的应用场景2.1文本分类2.2推荐系统2.3医疗诊断2.4欺诈检测2.5情感分析2.6邮件过滤2.7信息检索2.8生物信息学三、朴素贝叶斯的优点四、朴素贝叶斯的局限性4.1特征独立性假设4.2敏感于输入数据的表示4
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在生物信息学的广阔领域中,NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation,美国国立生物技术信息中心)开发的BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool,基本局部比对搜索工具)无疑是一把不可或缺的分析工具。NCBIBLAST+,作为其最新版本2.16.0+,为科研工作者提供了一套强大的序列比对和搜索功能,帮助解析生命现象背后的遗
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图论深度优先算法架构后端前端面试
图论简介图论是一门数学分支,主要研究图(Graph)的性质、结构和应用。图论在计算机科学、网络理论、优化问题、生物信息学等多个领域都有广泛的应用。本文将简要介绍图论的基本概念、常见算法及其在实际中的应用。一、图的基本概念图(Graph):图是由一组顶点(Vertices)和连接顶点的边(Edges)组成的结构。可以表示为(G=(V,E)),其中(V)是顶点的集合,(E)是边的集合。根据边的不同属性
- 生信圆桌:专业生信服务器与平台服务的提供者
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生信圆桌是一个专注于提供生物信息学(生信)服务器和平台服务的领先企业,致力于为全球科研机构、企业和独立研究者提供高性能的生信分析解决方案。随着生物信息学研究对计算资源的需求日益增加,生信圆桌凭借其先进的服务器技术和专业的服务团队,成为了生信领域中不可或缺的合作伙伴。访问生信圆桌,使用生信云。高效分析少走弯路www.tebteb.cc生信圆桌的核心服务高性能生信服务器定制:生信圆桌为客户提供定制化的
- 用Python实现生信分析——基序(Motif)识别详解
写代码的M教授
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1.什么是基序(Motif)?在生物信息学中,基序(Motif)是指在生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列)中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留,因为它们在生物学功能中起着重要作用。例如,在DNA序列中,基序可能是一个转录因子结合位点;在蛋白质序列中,基序可能是一个具有特定功能的结构域。基序识别是指从一组生物序列中识别出保守的短序列片段,这对于功能预测、基因调控网络分析
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目录引言最优子结构重叠子问题打家劫舍(LeetCode198题)经典例题1.爬楼梯(LeetCode70题)2.斐波那契数列(LeetCode126题)3.最长公共子序列(LeetCode95题)引言动态规划(DynamicProgramming,简称DP)是一种在数学、计算机科学、经济学和生物信息学等领域广泛使用的算法设计技术。它通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式,来求解复杂问题。动态规划
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科学网—考研调剂——欢迎研究生调剂到我们的招生专业方向“中西医结合基础”:中医药与肠道菌群、生物信息学等交叉学科-张成岗的博文http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=1281078欢迎各位有志于从事中医生命科学、解码中医、中西医结合以及医学与数学、计算机科学等交叉学科研究的青年才俊加入我们的研究团队,共同见
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我们需要调用一个换算(reduction)函数,例如sum()、min()、max()等,但首先得对数据做转换或筛选。解决方案一种优雅的方式能将数据换算和转换结合在一起,即在函数中使用生成器表达式。例如,要计算平方和,可以这样:nums=[1,2,3,4,5]s=sum(x*xforxinnums)更多的例子:#Determineifany.pyfilesexistinadirectoryimpo
- Python在生物信息学中的应用:列表推导式
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列表中有一些数据,我们想提取或删除某些值,该怎么办?解决方案最简单的方法是使用列表推导式(listcomprehension)。例如:>>>mylist=[1,4,-5,10,-7,2,3,-1]>>>[nforninmylistifn>0][1,4,10,2,3]>>>[nforninmylistifn>>列表推导式的使用需要注意其内存占用,当原始列表比较大时,其内存占用较高,可以使用生成器表达
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定义(维基百科)在一个序列集合中(通常为两个序列)查找所有序列中最长的子序列。这与查找最长公共子串的问题不同的地方是:子序列不需要在原序列中占用连续的位置。最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题,也是数据比较程序,比如Diff工具和生物信息学应用的基础。它也被广泛地应用在版本控制,比如Git用来调和文件之间的改变解决方案这类问题通常都是采用动态规划的思想来解决,核心就是构造出动态解决方程。以
- 自学生物信息学
gtt儿_生物信息学习
