ImageJ

教程- Image J 计数（手动和自动2种方法）

Thisisthedividingline.01装载“ImageJ”及计数插件及计数ImageJ是一款开源的，基于Java构建的生物医学专用软件。这一点，从它的图标就能看出来了。
聊点学术·2024-02-06 04:45

【真情流露】我为什么要写一本OpenCV C++书籍

刚开始搞图像处理做的是生物数据分析与细胞分析，用的是工具跟SDK是ImageJ这个框架，多数算法都是我自己裸写，不依赖任何库。
gloomyfish·2024-02-03 13:45

【科研作图】使用imageJ进行WB定量/测量面积+使用genedoc导出矢量文件

1.使用imageJ进行WB定量https://zhuanlan.zhihu.com/p/583182022.使用imageJ测量面积http://www.sci666.net/38172.html3.
巩翔宇Ibrahimovic·2024-02-03 10:52

Image J细胞计数批量化操作

用ImageJ的来为图片上的粒子（Particles）计数，这里的粒子可以是细胞、克隆、孢子、菌落、病斑等。这次我计数的是克隆形成的结果。
克里克的钟·2024-01-24 19:38

使用python处理生物信息数据（二）

1.处理数据列处理ImageJ测量神经树突长度获得的数据。data=[]#读取neuron_data.txt文件，strip()函数去除文件中每行起始位置的空格和末尾的换行符。
你猜我菜不菜·2024-01-23 08:26

ImageJ批量操作时常见报错及其原因

ImageJ中，Process->Batch->Macro的功能十分强大，通过使用代码可以批量地去处理大量的荧光图片。但是对于运行过程中的报错，却很难在网上找到解决方案。
我是胡锦州·2024-01-20 01:59

ImageJ自动细胞计数的方法以及批量处理多张图片

用ImageJ打开图片后，1-1，Image→Type→8-bit1-2，Image→Adjust→threshold，弹出Threshold窗口。
我是胡锦州·2024-01-20 01:29

ImageJ自动测量每个细胞平均荧光强度及批量处理多张图片

用ImageJ打开需要测量的细胞荧光图片后1-1，Image→Duplicate，弹出Duplicate窗口。Title一般是xxx-1（xxx代表原图片名），不用改，直接点OK。
我是胡锦州·2024-01-20 01:29

ImageJ自动批量荧光面积统计

用ImageJ打开其中一张图片，1，Plugins→Macros→Record，弹出Recorder窗口（如下图）。接下来你的每一步操作均会以代码的形式记录在这个窗口。
我是胡锦州·2024-01-20 01:29

ImageJ自动批量多通道图片无损分离为单色荧光图

一共只需4步，ImageJ就可以将多通道的TIF图片中红绿蓝三色分开，并形成三张无损纯色荧光tif图片。准备：在桌面上（必须是桌面）创建2个文件夹，分别为文件夹1和文件夹2。
我是胡锦州·2024-01-20 01:29

使用ImageJ测图片中物体的平均灰度值

使用Mean是平均灰度值，也代表着这张图像上红色荧光的平均荧光强度。操作步骤：1、File–>open打开一张图片2、Image–>Type(8-bit)Image–>Adjust–>Threshold选择恰当的阈值，使得图片中只显示需要检测的物体（目前我使用的是23上下的阈值)3、Analyze–>SetMeasurements勾选上这几个我们需要显示的数据，点击OK4、Analyze–>Ana
zzzbeauty·2024-01-19 16:43

ImageJ处理克隆形成

ImageJ细胞计数：RGB---8-bit（灰度图片）Iamge---adjust---ThresholdAnalyze---analyzeparticlesDisplayresultsShow-outlineshttps
期待未来·2024-01-10 20:26

QuPath学习④ 脚本使用

目录1，基础学习脚本打印项目中所有图像访问当前图像内容访问图像元数据访问像素创建ROI创建对象（使ROI可见）多个ROIWorkingwithBufferedImage使用ImageJ命令示例2脚本导出数据
hx2024·2024-01-05 02:18

哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸？

研究思路研究方法实验样本的选取选择肿瘤细胞丰富的区域，用手动打孔机钻取组织样本，用数码相机拍照，然后用ImageJ软件测量出组织体积。
evolisgreat·2024-01-01 08:39

imagej安装窗宽窗位工具

WindowLevelTool里面有插件下载地址安装步骤：1、将Window_Level_Tool.class拷贝至Fiji.app\plugins\Tools2、菜单选择RefreshMenus，重启imagej3
Kelvin_Ngan·2023-12-31 23:27

