公元195年，李傕，郭汜，张济，樊稠他们闹起了“窝里反”。先是李傕疑心樊稠通敌，把他骗到营里来杀了。这么一来，郭汜起了疑心，怕李傕也算计到自己的头上。
这一天，郭汜从李傕家喝酒回来，一进门就“哇，哇”地吐了一地，他媳妇儿带着哭音儿说；“这可怎么好哇，八成是中毒了！”说着拿来半碗粪汁，硬给他灌了下去。郭汜一恶心，又吐了好一阵，才舒服一点儿。郭汜可真火儿了。他大骂李傕说；“我和他一同起兵，什么事儿都让他一步，没想到害来害去，害到了我的头上。我要不先动手，还活得了吗？”他马上带着自己的人马朝李傕家里打过去。李傕一面抵挡，一面派人硬把汉献帝从宫里带出来，连同贵妃，宫女，大臣们都送到自己营里，还抢走了宫里的财物，末了儿，一把火把宫殿也点着了。反正皇帝在他手里，由着他说了算。
李家兵和郭家兵互相残杀，老百姓又遭了殃，不几天就死了好几万人。这时候，镇守弘农（在河南灵宝东北）的张济也带着兵来了，说是要给他们两家调解。经过张济说合，两边总算答应不打了。可是宫殿烧坏了，没法儿住。大伙儿商量着，决定把京城搬到弘农去。刚走到半道上，李傕，郭汜，张济都后悔了。他们都不愿意离开长安。汉献帝只好让他们留下，自己和大臣们走了。这三个人一寻思，要是把皇帝放走了，那还拿什么当回来。招牌呐？他们就带兵往东追，想把汉献帝劫
汉献帝由大臣董承，杨奉保驾，刚到了弘农，李傕他们已经追上了。一仗打下来，从长安带出来的文书，图籍什么的扔得满地都是，谁也顾不上收拾。趁着李傕他们在弘农抢劫这工夫，董承，杨奉才保护着汉献帝渡过了黄河。他们想着，弘农不能去了，只有回洛阳这一个办法了。
过了年，汉献帝回到了洛阳。洛阳被董卓一把火烧毁以后，到现在也没恢复。文武大臣只好在破墙头上搭起个草棚，或者盖上间土房，凑合着住。住倒是能凑合，没有粮食吃可更难办了。汉献帝和皇后，贵妃们都饿得肚子咕咕直叫，大臣当中不断有人饿死在路上或草棚里。实在没办法，文武百官们只得一个一个地提着小破筐儿到野外挖野菜吃。挖了半天，挖了小半筐，要是碰上士兵，还许给抢了去。汉献帝年轻轻的，他能有什么法子呐？
就在这时候，曹操忽然到洛阳来朝见汉献帝了。他还带来了大批人马。大臣们十分奇怪，曹操什么时候有了这么多人马呐？他们都连忙打听起来。
原来在这以前，袁绍从冀州牧（相当于刺史）韩馥那里夺了冀州，让曹操到东郡当了太守。曹操有了自己的地盘，就琢磨着怎么壮大力量。恰好，有个消息传过来，说兖州刺史刘岱被那里的黄巾军杀了。黄巾军没有占兖州的打算，杀了刘岱，就又去了别处。曹操的一个谋士叫陈宫，他对曹操说；“刘岱死了，兖州现在没了刺史，空着位子，朝廷正乱着，也顾不上，这可是给您留的好机会。我打算到那边替您活动活动。”曹操心里乐开了花，马上点点头说；“那敢情好，就请你辛苦一趟。”
陈宫到了兖州，找到当地的下级官吏，对他们说；“当下国家打乱，兖州没个有能耐的人镇守，怎么行啊？我看曹操这个人治国有办法。咱们何不把他请了来，当兖州的刺史，有这么个能人镇守，地面安定了不说，你们也都能保住官职。”官吏们听了都觉得是这么回事。他们就派人去请曹操。曹操不费吹灰之力，就这么得了兖州。随后，他就集中兵力，要加紧消灭当地的黄巾军。
