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R markdown的笔记02)

参考 R 数据分析指南与速查手册第5章内容

1. R Markdown 可以做什么？

单篇文档：
- R分析报告(html_notebook)
- html/pdf/word_document
- 仪表盘(flexdashboard::flex_dashboard）
- PPT(powerpoint_presentation)
书（bookdown框架）：
HTML版本：gitbook、ctexbook、html_book

pdf版本（pdf_book）
epub版本（epub_book）
格式和书一样丰富的单篇文档：
- HTML文档（html_document2）
- PDF文档（pdf_document2）
- word文档（word_document2

网站（bolgdown框架）

2. 为什么用R_Markdown

类似jupyter笔记本，将代码和输出结合在一起
有利于可重复性分析报告(Reproducible reports)。将说明文字、数据、代码、计算结果、可视化图表等结合在一起，其中的计算结果与可视化图表由对应的代码自动生成，而不是先在其他环境中运行代码、保存结果、再将结果复制粘贴到报告中。这就是可重复性分析报告
- 代码与文字结合，易于解读，排版方便
- 结果由代码直接生生，利于改动
- 只要数据源不作假，结果、图表都不可能伪造

3. 文档总体设置

YAML代码块：YAML块是Rmd文件最上方进行全局设置的代码块，上下被3个减号包围。不是Markdown语法，而是YAML语法。下面是一个典型的块：

---
title: "name ur titile"
author: "me"
date: "2021-1-30"

# 以html输出
output: 
  html_document:
    theme: cerulean
    toc: true
    # toc_depth: 2
    toc_float:
      true
    number_sections: true

# 以word输出
output: 
    word_document
 theme: cerulean
    toc: true
    # toc_depth: 2
    toc_float:
      true
    number_sections: true
---

设置	解释
title、author、date	文章标题、作者、日期
output	输出文档格式
theme	主题设置
toc	目录

上级和下一级之间有两个空格。

常见格式见标题1
其他设置见[yihui xie，R Markdown： The Definitive Guide]https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/#preface)

4. 富文本格式

4.1 普通文本

直接输入即可。不同模块之间最好用一行空格隔开，以防歧义。

输出含有中文的PDF时，一般需要有特别的设置：

如果有中文，LaTex 引擎需要选择为 xelatex，可以通过这张图的方式进行更改：

小齿轮->output format：PDF
小齿轮->advanced->LaTeX engine：改为xelatex

或者在开头输入：

output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex

如果中文全部空白，更改LaTex 的配置，用中文字体来渲染(渲染什么意思?)：

outputs:
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
    latex_engine: xelatex
 
header.tex可以是以下内容
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{楷体}  % 字体可以更换
\setmainfont{Georgia} % 設定英文字型
\setromanfont{Georgia} % 字型
\setmonofont{Courier New}

2. 分段

在两段的代码之间空一行(多敲一次回车)。输出结果会显示合适的段间距，但不会输出一个空行。

4. 各级标题

半角的＃代表标题，有几个＃就是几号标题。级别越多，字体越小。

一级标题可以不加＃，在下表加一行＝也表示一级标题。
二级标题则可以用一行－表示

1级标题
===================================
任意正文

2级标题
------------------------------------
任意正文

如果全局设置标题为编号的方式，而需要某个标题不编号，则在标题后添加{-}或 {.unnumbered}即可。

5.分隔线

单行3个及以上的减号-，该行没有其他符号，且与上下文本之间有空行分隔，则显示为分隔线。如:

上一部分文本

------------------------------------

下一部分文本

二级标题的-上下两行均不存在空行。

6. RMarkdown 的注释

文本注释：依然可使用Ctrl+Shift+C的快捷键，其结果为在待注释的文本前添加
R代码注释：无论是行内代码还是代码块，对于代码正文（不包括前后的斜引号及大括号里面的内容）来说，依然可使用Ctrl+Shift+C的快捷键，其结果与普通R脚本中的注释相同，为在待注释的文本前加井号#，文本注释与R代码注释举例如下：

这是行内R代码注释r # notes

这是未被注释的Markdown文本


# 这是R代码中的文本注释，和R脚本中的文本注释相同
# a <- "this is the notes of code"
b <- "this is normal code"  # notes

7. 无序列表

在每一条前面添加减号-或加号+或乘号*，并用空格将该符号与文本分隔，则显示为无序列表。
列表的各条之间如果有空行，间距视为段间距，如果没有空行，间距视为行间距。
三种符号之间可以任意混用。对显示效果没有影响。但建议同一级列表采用同一种符号开头。建议多级列表依次采用减号-、加号+与乘号*开头，超过3级循环使用。
次级列表比上级列表至少多空2个空格或1个Tab键，建议采用空一个Tab的形式。
- 这是次级列表。
多段列表：