在Python中调用imageJ开发

文章目录一、在ImageJ中进行Python开发二、在Python中调用imageJ开发2.1、简介2.2、环境配置2.3、测试一2.4、测试二Python+imageJ解决方案，采坑记录一、在ImageJ
胖墩会武术·2023-12-16 08:24

ImageJ用户手册——第六部分（快捷键总表）

FileEditImageProcessAnalyzePluginsWindowKeyboardShortcuts下表总结了ImageJ中内置的键盘快捷键。
ALittleHigh·2023-12-06 15:34

ImageJ处理细胞划痕结果

创建录制宏：打开一个图片---Plugins---Macros---Record---nameit格式转化：Image---Type---8-bit（为灰度图片）增强对比度：Process---Enhancecontrast(选“normalize”+"0.3%")平滑处理：Process---Smooth寻找边缘：Process---FindEdges调节阈值：Image---Adjust---
期待未来·2023-11-26 11:24

Fiji/ImageJ调整图像的对比度；Fiji/Image查看图像的像素直方图分布

很多ImageJ/Fiji的问题用中文查不到，尽早尝试用英文去搜索！！！！！！！！下面记录两个小功能，以及英文教程和imageJ写脚本的教程。调整图像对比度Step1：打开一张图像。
煦煦向前·2023-11-23 04:27

不同图像工具读取图片的区别

1.尺寸方向1.1imageJ两个维度方向分别是沿着宽、高的方向。........
L1_Zhang·2023-11-05 18:38

Image J计算叶面积

利用ImageJ测定叶面积叶面积，是计算比叶面积的必要数据，也是非常重要的植物功能性状。是一款开源的图像分析软件，广泛应该在生命科学的各领域。简单记录下利用ImageJ计算叶面积的步骤方法。
队长的生物实验室·2023-10-14 14:15

（10）QJ_黑电平&AWB&CCM校正步骤&raw数据抓取

+镜头+镜头盖（可抓raw版本）2，环境准备：图像室灯箱环境，24色卡，照度计3，说明书准备：《HiISP颜色调优说明》、《图像质量调试工具使用指南》4，工具准备：PQTOOL（版本对应，插件齐全），ImageJ5
Nik_TellYou·2023-10-02 07:47

ImageJ查看图像灰度值矩阵及像素编号从0开始

ImageJ查看图像灰度值矩阵imagej打开一幅图像然后image——transform——imagetoresults，等一下就会出现灰度值矩阵我读取的如下，可以看出，imagej对像素的编号是从0
东山一角·2023-09-25 18:38

【python】批量按坐标裁剪图片、ImageJ批量修改图片格式

一、批量按坐标裁剪图片代码#--coding:utf-8--importcv2importosdefupdate(input_img_path,output_img_path):image=cv2.imread(input_img_path)#print(image.shape)cropped=image[0:440,0:440]#裁剪坐标为[y0:y1,x0:x1]cv2.imwrite(out
要努力的小菜鸟·2023-09-21 23:01

基于直方图的增强显示

背景由于需要经常分析浮点型的图像，而浮点型图像经常不能突出显示感兴趣的区域的，如下图所示：而使用imagej软件，选中一个较小的感兴趣区域，调出其直方图，然后点击设置就可以增强整个图像对比度，突出显示感兴趣的区域
我是刺客·2023-09-18 07:30

第一章 ImageJ二次开发之开发环境搭建

ImageJ代码下载如果使用github下载，使用下面的命令：gitclonehttps://github.com/imagej/ImageJ.git安装VsCodeIDE下载地址：VisualStudioCode-CodeEditing.Redefined
lihaicg·2023-09-08 18:25

多功能的免费科研图片处理工具：Image J

ImageJ是由NationalInstitutesofHealth（NIH）开发的基于java的免费开源软件，用于处理和分析图像。在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。
南博屹生物医学·2023-08-30 01:31

ImageJ用户手册——第二部分（ImageJ操作）

ImageJ用户手册-第二部分ImageJ的使用4.使用键盘快捷键5.查找命令6.撤消和重做7.图像类型和格式原生格式非原生格式8.堆栈、虚拟堆栈、超堆栈Stacks（堆栈）VirtualStacks（
ALittleHigh·2023-08-28 17:29

