自崇祯四年末大凌河之战结束后，大明固守锦州不再东扩，将注意力转移到镇压西北的流寇上，后金也借机征讨没有归附的蒙古察哈尔部。辽东一时太平无事。
崇祯五年四月，皇太极率军西渡辽河，并在昭乌达（今昭乌达盟）征召喀喇沁等蒙古诸部，集结起十万兵力，西征察哈尔的林丹汗。林丹汗无法抵挡，至五月二十三日后金已进攻到大同、宣府北面的察哈尔属地。
二十七日后金攻入归化城，林丹汗渡过黄河西逃。皇太极于七月班师返回沈阳，不久后林丹汗病死于青海。明朝失去了察哈尔部的屏护，大同、宣府将和蓟镇一样直面后金兵锋。
而明朝经过几年努力，于崇祯六年九月将十几万流民军压缩、包围于河南武安一带，而且流寇中的大佬级人物全在（高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成、贺双全等）。要不了多久就可以一次性解决问题，形势一片大好。
关键时刻皇太极又来搞事了。崇祯七年五月，他带兵再次绕开关宁防线从宣府北面的尚方堡入塞劫掠，为保大同朝廷只得将曹文诏从河南北调，导致河南围困民军的兵力不足。总兵王朴没有把握歼灭民军就同意了他们的投降，从包围圈里跑出后，这些人自然是继续兴风作浪。
张献忠出了包围圈之后就带兵一路抢劫到凤阳，挖了老朱家的祖坟，崇祯被气得吐血。崇祯八年六月从大同南下继续围剿民军的第一悍将曹文诏中伏殉国。原本眼见就要覆灭的流民起义又遍地开花，朝廷几年来耗费大量人力物力的努力尽毁。
同年（崇祯八年）皇太极再征察哈尔残部，这次他抓获了林丹汗的儿子额哲并获取了当年元顺帝从北京出逃时带走的传国玉玺。大喜的皇太极经过一番准备后，于崇祯九年四月十一日，正式称帝并立国号为“清”，并改女真称谓为满洲。
为了应对乱局，崇祯只得又另设一个五省总督（第一个五省总督是洪承畴，负责西北五省），由卢象升担任负责剿灭江北、河南、湖广、四川、山东五省民军。崇祯九年正月卢象升率大军在滁州大败流民军。一路追杀又在南阳大败流民军，高迎祥率残部逃往陕西，后在周至县与其心腹刘哲、黄龙一起被孙传庭俘获（于七月献俘京师处决）。
形势又是一片大好，可惜历史不存在如果。崇祯九年五月，刚称帝不久的皇太极发兵经延庆入居庸关，直取昌平。至七月清军开始以京师为中心，四处劫掠“克十二城，五十六战皆捷，获人畜十七万九千八百二十”，京畿附近的明军根本就无法抵挡。
崇祯只好召令卢象升率军北上驰援京师，中原的流民军如释重负，“遂大逞，骎骁乎不可复制矣”。本已陷入绝境的流民军，在明军北上后很快就又壮大起来。
崇祯十一年八月末，皇太极命多尔衮为大将军。率军从墙子岭和青山关破边墙入塞征明。清军于十一月陷良乡、涿州、高阳，孙承宗全家战死。十二月与杨嗣昌、高起潜不和的卢象升被迫率五千残兵与清军主力战于钜鹿蒿水桥，兵败殉国。
崇祯十二年正月，清军攻陷济南，屠城并将城中财物劫掠一空。二月，多尔衮率大军至天津卫，三月，经青山口出关，撤回辽东。
至此明朝原先两面包夹围困后金的战略优势地位已荡然无存。自己反而陷入了被满清和内地流民军两面夹击的战略被动之中。而且满清的入寇劫掠既让明朝损失大量财物、兵力，还制造出大量难民，而这些朝廷无法赈济的难民只能加入流民军，让明朝雪上加霜。
崇祯十四年，皇太极决定继续消耗明朝的实力，为以后决战或议和做准备。而消耗的办法还是，围城打援。皇太极令济尔哈朗、多铎在锦州和广宁之间的义州筑城。然后以义州为基地包围锦州。
四月义州城筑起，后金开始围困锦州城，围城的方法和当年包围大凌河一样，巧的是守城的也和大凌河时一样，祖大寿！
清军刚包围锦州城，城里的蒙古人就坐不住了。主动联系清军投降，并作为内应配合清军夺了锦州外城。自萨尔浒开始，蒙古人几乎年年都要出卖大明，结果到这个时候最前线的城市还让大量的蒙古人参与防守。
祖大寿只得向宁远求援。救还是不救？
如果不救，锦州城里的数万将士和大量物资就这么拱手让给清军么？而且就算是舍得割肉，清军拿下锦州继续南下，锦州到宁远之间的松山、塔山等城池、堡垒又怎么办呢？全部不要了？如果不要的话，又何必把防线前推到锦州？什么叫作茧自缚？