我是生物工程专业出身,在大三保研时选择了生物信息的道路,到现在为止已经在行业里摸爬滚打了6年的时间,在这6年的学习之路上疑惑过,也迷茫过,特此把我学习的过程以及遇到的问题总结出来以让大家避免出现同样的问题。在我学习生物信息过程的基础上带着大家顺畅的走一遍。在学习生物信息学之前,我们先来了解一下什么是生物信息学。生物信息学,顾名思义,生物学和信息学的结合。生物学,这个对大家比较简单,基本入生信行的同
- 我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎
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贺建奎,原南方科技大学副教授,毕业于美国斯坦福大学,拥有多学科交叉的背景,并在基因测序仪研究,CRISPR基因编辑,生物信息学等多个领域取得研究突破。2018年11月26日,贺建奎“基因编辑婴儿”事件引发轩然大波。2018年12月19日,贺建奎入选《Nature》年度十大科学人物。2019年4月18日,上榜美国《时代》杂志(Time)2019年度全球百位最具影响力人物榜单。2019年12月30日,
- 2022-01-27
学习生信的小兔子
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号;第3行以“+”开始,可以储存一些附加信息,但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息,与第2行的碱基序列是一一对应的,其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
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4位院士领衔23位顶级专家加盟,金域医学“最强大脑”助力中国医学检验2017年12月1日,国内第三方医学检验行业的开拓者和引领者广州金域医学检验集团在广州国际生物岛总部,召开金域医学学术委员会成立大会暨金域学术汇报会由呼吸系统疾病专家、中国工程院院士钟南山出任委员会主席,医学遗传学家、中国工程院院士曾溢滔,生物信息学家、中国科学院院士陈润生,以及我国著名肾脏病专家、中国科学院院士侯凡凡出任委员会顾
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引言在机器学习和数据挖掘领域,聚类算法是一种重要的无监督学习方法,它试图将数据集中的样本分组,使得同一组内的样本相似度高,不同组间的样本相似度低。层次聚类(HierarchicalClustering)是聚类算法中的一种,以其独特的层次分解方式,在各种应用场景中得到广泛应用,如生物信息学、图像分析、社交网络分析等。一、概述层次聚类算法主要分为两大类:凝聚的层次聚类(AgglomerativeHie
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wangchuang2017
http://www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/bioinfomatics/Web/Index.html目录image第1章生物信息学引论第2章生物信息学的生物学基础第3章序列比较第4章生物分子数据库第5章基因组信息分析第6章系统发生分析第7章蛋白质结构预测第8章基因表达数据分析附录常用基本词汇表
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本文首发于公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记,专注R语言在临床医学中的使用,R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后,直接是一个SummarizedExperiment对象,这个对象非常重要且好用。因为里面直接包含了表达矩阵、样本信息、基因信息,可以非常方便的通过内置函数直
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生信宝典
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作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了!!ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|置换序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色)简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视化。具有十分好的效
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Seurat_Satija
在microRNA的研究中,生物信息学发挥越来越重要的作用,以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件,绝对值得收藏。1.miRBase:http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词
- 从列表中删除元素|自学生信Python(第十六天)
天明豆豆
从列表中删除元素Python有从数据结构对象,如列表和字典中去除数据项的函数。写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对生物信息学特别感兴趣,于是想自学生物信息学(新手莫怪)。了解到生物信息学要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、Perl等,还要熟悉Linux系统,作为生信小白,听说Python挺简单的,于是就自学了Python,花了两天时间了解了Python的基础语
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旮旯蜗牛_c299