后面的段落与第一段列表开头对齐，且与前一段之间有空行。
列表中含代码块，列表终止，见pandoc文档 https://pandoc.org/MANUAL.html#pandocs-markdown

8. 有序列表

在每一条前面添加一个数字与点，并用空格将该符号与文本分隔，则显示为数字有序列表。

数字可以是任意非负整数，可以是多位数，且不必按顺序写，可用重复数字，显示的序号从第1条的数字开始编号。

替代方案有

用英文圆括号将数字括起来开头，符号和文本之间用空格分隔。
数字后面接一个后圆括号，项目符号和文本之间用空格分隔。

以上两种方式，显示的效果依然为数字加点的形式。

次级数字列表比上级列表至少多空3个空格或2个Tab键，也即项目符号至少和上一级的正文对齐，建议用3个空格的形式。
在每一条前面添加一个小写字母与点，并用至少1个空格将该符号与文本分隔，则显示为小写字母有序列表，显示的序号从第1条的字母开始编号。
在每一条前面添加一个大写字母与点，并用至少2个空格将该符号与文本分隔，则显示为大写字母有序列表，显示的序号从第1条的字母开始编号。
项目符号不能是字母组合，且不必按顺序写。

10. 斜体

用星号*括起来即可。
也可用下划线_代替星号，但此时前下划线必须与前面的文本之间用空格分隔。
当待加粗的文本本身含有*时，在文本的星号前加上反斜杠即可。

11. 加粗

用2个星号*括起来即可。
也可以用下划线_代替星号，
前下划线必须与前面的文本之间用空格分隔。

12. 粗斜体

用3个星号*括起来即可，
也可以用下划线_代替星号，前下划线必须与前面的文本之间用空格分隔。

13. 行内代码文本

斜引号（重音符） ` 括起来即可
含有n个不连续的斜引号要用n+1对斜引号括起来：如为了显示```code```，代码应该有七个斜引号。

14. 代码文本块

在三个点后边加个‘r’，这段代码块将会高亮显示。
注意不要用括号将r括起来，否则会被视为可执行的r代码。

15-17. 下表、上标与同是上下标

文本前后插入一对^，则该文本显示为下标。如x₁显示为x1。

x~1~^2^显示为x₁²

18. 行内公式与公式块

行内公式用一对美元符号$包围LaTeX公式

公式块则用两个$$来包围

LaTeX的具体公式另行查阅。

20. 特殊字符与转义符

转义符为反斜杠\，当符号具有特殊功能时，要想输出符号本身，在前面加转义符。

单独的大括号可以正常输出，如{}，或左括号{，右括号}。

21. 链接

对于文本就是网址的情况来说，无需特殊格式，输入该超链接的文本，系统会自动识别其为超链接。注意该文本应与周围文本用空格分隔。

对文本不同于网址的情况来说，格式为显示文本

22. 插入图片

格式为 ![图片说明](C:/users/lenovo/图片路径)，注意图片路径中为正斜杠而不是反斜杠，包含文件名本身。

如果图片所在位置就在项目所在文件夹，在文件名前加点与斜杠，如[图片说明](./fig.png)显示为

如果图片的代码与上下文之间不空行，图片显示的格式如同引用块，单独在下一行。图片后面的文字也会另起一行，但不显示图片说明。如果图片的代码与上下文之间都空行，则会显示图片说明。图片说明在图片下方左侧显示，灰色字体区别于正文的黑色。

当路径中含中文时，在Rstudio浏览器中无法正常显示；当路径不含中文，文件名为中文时，无法在R脚本窗口显示。所以建议路径和文件名都用英文。

如果想控制图片的显示尺寸，可以用下面的方式：
```{r echo=FALSE, fig.cap="插入本地图片", out.width = '30%'}
knitr::include_graphics("./fig.png")
```

在上面的方法中，将路径名改为网址，还可以插入来自网络的图片（以及本地或网络的gif动图），如

```{r echo=FALSE, fig.cap="来自网络的图片", out.width = '30%'}
knitr::include_graphics("https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/aee91187a9c6811a802ddc524c3271302893a149/a7003/images/bandthree2.png")
```

23.插入表格

Right     Left     Center     Default
-------     ------ ----------   -------
     12     12        12            12
    123     123       123          123
      1     1          1             1
      
Table:  Demonstration of simple table syntax.

#这样最右边一格之内会有两行。
: Sample grid table.

