HiC 数据堆积热图工具--coolpup.py

最近看到的一个新的绘制HiC数据热图的工具，记录一下.

1. 安装
   1.1 创建新环境

conda create -n coolpuppy python=3.9 -y

1.2 pip安装

pip install cython 
pip install coolpuppy

输入 coolpup.py -v 查看软件版本.

2. 使用
   2.1 利用bed文件(三列，染色体. 起始. 终止) 绘制感兴趣的区域

coolpup.py --features_format bed ./Scc1-control.10000.cool ./CH12_test.bed --nshifts 10 --clr_weight_name ""  --mindist 100000 --outname Ctrl_out -p 8 --log WARNING

-features_format: 输入文件类型
--nshifts:每个windows的控制区域数
--mindist 100000: 互作(interactions)之间最小的距离
2.2 画图

plotpup.py --input_pups Ctrl_out --output Ctrl_out.png

bed.jpg

2.2 利用互作区域bedpe文件(六列，染色体1. 起始1. 终止1，染色体2. 起始2. 终止2)绘制热图

coolpup.py --features_format bedpe ./Scc1-control.10000.cool ./ CH12_loops_Rao.bed  --nshifts 10 --clr_weight_name ""  --mindist 100000 --outname Ctrl_loop -p 8 --log WARNING

2.3 画图

plotpup.py --input_pups Ctrl_loop --output Ctrl_loop.png --vmin 0.54 --vmax 1.7

example.jpg

官方文档在这里: https://coolpuppy.readthedocs.io/en/latest/coolpup_py_cli.html
还有更多模式和参数可以使用