image.png什么是condaconda:开源包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。系统:适用Linux,OSX和Windows。For:为Python程序创建的,但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量
- 生信绘图:在线绘制 序列 Logo 图
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统计绘图生物信息学R学习方法
本文介绍通过WebLogo网站在线绘制序列Logo图(序列分析图)。网站链接:WebLogo3-About(threeplusone.com)1序列Logo图序列Logo是一种常用于可视化DNA、RNA或氨基酸序列中保守性和模式的图形化方法。它是由生物信息学领域中的生物学家TomSchneider和R.MichaelStephens在1990年首次引入的。序列Logo通过显示序列中每个位置上不同碱
- 理解生物信息学FASTA格式
陈佶1
在生物信息学中,FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下:第一行是由大于号">"开头的任意文字说明,用于序列标记,为了保证后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性。;从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸
- Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
小杜的生信筆記
R语言精美图形绘制教程数据分析Cytoscape网络图富集分析信息可视化生物信息学r语言
写在前面今天分享的内容是自己遇到问题后,咨询社群里面的同学,帮忙解决的总结。关于Cytoscape,对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的,可能有的同学用这个软件作图是非常溜的,做出来的网络图也是十分的好看,“可玩性”很高,就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用,以前使用的版本是3.3.0的版本。但是,时间一长,很多操作都忘记。今天,在
- 支持向量机
小森( ﹡ˆoˆ﹡ )
机器学习算法支持向量机算法机器学习
支持向量机(SupportVectorMachine,SVM)是一个非常优雅的算法,具有非常完善的数学理论,常用于数据分类,也可以用于数据的回归预测中。支持向量机在许多领域都有广泛的应用,如文本分类、图像识别、生物信息学、金融预测等。支持向量机的应用:(1)文本分类:支持向量机可以用于文本分类任务,如垃圾邮件过滤、情感分析、主题分类等。通过对文本数据进行预处理,提取特征,然后使用支持向量机进行训练
- 枚举的构造函数中抛出异常会怎样
bylijinnan
javaenum单例
首先从使用enum实现单例说起。
为什么要用enum来实现单例?
这篇文章(
http://javarevisited.blogspot.sg/2012/07/why-enum-singleton-are-better-in-java.html)阐述了三个理由:
1.enum单例简单、容易,只需几行代码:
public enum Singleton {
INSTANCE;
- CMake 教程
aigo
C++
转自:http://xiang.lf.blog.163.com/blog/static/127733322201481114456136/
CMake是一个跨平台的程序构建工具,比如起自己编写Makefile方便很多。
介绍:http://baike.baidu.com/view/1126160.htm
本文件不介绍CMake的基本语法,下面是篇不错的入门教程:
http:
- cvc-complex-type.2.3: Element 'beans' cannot have character
Cb123456
springWebgis
cvc-complex-type.2.3: Element 'beans' cannot have character
Line 33 in XML document from ServletContext resource [/WEB-INF/backend-servlet.xml] is i
- jquery实例:随页面滚动条滚动而自动加载内容
120153216
jquery
<script language="javascript">
$(function (){
var i = 4;$(window).bind("scroll", function (event){
//滚动条到网页头部的 高度,兼容ie,ff,chrome
var top = document.documentElement.s
- 将数据库中的数据转换成dbs文件
何必如此
sqldbs
旗正规则引擎通过数据库配置器(DataBuilder)来管理数据库,无论是Oracle,还是其他主流的数据都支持,操作方式是一样的。旗正规则引擎的数据库配置器是用于编辑数据库结构信息以及管理数据库表数据,并且可以执行SQL 语句,主要功能如下。
1)数据库生成表结构信息:
主要生成数据库配置文件(.conf文
- 在IBATIS中配置SQL语句的IN方式
357029540
ibatis
在使用IBATIS进行SQL语句配置查询时,我们一定会遇到通过IN查询的地方,在使用IN查询时我们可以有两种方式进行配置参数:String和List。具体使用方式如下:
1.String:定义一个String的参数userIds,把这个参数传入IBATIS的sql配置文件,sql语句就可以这样写:
<select id="getForms" param
- Spring3 MVC 笔记(一)
7454103
springmvcbeanRESTJSF
自从 MVC 这个概念提出来之后 struts1.X struts2.X jsf 。。。。。
这个view 层的技术一个接一个! 都用过!不敢说哪个绝对的强悍!
要看业务,和整体的设计!
最近公司要求开发个新系统!
