日本的每一次改革，都是在自我积弊问题严重以后，由上至下发起的改革，既然有所改革，就会有所冲突，如圣德太子改革，由于日本的豪强势力十分强大，圣德太子无法从根本上触动他们，也因此改革内容只是变化了日本官制以及日本的文化精神，而后发生的诸多改革也是如此，如大化改新，改革派中大兄氏利用权臣苏我氏外出朝鲜的时机，一举将苏我氏一网打尽，改革才得以成功，然而在公元1333年的建武新政中，重新夺取权力的后醍醐天皇操之过急，用强烈的改革措施企图一举强化中央集权，遭到了当时统治日本的武士阶级的绝大多数反对，激化国内矛盾的建武新政也因此成为了室町幕府建立的导火索。
学习日本历史的时候，我们会发现一个从古至今都很明显的，在日本存在的问题，那就是“下克上”这一特殊情况，和世界其他历史的篡夺权位不一样，起初，下克上是以一大批下级人员，通过对上级的自我意愿强加，迫使上级服从下级，但是，也存在着如果上级不加以措施制裁，很快下克上就会演化成抢班夺权的情况，如织田氏对斯波氏守护代的夺取，陶晴贤谋杀大内义隆，夺取了大内家的实权，而在日本皇国思想建立之后，下克上更是愈发激烈，如“515事变”“226事变”等，种种矛盾交织在日本国内，形成了侵华战争，太平洋战争的直接引信。
日本和中国往来已久，而日本的每一次重大历史事件的发生，却又和中国有着息息相关的联系，这正是我们要学习日本历史的原因，我们要通过学习日本历史，去了解日本这个民族的性格，去研究日本这个国家的国家战略，而不是如同某些历史爱好者那样因为学习日本历史而喜欢上日本，历史是给我们反思的，而不是拿来给我们崇拜的。
早期日本国家的形成，以血缘氏族为主，是为部民制，这项制度一直持续到公元七世纪，成为阻碍日本封建发展的重要因素，随着中日文化交流，大量的中国先进技术和工具的传入，使日本生产力大幅度提升，这使得越来越多的家族脱离了日本的部民组织，独立存在，对大和国的国家体制造成了严重的冲击。
至公元六世纪，隋唐两朝重新统一中国，将中国的整体实力重新发挥强大，而此时，百济国的势力正不断衰退，这对和百济拥有长达数百年良好外交关系的日本来说，又无疑是一次巨大的冲击。
在日本内部，数个政治集团正在不断斗争，阶级斗争剧烈化，对日本国内的实力造成了破坏性的影响。
在此看来，圣德太子的改革，一是迫于国内形势的紧张，二是在于国际关系上的威信下降，外事崩溃，倘若外事崩溃，这对日本统治者来说又无疑是一次严重打击威望的事件。
公元603年，圣德太子发起改革，这一年，日本改革了官制，确立了冠位十二阶，通过个人才干和政绩来取代士族门第的选取，以此遏制贵族集团的权力，一年后，又制定了十七条宪法，崇尚佛教，限制贵族，利用佛教教化来教育日本臣民，使日本达到长治久安的目的。
圣德太子又于607年派遣遣隋使，学习中国文化，制度，技术，努力建设本国，如此下来，圣德太子改革，为日后的大化改新积累了条件
大化改新发生于646年，其发生过程历经种种变故，645年6月12日，在中大兄皇子和中臣镰足的策划下，利用苏我氏出访三韩（新罗，百济，高句丽）的机会，发动兵变杀死苏我氏，将苏我氏宗家消灭，夺取中央政权，孝德天皇即位，改元大化，以中大兄皇子摄政，以“帝道唯一”为宗旨，发起大化改新。
改革的过程并不是一帆风顺，公元663年，百济遗臣鬼室福信领在日本作为人质的百济王子扶余丰归国复国，此时的百济已经濒临灭亡，唐朝率军驻军百济，而此时鬼室福信杀死了百济国内的大臣道琛，被扶余丰怀疑谋反，扶余丰杀死鬼室福信，后被新罗发觉，新罗联合唐朝消灭百济，此刻和百济有数百年关系的日本决定出兵挽回在外交上的败局，这场被称为白江口之战的战役，是中日之间的第一场大规模国际战争，虽然日军在战舰和军队上占据绝对优势，但是技术落后唐朝许多，因此被唐朝击败，百济灭亡，这场战役使日本深刻反省到自己所存在的问题，直到1592年丰臣秀吉入侵朝鲜之前，日本在千年之众再也没有染指东亚大陆的想法。
公元668年，天智天皇即位。战争的惨痛教训，迫使天智天皇审时度势的恢复与强盛的大唐帝国的国交。
