ImageJ自动批量多通道图片无损分离为单色荧光图

一共只需4步，ImageJ就可以将多通道的TIF图片中红绿蓝三色分开，并形成三张无损纯色荧光tif图片。

准备：

        在桌面上（必须是桌面）创建2个文件夹，分别为文件夹1和文件夹2。

        将需要拆分的多通道图片放入文件夹1中。可以放多张。

        将文件夹2重命名为1CHANNEL。

        （如果重命名为其他，则相应的需要将下面代码中所有的“1CHANNEL"改为为对应的名称。）

开始：打开ImageJ

1. Process → Batch → Macro
2. Input选择文件夹1
3. Output空着。
4. 将以下代码复制粘贴到代码框，按process即可。

ID=getTitle();
run("Duplicate...", " ");//复制一张图片
ID1=getTitle();
ID2=ID+"2.tif";
selectWindow(ID1);//选择刚刚复制的图片，并拆出2张黑色图片用于合成
run("Select All");
run("Cut");
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
selectWindow("Red");
close();
selectWindow("Green");
rename("Black1");
selectWindow("Blue");
rename("Black2");
selectWindow(ID);//选择原始图片，拆分通道。
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
path=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID;
run("Merge Channels...", "c1=Red c2=Black2 c3=Black1 keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID);
saveAs("tiff", path);
path1=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID1;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Black2 c3=Blue keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID1);
saveAs("tiff", path1);
path2=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID2;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Green c3=Black2");
selectWindow("RGB");
rename(ID2);
saveAs("tiff",path2);
selectWindow(ID);

详细步骤如下：(括号内为快捷键)

1. 打开多通道TIF图片
2. Image → Duplicate     (shift+D)
3. Edit → Selection → Select All   (A)
4. Edit → Cut （X）
5. Image → Type → RGB stack
6. Image → Stacks → Stacks to Images，生成三张纯黑的图
7. Image → Rename，将刚刚生成的三张图更名为“Black1”，“Black2”，剩下的一张关掉
8. 选中最开始的原图
9. Image → Type → RGB stack
10. Image → Stacks → Stacks to Images
11. Image → Color → Merge Channels
12. 重复三次11步，如下三幅图进行设置，即可获取三张纯色无损荧光图片。

    获得红色无损荧光图 

 

      获得绿色无损荧光图 

 

       获得蓝色无损荧光图

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