- Timer与Spring Quartz 定时执行程序
darkranger
springbean工作quartz
有时候需要定时触发某一项任务。其实在jdk1.3,java sdk就通过java.util.Timer提供相应的功能。一个简单的例子说明如何使用,很简单: 1、第一步,我们需要建立一项任务,我们的任务需要继承java.util.TimerTask package com.test; import java.text.SimpleDateFormat; import java.util.Date;
- 大端小端转换,le32_to_cpu 和cpu_to_le32
aijuans
C语言相关
大端小端转换,le32_to_cpu 和cpu_to_le32 字节序
http://oss.org.cn/kernel-book/ldd3/ch11s04.html
小心不要假设字节序. PC 存储多字节值是低字节为先(小端为先, 因此是小端), 一些高级的平台以另一种方式(大端)
- Nginx负载均衡配置实例详解
avords
[导读] 负载均衡是我们大流量网站要做的一个东西,下面我来给大家介绍在Nginx服务器上进行负载均衡配置方法,希望对有需要的同学有所帮助哦。负载均衡先来简单了解一下什么是负载均衡,单从字面上的意思来理解就可以解 负载均衡是我们大流量网站要做的一个东西,下面我来给大家介绍在Nginx服务器上进行负载均衡配置方法,希望对有需要的同学有所帮助哦。
负载均衡
先来简单了解一下什么是负载均衡
- 乱说的
houxinyou
框架敏捷开发软件测试
从很久以前,大家就研究框架,开发方法,软件工程,好多!反正我是搞不明白!
这两天看好多人研究敏捷模型,瀑布模型!也没太搞明白.
不过感觉和程序开发语言差不多,
瀑布就是顺序,敏捷就是循环.
瀑布就是需求、分析、设计、编码、测试一步一步走下来。而敏捷就是按摸块或者说迭代做个循环,第个循环中也一样是需求、分析、设计、编码、测试一步一步走下来。
也可以把软件开发理
- 欣赏的价值——一个小故事
bijian1013
有效辅导欣赏欣赏的价值
第一次参加家长会,幼儿园的老师说:"您的儿子有多动症,在板凳上连三分钟都坐不了,你最好带他去医院看一看。" 回家的路上,儿子问她老师都说了些什么,她鼻子一酸,差点流下泪来。因为全班30位小朋友,惟有他表现最差;惟有对他,老师表现出不屑,然而她还在告诉她的儿子:"老师表扬你了,说宝宝原来在板凳上坐不了一分钟,现在能坐三分钟。其他妈妈都非常羡慕妈妈,因为全班只有宝宝
- 包冲突问题的解决方法
bingyingao
eclipsemavenexclusions包冲突
包冲突是开发过程中很常见的问题:
其表现有:
1.明明在eclipse中能够索引到某个类,运行时却报出找不到类。
2.明明在eclipse中能够索引到某个类的方法,运行时却报出找不到方法。
3.类及方法都有,以正确编译成了.class文件,在本机跑的好好的,发到测试或者正式环境就
抛如下异常:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not in
- 【Spark七十五】Spark Streaming整合Flume-NG三之接入log4j
bit1129
Stream
先来一段废话:
实际工作中,业务系统的日志基本上是使用Log4j写入到日志文件中的,问题的关键之处在于业务日志的格式混乱,这给对日志文件中的日志进行统计分析带来了极大的困难,或者说,基本上无法进行分析,每个人写日志的习惯不同,导致日志行的格式五花八门,最后只能通过grep来查找特定的关键词缩小范围,但是在集群环境下,每个机器去grep一遍,分析一遍,这个效率如何可想之二,大好光阴都浪费在这上面了
- sudoku solver in Haskell
bookjovi
sudokuhaskell
这几天没太多的事做,想着用函数式语言来写点实用的程序,像fib和prime之类的就不想提了(就一行代码的事),写什么程序呢?在网上闲逛时发现sudoku游戏,sudoku十几年前就知道了,学生生涯时也想过用C/Java来实现个智能求解,但到最后往往没写成,主要是用C/Java写的话会很麻烦。
现在写程序,本人总是有一种思维惯性,总是想把程序写的更紧凑,更精致,代码行数最少,所以现
- java apache ftpClient
bro_feng
java
最近使用apache的ftpclient插件实现ftp下载,遇见几个问题,做如下总结。
1. 上传阻塞,一连串的上传,其中一个就阻塞了,或是用storeFile上传时返回false。查了点资料,说是FTP有主动模式和被动模式。将传出模式修改为被动模式ftp.enterLocalPassiveMode();然后就好了。
看了网上相关介绍,对主动模式和被动模式区别还是比较的模糊,不太了解被动模
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-工厂方法模式
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
package design.pattern;
/*
* 工厂方法模式:使一个类的实例化延迟到子类
* 某次,我在工作不知不觉中就用到了工厂方法模式(称为模板方法模式更恰当。2012-10-29):
* 有很多不同的产品,它
- 面试记录语
chenyu19891124
招聘
或许真的在一个平台上成长成什么样,都必须靠自己去努力。有了好的平台让自己展示,就该好好努力。今天是自己单独一次去面试别人,感觉有点小紧张,说话有点打结。在面试完后写面试情况表,下笔真的好难,尤其是要对面试人的情况说明真的好难。
今天面试的是自己同事的同事,现在的这个同事要离职了,介绍了我现在这位同事以前的同事来面试。今天这位求职者面试的是配置管理,期初看了简历觉得应该很适合做配置管理,但是今天面
- Fire Workflow 1.0正式版终于发布了
comsci
工作workflowGoogle
Fire Workflow 是国内另外一款开源工作流,作者是著名的非也同志,哈哈....