天智天皇制定了称之为近江令的法令群，快速的重整了整个国家体制。到了天武天皇掌权的第九年（681年）时，其下令制定了飞鸟净御原令以及律令法等，将日本快速的导向为律令制国家，以立法巩固大化改新的成果，直到701年，大宝元年，此律令改为《大宝律令》标志着大化改新的完成。
大化改新废除了原本的部民制，改用班田收授法取代，班田收授法对农民授予口分田，6岁以上男子分两段，女子为其三分之二，六年一班，死后归公，按户分配均等的田宅和土地，且口分田限终身使用，不许世袭，买卖转让，但是可以租赁一年，所有领取口分田的班田农民要为国家分担租庸调的责任，但是这项制度并没有从根本上废除土地私有，所以在此政策推行的一百年后，这项政策濒临崩溃。
贵族豪强不断兼并土地，因此产生了一种新的经济形式，那就是庄园，也被称为寄进地系庄园,庄园经济的蓬勃发展，为日后日本武家政治的开启提供了契机，但是随着班田制的解体，日本也在朝着新的国家体制过度。
贵族豪强不断强化自己的实力，致使贵族外戚和天皇皇权之间的斗争愈发严重，甚至导致了摄关政治和院厅政治的出现
所谓摄关政治，即公元858年外戚藤原氏出任摄政，该职位又改称“关白”，实际掌握日本的中央权力，每当天皇年幼，则藤原氏出任关白，成为了例行的政治体制，这对天皇权力产生了削弱作用,同样，出任关白者，也必须是藤原家，这使后来短暂统治日本的丰臣秀吉，也要改姓藤原氏，篡改自己的族谱。
为了遏制摄关政治，天皇采用了院厅政治，所谓院厅政治，即日本天皇为摆脱摄关家的控制，进行了一系列的斗争。1068年，后三条天皇即位，开始亲政，并任用非藤原氏系贵族担任要职。他死后，其子白河天皇在位13年，然后就把皇位传于年仅8岁的皇太子，自己出家为僧，称为法皇，另立院厅，继续执政40余年，奠定了院政基础。以后天皇也如法炮制，以法皇身份行使院政权。这种政治形式称为“院厅政治”。
尽管天皇在权力的纷争上和贵族豪强愈发对抗严重，但是公元1180年的源平合战，彻底改写了日本的历史。
随着社会的转型，日本产生了武士这一阶级，武士之下有“奉公人”“郎党”“郎众”之类的下级士兵作为附庸，这一新兴的阶层拥有极强的宗族观念，但是武士道精神一词，源于江户幕府时期，但是武士的精神却在源平合战时期形成。
征夷大将军垄断了日本政治长达七百年的时间，直到1868年，德川庆喜宣布退位，大权重新归还到明治天皇的手中，七百年的时间，武士阶层统治了整个日本，他们的观念对日本的侵略扩张产生了深远的影响。
幕府政治并不是完全由征夷大将军一人垄断，日本经历了三个幕府时期，除了江户幕府，幕府将军有强大的中央集权外，镰仓幕府和室町幕府的将军经历了长久的无权时期，他们更加像是权威的体现，源赖朝的岳父北条时政在其死后，废黜其子源赖家，改立源实朝为幕府将军，从此幕府将军大权落于外戚北条氏手中，北条氏自称执权，夺取了武家政治。
由于北条氏出身平氏，镰仓幕府治下的源氏多有反叛，但是均以失败告终。
触动镰仓幕府统治根基的，仍然是东亚的国际关系，1274年和1281年，元朝两次入侵日本，均被日本击退，在这场保卫国家的战争中，日本动员了十几万大军来防卫元朝，但是也因此，庞大的战争开支触动了镰仓幕府的统治根基，由于镰仓幕府难以满足各管领下的领主所需要的经费，这造成了武士阶层对镰仓幕府的普遍不满。
天皇利用此机会，欲图倒幕，但是都以失败告终，早在1221年，后鸟羽天皇就曾策划承久之乱，但是失败告终，公元1333年，后醍醐天皇趁着幕府陷入危机，举兵谋反，起初，后醍醐天皇得到了绝大多数武士的支持，支持后醍醐天皇的源氏，有两位重要的当主，一人是足利尊氏，另一人则是新田义贞
两人共同推翻了北条执权统治下的镰仓幕府，但是后醍醐天皇在恢复权力后，急于打压武家政治，他将大多数重要的官制交给了位于京都的贵族和公卿，同时发行新的货币，却导致食货出现了严重的不统一，参与倒幕的武士们，并没有瓜分到北条家的财产和领地，在此重重的压力之下，足利尊氏再度率兵反叛，于1336年自立为将军，建立室町幕府。
足利尊氏建立室町幕府后，并不意味着他作为源氏一门，也是天下武家的领袖，就有着绝对的权力，足利尊氏担任将军后，旋即面临新田义贞和楠木正成的对抗，后者两人都是天皇的支持者，楠木正成更是以绝对劣势的兵力在凑川合战中留下了悲壮的一页，正是楠木正成对天皇的忠诚，被后世军国主义分子所利用，渲染了所谓七生报国的精神，而足利尊氏更是被打成国贼的骂名，直到日本法西斯政府被推翻后，足利尊氏的历史地位和评价才被改善。
