stereopy安装记录 & 不同环境里“ImportError: dlopen: cannot load any more object with static TLS”的解决办法

1. stereopy的安装

首先按照教程用conda安装后，果不其然又出现了：

ImportError: dlopen: cannot load any more object with static TLS

sklearn版本首先回退到了0.24.2，之后又删除安装了满足要求的1.0.1，sklearn的这个报错就解决了。

所以这个报错可能不是版本问题，而是安装顺序的原因？也有可能是conda安装和pip安装的区别？因为后续的重装和卸载步骤都是通过pip完成的。

sklearn的问题解决了，其他有几个包也有类似问题，后来查了一下本质原因应该是这个：

这是一个低版本glibc （< 2.23）的已知bug，通过dlopen加载一个动态链接库（DSO），并依次将其依赖的DSO也加载进来的时候。具体产生条件是：

glibc < 2.23

已经加载了超过14个含TLS的DSO

当前加载的DSO使用了static TLS

注意条件2，3。如果能够在加载14个含TLS的DSO前，提前加载含有static TLS的DSO，即可绕过这个问题。

具体做法：找到报错模块（比如paddle）如果可以单独import成功的话，调整import包的顺序，把出问题的包放在最前面import

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系统太老了，无法很好解决glibc的问题。先将就用吧。目前的问题出在华大空转的分析包加载中。预加载了部分包.

中间又出了一系列兼容问题，后来不知道怎么搞得莫名其妙装上了。。。但是加载的时候要注意按照以下顺序：

import leidenalg

import igraph

import sklearn

#import scanpy

import stereo as st

import warnings

warnings.filterwarnings('ignore')

否则还是会报那个TLS的错误。

2. scVelo环境下的问题解决：

这个比较简单，把sklearn回退到1.2.2版本之后，加载包的时候先把sklearn导入，就可以正常运行了。这个里面的python版本是3.10.10。除了TLS那个错误之外，在运行scv.tl.velocity_graph的时候用不了多线程，感觉应该是新旧版本兼容的问题。好在多线程对我不是必须的，于是直接去scVelo的源代码里改了一行。源代码地址：/home/wrj/anaconda3/envs/JP_notebook/lib/python3.10/site-packages/scvelo/core/_parallelize.py，把line 138直接改成：res=res，就可以正常运行了，但是感觉多线程应该仍然是用不了，先不管了。

在安装的过程中还出了另外一个小问题，报错信息：

Error processing line 1 of /home/wrj/anaconda3/envs/st/lib/python3.8/site-packages/distutils-precedence.pth:

  Traceback (most recent call last):

    File "/home/wrj/anaconda3/envs/st/lib/python3.8/site.py", line 169, in addpackage

      exec(line)

    File "", line 1, in

  ModuleNotFoundError: No module named '_distutils_hack'

解决方法：pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple setuptools。就解决了~

其他scVelo的错误：

pandas升级之后以前的category设置方法无法使用了，因此更改了一个地方：

/home/wrj/anaconda3/envs/JP_notebook/lib/python3.10/site-packages/scvelo/plotting/utils.py，第555行，把obs_vals.cat.categories = obs_vals.cat.categories.astype(str)注释掉即可，pandas升级之后不需要设置这个属性，反而因为更新会报错。

3. cospar：

这个环境下因为安装deepvelo引起了这个问题，后来的解决办法是把sklearn退回到1.1.1版本，anndata退回了0.8.0版本。