黄巾军打仗挺勇敢，一开始就给曹操来了个下马威，杀了他好几百人。可架不住曹操会用计谋，不是设埋伏，就是分兵包围。没多久，青州一带的黄巾军就给曹操打垮了，逃的逃，降的降。曹操一下子收编了三十多万人，都叫“青州兵”有了这支强兵，他的人马就壮大起来了。
过了不久，朝廷从长安派了一个新的兖州刺史，叫金尚。真刺史和假刺史争斗起来，曹操这个假的仗着兵力强壮，把两手空空的金尚赶跑了。曹操为了让朝廷承认他，又派使者带着礼物到长安，请求朝廷批准。朝廷一见米已成粥，只好认可曹操当兖州刺史。
曹操当了真刺史，他的狠毒也露了马脚。有个叫边让的文人，说了几句对他不满的话，他就下令杀了边让，对边让的一家也没放过。后来，曹操派人把他爸爸曹嵩接来兖州享福。曹嵩带着全家人，装上金银财宝，走到徐州地面上，不料被一群强盗截住。一家子都被杀死，财宝也给抢走了。曹操得到报告，哪有不心疼的呐？可他没调查是谁干的，就把气全撒在徐州人身上，派兵攻打徐州各县不算，还下令屠城，杀了不知多少无辜百姓。
这么一来，好多人恨死了曹操，连当初为曹操当说客的陈宫，都不愿意再跟他共事。陈宫趁着曹操攻打徐州的机会，联络了陈留太守张邈，要夺取兖州。张邈本是曹操的好朋友，帮过他招兵买马，这会儿也跟他分了手，还请吕布来帮忙。陈宫从此就当了吕布的谋士。他们几个发动起来，向曹操宣战。曹操只好从徐州回来，和吕布他们拼。双方打得难解难分。吕布真能打仗，把曹操打得稀里哗啦的，差一点儿就要了他的命。可最后，曹操仗着人多，还是保住了兖州。张邈被杀，吕布和陈宫跑到徐州，投靠了刘备。曹操也损失了不少人马。
经过这回折腾，曹操明白自己的敌人太多了，要想成大事，就非有大权不可。他让手下打听朝廷的情况。听说汉献帝离开了长安，到了洛阳，朝廷没个主事的人，他就动了把皇帝接到自己身边的心思。手下有好些人反对，他们说；“您现在要的是人才，是地盘，有了这些干什么不行呐？皇上那么个孩子，实际上什么用也没有，要他干什么?”谋士荀彧不同意这种说法。荀彧对曹操说；“从前高祖替义帝发丧，结果天下的人都拥护，收取了人心。现在天子受难，没吃的没穿的。这时候您能出来帮助皇上，正是人心所向的好事。对这种事，您可不能犹豫。”
荀彧是颖阴人（颖阴在河南许昌），原本在袁绍手下办事，后来知道曹操是个有大志的人，就投奔了曹操，给他出了不少主意。曹操很敬重荀彧，把他比作自己的“张良”，特别爱听荀彧的计谋。这一回，他又听了荀彧的话，下了决心到洛阳来了。
汉献帝这年才十六岁。从当上皇帝的头一天起，他就让董卓，李傕，郭汜他们捏在手心儿里，像个玩意儿，心里挺不是滋味。这回见到曹操，他就把汉室兴旺的希望放在了曹操身上。他听从了曹操的建议，论功行赏，也处罚了一些人。从这以后，曹操掌握了朝中大权。
可是他刚到洛阳，自己的人太少。朝廷原有的大臣，谁看谁都不顺眼，谁都不服谁。曹操也不愿意和他们来往，他只看中一个叫董昭的，就派人把董昭请了来。董昭知道曹操有才干，挺认真地说；“您这次兴义兵，辅助皇上，功劳比得上春秋的五霸了。我看许城粮草比洛阳多，不如迁都到那儿去。有些大臣可能反对，可您要有所作为，不下个狠心恐怕不行。”曹操高兴地站起来说；“您说的正是我的本意，就这么办吧！”