同时，足利尊氏并没有料到，足利家的内部也发生了内斗，其弟足利直义和家臣高师直的内战更是使得足利家元气大伤，足利家的控制范围不得不变成京都及其附近，将军的权力大幅度受阻，日本划分为南北两朝，这些问题直到足利义满当政时期才得以改善。
室町幕府给予了各地领主十分巨大的权力，他们被称为守护代，统领其管领，拥有自己的行政权，因此，在1467年，围绕着第八代将军的继承问题，日本爆发了应仁之乱，参战人数多达二十万人，由此开启了战国时代。
前文提到日本经常有下克上的情况，如足利直义和高师直之间的内战，就是下克上的典型，日本战国的下克上更是激烈，织田氏在夺取斯波氏的权力后，以名古屋的尾张城为据点，大规模向外扩张，这个时代的日本，人性如同豺狼一般，当织田信长消灭了他的对手以后，他成为了大半个日本的控制者，但是正当织田氏锋芒正盛的时候，织田氏的部将明智光秀发起了本能寺之变，杀死了织田信长，因此织田氏的势力开始分裂，其部将羽柴秀吉击败明智光秀和织田氏另一手下大将柴田胜家，而后又通过外交手段迫使德川家康屈服，重新成为日本的统治者。
羽柴秀吉接任关白一职，他被赐姓丰臣，是为丰臣秀吉。
丰臣秀吉重新丈量了日本的土地，称为太阁检地，又发布刀狩令，将日本百姓的武器全部收缴，因此武士携带武器已是特权，经过一系列的改革后，丰臣秀吉决定，完成他更大的野心，那就是入侵朝鲜，征服中国，因此，中日之间的第二场较量，开始了。
丰臣秀吉之所以进攻朝鲜，除其个人野心之外，其手下大将增加，分配土地，也是一个原因，但是丰臣秀吉两次入侵朝鲜无果，均被击败，也因此，德川家康篡夺了丰臣家的权位。
德川家康在小牧长久手之战中击败了兵力数倍于己的丰臣氏，但是丰臣家灵活地在诸大名之间斡旋，致使德川家康失去了战争的正当性，他选择臣服丰臣家，由于战败，丰臣秀吉在心中埋下了对德川家康敬佩而又猜疑的种子，德川家康或封“关八州”关八州是关东武士的聚集地，这里辈出精锐，源氏的武士和足利家的武士均出自于此，加之德川家康拥有其训练了数十年的三河武士，实力非常强大，在丰臣家的“五大老”中，德川家康实力最强，领地最大，在丰臣秀吉死后，他企图一手遮天，控制丰臣家的政治，但是受到丰臣家小姓石田三成的不满。
石田三成在西国拉拢诸位大名，但是他们的实力都在侵朝战争中损失严重，加之西军总大将毛利辉元的厌战，致使德川家康击败了臣服丰臣氏的诸位大名联军，实际上，德川家康灵活的外交手段是他能够获胜的原因，在关原之战中，支持德川家康的大名多数是丰臣氏的得力干将。
德川家康是日本战国史上活得最久的大名，他出生于1542年，亡于1616年，长期的执政经验使德川家康深知大名对中央政府的危害，他发布了《武家诸法度》以此 限制日本大名的发展，又设置谱代大名和外样大名，御三家等，对内，幕府设置大老，老中，若年寄，等官职是为三役，同时三役一下设置勘定奉行，江户町奉行，寺社奉行，监管地区，同时实行严格的闭关锁国制度和士农工商为主的四民制度，兵农分离制度，并且，藩主们必须要在江户居住，同时行使参觐交代制度，参勤交代起源于镰仓时代时，御家人前往镰仓执行官职。战国时代时，部分大名在居城外的城下町聚集服从主君的武士。丰臣秀吉掌权后，在大坂城、伏见城、聚乐弟等城堡，赐予大名屋敷，由大名的妻子居住，大名则一年需要前往一次。这成为了参勤交代的原形。此制度极大限制了大名的反心。
1633年-1639年的锁国政策对德川幕府带来的影响是十分巨大的，他们不再和西洋商人通商，曾经，葡萄牙火绳枪传入日本，对战国的战争战术起到了巨大的改变，但是在锁国政策开始之后，江户幕府禁止皈依基督教，也因此在1637年爆发了岛原天草之乱，这次起义被严酷镇压，使江户幕府的锁国政策更进了一步。
虽然江户幕府拥有一套非常稳固的制度来维持统治，但是支持江户幕府的势力多在西国以外，西国的不少大名都对德川家有所不满，他们虽然接受了锁国令，但是也是最早接受西方思潮的幕藩，如萨摩藩，土佐藩，长州藩，佐贺藩，他们被称为倒幕四强藩，成为江户幕府的而掘墓人。