官方网站是 http://www.fireflow.org
经过大家努力,Fire Workflow 1.0正式版终于发布了
正式版主要变化:
1、增加IWorkItem.jumpToEx(...)方法,取消了当前环节和目标环节必须在同一条执行线的限制,使得自由流更加自由
2、增加IT
- Python向脚本传参
daizj
python脚本传参
如果想对python脚本传参数,python中对应的argc, argv(c语言的命令行参数)是什么呢?
需要模块:sys
参数个数:len(sys.argv)
脚本名: sys.argv[0]
参数1: sys.argv[1]
参数2: sys.argv[
- 管理用户分组的命令gpasswd
dongwei_6688
passwd
NAME: gpasswd - administer the /etc/group file
SYNOPSIS:
gpasswd group
gpasswd -a user group
gpasswd -d user group
gpasswd -R group
gpasswd -r group
gpasswd [-A user,...] [-M user,...] g
- 郝斌老师数据结构课程笔记
dcj3sjt126com
数据结构与算法
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
- yii2 cgridview加上选择框进行操作
dcj3sjt126com
GridView
页面代码
<?=Html::beginForm(['controller/bulk'],'post');?>
<?=Html::dropDownList('action','',[''=>'Mark selected as: ','c'=>'Confirmed','nc'=>'No Confirmed'],['class'=>'dropdown',])
- linux mysql
fypop
linux
enquiry mysql version in centos linux
yum list installed | grep mysql
yum -y remove mysql-libs.x86_64
enquiry mysql version in yum repositoryyum list | grep mysql oryum -y list mysql*
install mysq
- Scramble String
hcx2013
String
Given a string s1, we may represent it as a binary tree by partitioning it to two non-empty substrings recursively.
Below is one possible representation of s1 = "great":
- 跟我学Shiro目录贴
jinnianshilongnian
跟我学shiro
历经三个月左右时间,《跟我学Shiro》系列教程已经完结,暂时没有需要补充的内容,因此生成PDF版供大家下载。最近项目比较紧,没有时间解答一些疑问,暂时无法回复一些问题,很抱歉,不过可以加群(334194438/348194195)一起讨论问题。
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- nginx日志切割并使用flume-ng收集日志
liyonghui160com
nginx的日志文件没有rotate功能。如果你不处理,日志文件将变得越来越大,还好我们可以写一个nginx日志切割脚本来自动切割日志文件。第一步就是重命名日志文件,不用担心重命名后nginx找不到日志文件而丢失日志。在你未重新打开原名字的日志文件前,nginx还是会向你重命名的文件写日志,linux是靠文件描述符而不是文件名定位文件。第二步向nginx主
- Oracle死锁解决方法
pda158
oracle
select p.spid,c.object_name,b.session_id,b.oracle_username,b.os_user_name from v$process p,v$session a, v$locked_object b,all_objects c where p.addr=a.paddr and a.process=b.process and c.object_id=b.
- java之List排序
shiguanghui
list排序
在Java Collection Framework中定义的List实现有Vector,ArrayList和LinkedList。这些集合提供了对对象组的索引访问。他们提供了元素的添加与删除支持。然而,它们并没有内置的元素排序支持。 你能够使用java.util.Collections类中的sort()方法对List元素进行排序。你既可以给方法传递
- servlet单例多线程
utopialxw
单例多线程servlet
转自http://www.cnblogs.com/yjhrem/articles/3160864.html
和 http://blog.chinaunix.net/uid-7374279-id-3687149.html
Servlet 单例多线程
Servlet如何处理多个请求访问?Servlet容器默认是采用单实例多线程的方式处理多个请求的:1.当web服务器启动的