如果救，那怎么救呢？根据大凌河的经验，靠关宁军自己是救不下来的。而且此时明朝上下已然明白现在处于“攘外必先安内”还是“攘内必先安内”的选择中,不将后金或内部流民军先解决一个，大明会被生生耗死。
于是乎集中明朝全部力量在锦州一次性解决问题这个赌博式的选择变得自然而然了。挽救大明的重任，落到了洪承畴的肩上。
洪承畴字彦演，万历四十年进士。进入崇祯朝后以镇压流民起义而逐渐被世人所知。他出名的不是他的军事才能，而是他对付流民军的手段。
反抗自然要杀，投降的一样杀，因为洪承畴知道他们造反就是因为没有饭吃，即便投降了，没有饭吃很快还会造反，所以都是跑不掉了诈降，而他洪承畴没办法解决他们的吃饭问题。不过洪承畴还是有些人性的，不是将流民无差别全部屠杀，而只是将流民军中的骨干、头目全部杀掉。
在洪承畴的残酷手段下，大大小小的闯王、闯将们很快就在陕西呆不下去了，纷纷逃亡。崇祯九年洪承畴升任五省总督，与卢象升分区配合剿杀流民军，最终击溃高迎祥部并生擒高迎祥。
崇祯十二年正月，崇祯帝授洪承畴兵部尚书兼右副都御史总督蓟辽军务。当年在洪承畴的指挥下，先是马科、左光先击溃李自成，然后曹变蛟在潼关设伏大败李自成，李自成仅余十八骑逃入陕南地区。这也说明洪承畴的军事才能也是有相当水平的。
洪承畴在研究了辽东的战局后认为，提出了自己的方针：
“今日筹划辽事并非只守不战，乃是守而兼战，唯其如此，才可以成其守；而战又非浪战，必在正兵之外另出奇兵，然后可以守可以战。”
具体的部署是：吴三桂、刘肇期官兵一万分驻松山、杏山之内；以他自己的官兵一万五千四百人出镇前屯、中后之间；以防蓟官兵一万六千人分布于中协四路、东协建（昌）、冷（口），西协墙路之界，以山（海关）、永（平）抚臣朱国栋驻守山海关关门，以镇臣马科出中前。
祖大寿向宁远发出求援消息后，洪承畴亲自前往松山城（松山离锦州十八里）探查敌情。洪承畴觉得目前的兵力不足，向崇祯请调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、蓟镇总兵唐通、榆林总兵马科，共七万兵马。
并向崇祯说明了自己的策略：在宁远集结兵力，但是不会急于援救锦州。采取“持久之策”，且守且战，彻底将敌人拖穷、拖垮。
在等待兵马汇集的同时，洪承畴立营于松山西北与清军济尔哈朗、多尔衮交手数次，双方互有杀伤，明军斩敌首一千五百多级略占优势，明军士气和信心一时大涨。不久，杨国柱、王朴等部先后来聚，兵力更增至十三万，明军士气更盛。
沈阳的皇太极得知，急得“忧愤呕血”，命阿济格率军支援前线。然而阿济格几次进攻，均告失利，连续的失利让阿齐格有些心灰意冷，想要撤军。
可以说，由于洪承畴调度得当，其扎营固守，先将自己立于不败之地，而守中又不时主动出兵与清军交战，以积小胜为大胜，战局在一步步地向他所希望的方向发展。辽东巡抚方一藻也高兴地向崇祯汇报，现在形势对明军很有利，只要合适的时机一到就可以给清军致命一击了。
此时在包围圈里的祖大寿也挺欣赏洪承畴这种稳扎稳打慢慢耗死清军的方法。他还唯恐明军会因一时小胜而成骄兵，多次派信使潜出城，提醒朝廷的官员们“宜车营逼之，毋轻战”，此时形势不敢说一片大好，但对明军是还是很有利的。
然而京师的兵部尚书却出来说不同意见了，他不同意一味固守。多次请崇祯下令洪承畴兵分四路出击，围攻锦州城外的清军大营。对此洪承畴反驳道兵分四路只会分散兵力，而且强调这个时候必须“持重以待”。崇祯虽然军事上不是很懂，但是还是选择了信任前线统帅。
陈新甲为什么要在大家都不反对的时候跳出来反对呢？并不是他自认为军事才能远胜洪承畴。而是他觉得这么旷日持久地拖下去，朝廷负担不起巨额粮饷。 “用师年余，费粮饷数十万，而锦围未解，内地又困”，所以催促洪承畴尽早解决锦州问题。
而大明穷成什么样了，崇祯是最清楚的。加之这个时候派往前线的兵部职方郎中张若麒汇报说前线明军与清军多次较量都占上风，而且大军基本集结完毕，明军人数大优。已经被国库亏空、财政赤字搞得焦头烂额的崇祯再也抵挡不住省钱的诱惑，给洪承畴下旨要求其尽快进军。
接到旨意的洪承畴于崇祯十四年七月二十六日将明军集中于松山，八月二日开始进攻锦州城外的清军，锦州城内的祖大寿也从城内杀出，想内外夹击。然后明军连续几次进攻没能攻破营盘，祖大寿也被清军赶回城中。