# 用冒号控制左右和居中

+---------------+---------------+--------------------+
| Fruit         | Price         | Advantages         |
+===============+===============+====================+
| Bananas       | $1.34         | - built-in wrapper |
|               |               | - bright color     |
+---------------+---------------+--------------------+
| Oranges       | $2.10         | - cures scurvy     |
|               |               | - tasty            |
+---------------+---------------+--------------------+

| Right | Left | Default | Center |
|------:|:-----|---------|:------:|
|   12  |  12  |    12   |    12  |
|  123  |  123 |   123   |   123  |
|    1  |    1 |     1   |     1  |

  : Demonstration of pipe table syntax.

注意：

表的代码结尾必须空行。
表头上方可以有一行减号，也可以没有。
如果每行内容都是单行，则表主体部分各行之间无需符号分隔，表头与主体之间用减号分隔。
如果需要表内包含多行内容，则结尾必须添加虚线后再空行，虚线可以连续，也可以间断。表头上方必须有一行减号。处于表格不同行的内容，用空行分隔。处于表格同一行，但文本上不同行的内容，分行，但是不用空行分隔。
表头可以省略，但是表头与表主体之间的分隔符不能省略。当表头省略时，结尾必须添加虚线后再空行，虚线可以连续，也可以间断。

２４、25.　引用块和对勾框

在每一段文本（包括空行）前加入>与空格.

可用LaTeX中的语法产生对勾框：，对勾：

26-29 字体、字号、文字颜色、背景颜色

用HTML语法实现字体、字号、颜色。

······
如楷体显示为楷体，Times New Roman显示为Times New Roman

······
如字号25px显示为字号25px

······
如红色文字显示为红色文字，文字色号#33C0FF显示为文字色号#33C0FF

如背景为黄色显示为背景为黄色，背景色号为#33FF8B显示为背景色号为#33FF8B

实测在html_document里用······照样可以实现。

31. 对齐

默认为左对齐。
可用HTML语法实现其他对齐。

居中

这是居中对齐的段落。

右对齐

这是右对齐的段落。

分散对其

这是分散对齐的段落，文字不到一行。

32. 缩进

······

缩进两个汉字宽度的形式，可以设置为2em或32px

悬挂缩进

超过一行的段落，第1行未进行缩进，接下来所有行都进行了缩进。缩进的宽度是可以调节的。以上代码是缩进5个汉字宽度的形式。

整体左缩进

所有行左侧都进行了缩进两个字符。

整体左右均缩进

所有行左、右侧都进行了缩进两个字符

33-34. 插入视频、音频

scr就是source，插入本地音视频时需要写清格式，如果在同一文件夹下可以直接写文件名

来自本地的视频。

３５.　添加附件

点击下载附件 data.csv

效果为点击文字即可下载附件

5. 与代码的交互

行内代码
代码块
作为一个块，R代码会被执行，结果会在下方的另一个块中显示出来，如果是数值或文本，前面会以两个井号开头。如果有警告或报错，也会显示出来。

6. 代码块选项

更多设置可见yihui xie，knitr
或者我的另一篇R markdown笔记03-knitr01

1-7

代码	解释
`eval=F`：	代码块不执行但依旧会显示
`echo=F`：	代码不显示结果、报错等但是会执行
`result='hiden'`	代码会执行但不会显示结果
`results='asis'`	结果显示为原本的样子，段前没有#，没有灰色背景
`collapse = TRUE`	代码与结果在一块，中间没有分割
`warning = FALSE`	不显示警告
`error = FALSE`	不显示报错
`message = FALSE`	不显示通知信息
`include = FALSE`^[1]	仅执行代码，不显示代码，不显示结果，不显示警告、报错等等

[1]: 等价于echo=FALSE, results = 'hide', warning = FALSE, message = FALSE

8. 全局代码设置

所有代码均执行相同的设置，则在第一个代码块中按照如下的方式设置。

knitr::opts_chunk$set(fig.width = 8, collapse = TRUE)

9. 图片格式设置

参数	含义
out.width/height	设置图片相对宽度/高度^[1]
fig.width=6	图片宽度为6英寸
fig.height=6	图片高度为6英寸^[2]
fig.align="····"	设置图片对齐(’center’、’left’、’right’)
fig.cap="····"	设置图标题。
fig.show='hold'	多幅图并列显示

