10X空间转录组的注释流派

作者，追风少年i~

高考第二天，去看了一下在今天高考的数学卷子，惊奇的发现最后的压轴题自己还会做， ，大家不妨试一试，题在下面

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以前学数学的时候总是觉得生活中根本用不到，买菜根本不用计算log，就算做了数学老师，好像也就停留在纸面上，到底有什么用，想象不到~~~

时至今日做了生物信息，才发现当初的自己井底之蛙，单细胞空间数据处理运用到了庞大的数学知识，什么各种检验，均一化、标准化、降维、聚类等等等等，只可惜早已不是18岁的自己，如果当时能意识到这些方面，自己应该不会30岁买不起房吧~~~

今天分享一个小知识，关于空间注释的问题，主要分为两个流派，

流派1、依赖单细胞作为ref的注释

这个其实最常见，但是问题相当明显，单细胞必须匹配空间数据，一般很难有这样理想的结果，优点也特别明显，可以很精确的注释空间细胞位置。这类方法非常多，大家可以参考文章

超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

10X单细胞空间联合分析方法论

10X单细胞空间联合分析之单细胞数据不匹配的处理情况

10X空间转录组数据分析梳理

10X单细胞空间联合分析方法汇总及算法总结

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我写了很多，但这个不是今天的重点，今天的重点是流派2

流派2 区域划分与基因特征，如下图

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流派2 才是我认为最好的空间注释方法，但是呢，需要强大的生物学背景，如果大家想做一名科研人员，或者跟我一样想好好做数据分析的工作，就要好好锤炼了。这个流派涉及到很多的方法内容，以后我会逐步与大家分享，如果大家的空间数据没有合适的单细胞匹配，不如就学一学流派2 ，通常会收获很好的效果。

生活很好，有你更好，百度文库出现了大量抄袭我的文章，对此我深表无奈，我写的文章，别人挂上去赚钱，抄袭可耻，挂到百度文库的人更可耻