正在养病的皇太极接到军报，觉得正是重创明廷军事力量的大好时机，不顾病重，御驾亲征。八月九日，下达总动员令，“传檄各部兵马，星集京师”，“悉发清、蒙之兵，年十五以上”一律随军出征，加强松山清军的兵力。决定明清命运的松山决战正式拉开帷幕。
皇太极于八月十一日率援军出发，十九日到达锦州。现场查看态势时，皇太极突然意识明军过于集中，并没有多少兵力保卫后方。于是一面沿王宝山、壮镇台、寨儿山、长岭山、刘喜屯、向阴屯、灰窑山，至南海口一线下营，一面在北山顶、杏山东面、锦州西南挖壕沟。
这样一来松山的明军就处在包围圈里了。然后派阿济格攻击了军在笔架山的储粮点。清军动作迅速，仅仅一天的时间就完成了包围圈。断了粮道十三万明军除了随身携带的三日口粮外，只剩松山城中原为五千守军准备的军粮。
二十日，明军各镇兵一齐出动，与清军大战，激战一天，胜负未分，明兵未能击破包围。二十一日，洪承畴亲率明军向清军镶红旗营地发起攻击，皇太极怕明军溃围而出，亲自督阵，明军未能破围，退回松山城。连战两日后皇太极料定明军将放弃锦州，向宁远突围。就令多铎在塔山、高桥、杏山一带设伏。
当天夜里明军各部只剩一天口粮，军心开始不稳，很多人都主张连夜向宁远突围。洪承畴不同意大家意见，觉得一旦下令突围各军逃命之下很快就会溃散，当下只有绝地反击，与清兵决战才能摆脱困境。
本来各部选出悍兵，死中求生、拼力一战，反败为胜都未可知。可是军心已经动摇，众将各怀心思。当夜大同总兵王朴率先领本部人马逃跑。其他各部看见王朴逃遁，也纷纷逃命。十三万大军转眼就没有任何胜算，成了待宰猪羊。
是夜，明军 “各帅争驰，马步自相蹂践”。逃亡中的明军杯弓蛇影，才走不远，遥见前面有火光，以为已中埋伏，到处乱跑，互相冲撞，“且战且闯，各兵散乱”。
事先埋伏在塔山、杏山等地的清军又在前面拦头截击，“明兵窜走，弥山遍野，自杏山以南，沿海至塔山一路，赴海死者，不可胜计”。在小凌河口西直抵海一线，明兵数万人被赶入海滩，又正遇海水涨潮，伤亡惨不忍睹，海中浮尸飘荡。
逃跑的几支明军几乎全军覆没。吴三桂、王朴、白广恩、唐通、马科等及六镇残兵都溃入杏山城，张若麒从小凌河口乘船由海上逃走宁远。剩下曹变蛟、王廷臣两总兵和辽东巡抚丘民仰没有逃，撤入松山城，与洪承畴同守孤城。
二十六日，吴三桂、王朴率残兵出杏山城，逃往宁远，行至高桥，遇到多铎的伏兵，清军“伏兵四起，阻截前路，追兵蹑后，合力进击”明军被歼，吴三桂、王朴两人仅以身免。
此战明军损失惨重，光陆地上被清军斩杀的就有五万三千七百八十八名（满清一样实行军功首级制），淹死在海中的已无法统计。除了留在松山城中万余人，十三万大军逃回宁远的寥寥无几。
惨败之后洪承畴与祖大寿各率万余残军坚守松山和锦州等待救援。朝廷众臣虽然是各种谋略层出不穷，但半年的时间也发不出一兵一卒前去救援。期间洪承畴组织过几次突围，都被清军赶回城去。
崇祯十五年二月十八日，松山副将夏承德率部众捉住洪承畴和诸将领献城降清，除洪承畴、祖大乐两人以及夏承德的部下和家属外剩余三千多明军将士尽数处斩。松山沦陷后锦州的祖大寿也献城投降，除祖大寿部属外八千多明军将士全被屠戮。
随着锦州、松山的陷落，明军也放弃塔山、杏山收缩回宁远，宁锦防线宣告破灭。崇祯十六年，为了逼迫吴三桂投降，满清采用了祖大寿的绝户计。用大炮轰开了中后所、中前所、前屯卫三城，关宁军损失一万五千人，大量将领家眷被俘。整个关外就只剩宁远一座孤城。关宁防线真的固若金汤么？
萨尔浒之后明军战斗力每况愈下，一战即溃。究其原因还是因为朝廷拖欠军饷，试想平时军饷都领取不到，将士怎么可能不惜命，活着都领不到钱难道还指望父母妻儿在自己死后被朝廷照料么？朝廷都不能让我吃饱饭，凭什么要求我为朝廷卖命呢？大明的钱都到那里去了，基本上都去修关宁锦防线了。
为了修这条防线，大明基本是搞得倾家荡产，连赈济灾民的钱也拿不出来，只能坐看海内群盗蜂起。但可笑的是防线修好后又不能自守，朝廷还是得一次次将关内精锐部队调出关外去消耗。最终精锐丧尽，就只能眼睁睁地看着流民军磨好屠刀架在自己脖子上。