[1]: 参数为百分数形成的字符串。
[2]: 长宽的绝对值，单位为英寸。

10. 表格格式设置

普通的data.frame可以用knitr::kable(align= , )函数展示。

align参数设置对齐，“l”为左对齐，“c”为居中，“r”为右对齐。也可以用长度等于列数的向量来设置每一列的对齐方式。
digits参数控制小数点位数，相当于给每一个数值传入round函数。- - caption给出表标题。下面为一个例子。

knitr::kable(head(iris), align="c")

iris数据集前6行

如果是tibble格式，在某些格式设置（如html_document中）下可直接输出。

library(tidyverse)
as_tibble(head(iris))

7. 交互式图表

改变每页显示的行数、按某一列进行排序、多页之间进行跳转、搜索表格中你想要的数据。

library(DT)
datatable(iris, options = list(pageLength = 5))

得到的效果如下：

it’s just a picture

交互式图

例一：

library(dygraphs)
dygraph(nhtemp, main = "New Haven Temperatures") %>%
dyRangeSelector(dateWindow = c("1920-01-01", "1960-01-01"))

得到效果如下：

it's just a picture again

例二：

library(plotly)
p <- ggplot(data = diamonds, aes(x = cut, fill = clarity)) +
geom_bar(position = "dodge")
ggplotly(p)

得到效果如下：

it’s a pic again

例三：网络图

library(visNetwork)
nodes <- data.frame(id = 1:6, title = paste("node", 1:6),
shape = c("dot", "square"),
size = 10:15, color = c("blue", "red"))
edges <- data.frame(from = 1:5, to = c(5, 4, 6, 3, 3))
visNetwork(nodes, edges) %>%
visOptions(highlightNearest = TRUE, nodesIdSelection = TRUE)

得到效果如下

效果无法上传到此，可自行在rstudio中尝试

例五：3维挺newbeer的可以通过鼠标拖动并改变大小的图
(例四为heatmap，忽略)

library(threejs)
z <- seq(-10, 10, 0.1)
x <- cos(z)
y <- sin(z)
scatterplot3js(x, y, z, color=rainbow(length(z)))

例六：可交互式地图

可玩度比较高，搭配度分秒转化函数(jd()函数)可以根据已知经纬度进行定位，并在地图上呈现出来。

library(leaflet)
m <- leaflet() %>%
addTiles() %>% # Add default OpenStreetMap map tiles
addMarkers(lng=174.768, lat=-36.852, popup="The birthplace of R")
m

###度角分转化为小数函数
jd <- function(a,b,c){
  m <- a+b/60+c/3600
  return(m)
}
### result
> longitude<- jd(116,23,26.93)
> latitude <- jd(39,54,56.92)
> Imperial_Palace <- leaflet() %>%
+   addTiles() %>%  # Add default OpenStreetMap map tiles
+   addMarkers(lng= longitude, lat=latitude, popup="The gu palace")
> Imperial_Palace

效果：

do u know this palace

7. gif图呈现

将一系列数据图转化为gif

R markdown笔记02-from bookdown.org

1. R Markdown 可以做什么？

2. 为什么用R_Markdown

3. 文档总体设置

4. 富文本格式

4.1 普通文本

2. 分段

4. 各级标题

5.分隔线

6. RMarkdown 的注释

7. 无序列表

8. 有序列表

10. 斜体

11. 加粗

12. 粗斜体

13. 行内代码文本

14. 代码文本块

15-17. 下表、上标与同是上下标

18. 行内公式与公式块

20. 特殊字符与转义符

21. 链接

22. 插入图片

23.插入表格

２４、25.　引用块和对勾框

26-29 字体、字号、文字颜色、背景颜色

31. 对齐

32. 缩进

33-34. 插入视频、音频

３５.　添加附件

5. 与代码的交互

6. 代码块选项

1-7

8. 全局代码设置

9. 图片格式设置

10. 表格格式设置

7. 交互式图表

7. gif图呈现

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2. 为什么用R_Markdown

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2. 分段

4. 各级标题

5.分隔线

6. RMarkdown 的注释

7. 无序列表

8. 有序列表

10. 斜体

11. 加粗

12. 粗斜体

13. 行内代码文本

14. 代码文本块

15-17. 下表、上标与同是上下标

18. 行内公式与公式块

20. 特殊字符与转义符

21. 链接

22. 插入图片

23.插入表格

２４、25. 引用块和对勾框

26-29 字体、字号、文字颜色、背景颜色

31. 对齐

32. 缩进

33-34. 插入视频、音频

３５. 添加附件

5. 与代码的交互

6. 代码块选项

1-7

8. 全局代码设置

9. 图片格式设置

10. 表格格式设置

7. 交互式图表

7. gif图呈现

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２４、25.　引用块和对勾框

３５.　添加附件