曹操马上奏请汉献帝迁都到许城（后称许都）。汉献帝答应了。有的大臣不大愿意，可听说许成有吃有住，比在洛阳挖野菜过苦日子强多了，也就没再说什么。
公元196年，曹操保护着汉献帝到了许都。他叫人加紧建造宫殿，设立宗庙。造好以后，他请汉献帝正式临朝，汉献帝十分满意，封曹操做大将军，还封了侯。曹操知道袁绍势力大，不能得罪，又请汉献帝封袁绍做太尉。袁绍听说曹操比他的官儿大，说什么也不当这个太尉，还生气地说；“曹操能有今天，还不是靠了我吗？我当初不叫他当东郡太守，他哪儿会这么霸道。如今他反倒仗着天子的命令，骑到我的头上来了。这口气我可真受不了！”
曹操不愿意在这时候和袁绍翻脸，就请汉献帝改封袁绍做大将军，自己做了车骑将军，荀彧为尚书令。原来的那些大臣瞧见曹操掌了大权，自己失了势，有不少人干脆告老还乡，或者离开了许都。曹操才不稀罕这些人呐。他叫荀彧帮助他四处搜罗人才，任用贤能。谋士荀攸，郭嘉，钟繇，武将典韦，于禁，徐晃，这些人都得到了重用。连北海太守孔融这样有名望的人，也让曹操给请来了。这么着，曹操手下文的武的，有了一大批。人才济济，朝廷又有了新气象。
可是这时候，最让曹操发愁的还是没有饭吃。这么多年，没完没了地打仗，再加上接二连三地发生水灾，旱灾，风灾，虫灾，大片大片的田地都荒废了。老百姓只顾逃难逃荒，顾不上种庄稼；就是种上了庄稼，兵马一来，也收割不了；就是收割了，这家抢那家夺，自己也吃不上。因为这个，农民们哪儿有心思生产呐？军队没粮食吃，只好吃桑葚儿，掏螺蛳。老百姓连这个也吃不上，把树皮，草根都给吃光了。
颖川人枣祗看到这个情形，想出了“屯田”的办法。他把这个主意说给了曹操听。曹操高兴得什么似的，点这头说；“要是天下安定，就得有强盛的军队，丰足的粮食。你的办法实在太好了！”他让枣祗做了屯田都尉，赶快实行“屯田制”。
枣祗先请曹操发出通告，把那些无家可归到处流浪的农民集合起来。官家把他们组织在一块儿，借给土地和粮食。他们的任务就是种庄稼，好像是一支种地的军队。这些人不是士兵，也不是普通的农民，每年打下的粮食，一半归官，一半归自己。要是用官家的牛耕种，就把打下的粮食交出六成，自己留四成。他们不交田租，也没有官差，什么负担也没有，就是不能随便离开。要是有人扔了庄稼跑到别处，就得按逃兵办罪。因为免除了官差，生活能安定了，所以上交的虽然多一些，农民们还挺愿意干。那些给战争逼得家破人亡的农民，都争着来当“屯田客”。
枣祗除了做屯田这件事以外，还兴修水利工程，用不长的时间，挖了几条河渠，开出了一些稻田。这么一年下来，就收了公粮一万多斛。“屯田制”收到了实效，很快就推广到别的地方。曹操有了足够的粮食，就不为没有饭吃发愁了。
曹操虽然掌握了朝廷大权，可是各地首领都不听他的。那时候，谁占了一块地方，就自称是刺史，太守，就成了这块地方的土皇上。曹操仔细地点了点；袁绍已经占了冀州，青州，并州；袁术强占了扬州（在安徽寿春）；公孙瓒杀了刘虞占了幽州；还有徐州的刘备和逃到徐州的吕布，荆州的刘表······这些人都是自己的敌人。过了些日子，他又听说孙坚的儿子孙策占了江东。曹操对孙策也得防备着点儿。