ImageJ——共标细胞计数

参考这篇基本操作都差不多~工具：Fiji（包含更多插件的ImageJ）个人感觉比普通的ImageJ好用思路：统计几张图片中相同的ROI即为共标细胞但是可能会与手数有一些偏差我只是想定性如果想要非常准确的结果可能不可以这样
没有猫但是有猫饼·2023-08-21 04:38

数字图像处理 --- 图像的大小端Big-endian (BE) or Little-endian (LE)

例如，下图展示的是我用看图软件ImageJ来打开一个raw图时的操作界面。大小端就是数据的ByteOrder一般情况下，当我们按照uns
松下J27·2023-08-08 23:20

ImageJ Nikon_ImageJ使用教程之自动细胞计数篇

前面的文章里利刃君为大家分享了ImageJ软件，需要的小伙伴可以戳科研人必备图像处理软件—ImageJ软件分享查看详情。
weixin_39602005·2023-06-13 04:59

21、python复数

关于python中的复数1.表示复数的语法是real+imagej2.实部和虚部都是浮点数3.虚部的后缀可以是“j”或者“J”4.复数的conjugate方法可以返回该复数的共轭复数。
小李大哥·2023-04-09 05:06

基于ImageJ进行自动细胞计数

捣鼓了半天的自动细胞计数，常用程序为ImageJ，本着我干了工作就要有记录的精神，记录一下的全部流程，ImageJ的下载地址为：Downloads(imagej.net)注意要下载Fiji，因为插件多，
顽强的火锅·2023-04-06 18:38

ImageJ划痕实验分析

一、计算划痕面积1.file-open：打开要分析的划痕图片2.Image-Type-8bit3.Process-EnhanceContrase-Smooth-FindEdges4.Image-Adjust-Threshold-Apply下线为0，上限根据情况设为10-305.魔棒工具选择目标区域6.Analyze-Measure即可计算出目标区域的像素面积二、将划痕的标记线添加至原图1.Anal
韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:03

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晚上待在宿舍把ImageJ软件按着操作步骤简单做了个图，首先打开文件，第二步调整图片灰度，在image，第三步，设置图片背景，在process，第四步，设置参数，在analyze，第五步，设置单位，pixels
搬砖小兽·2023-03-15 23:29

ImageJ | 如何批量处理图片？

ImageJ如何批量处理图片呢？1.在你喜欢的位置新建两个文件夹：如Input（用来存放需要处理的原始图片）和Output（用来保存处理好的图片）。
慕辰在德国·2023-01-27 14:16

Image J及插件分析免疫组化结果的具体方法

在网络上检索了许多资料，其中常用的图像分析软件有OSIRIS/GSAImageAnalyser、Imagej、ImageProPlus（IPP）等。
医博云天·2023-01-25 22:18

C#，图像二值化（19）——全局阈值的香巴拉算法（ Shanbhag Thresholding）及源程序

自动阈值器利用ImageJ中实现的Shanbhag阈值方法，使用GPU上确定的直方图创建尽可能类似于ImageJ“应用阈值”方法的二进制图像。
深度混淆·2023-01-11 14:57

Matlab读取存储多维Tiff图像（hyperstacks）

在Fiji上安装ImageJ-Matlab插件将脚本添加至路径下载copytoImagePlus.m和ijmshow.m文件（NAS中share文件夹下）至你的f
jirenexe·2023-01-02 07:02

python画界面的插件_ImagePy——UI界面支持开放插件的Python开源图像处理框架

ImagePy是一款基于imagej等插件的图像处理框架，它可以与scipy.ndimage、scik
mizore·2023-01-01 10:01

使用ImageJ批量处理图像 超好用&持续更新常用操作

本人经常做一些生物图像的处理，Imagej是我常使用的一个图像处理软件，非常小巧但是各种功能都有，最近需要批量处理一批图像，一张一张的导入处理太麻烦，经过一番挖掘，学习到了如何使用Imagej强大的批量处理功能
Clear butterfly·2022-12-30 19:17

Python下SimpleITK的使用（一）

4.安装ImageJ并设置。为了使用下面测试代码中.Show(）功能。（具体可参考https://blog.csdn.net/z13131076636/ar
向往南方的天空·2022-12-16 07:48

如何从图像中获取ROI区域的像素坐标信息

这里有一个强大的工具被忽略了，它就是ImageJ。ImageJ是一款基于java的，由NationalInstitu
Cyt-mars·2022-12-12 11:47

【科研人必备图像测量】超简单的ImageJ根据比例测量实际长度面积

视觉测量：工具：ImageJ（下载地址1：https://imagej.en.softonic.com/）操作系统：Windows〇：双击打开exe文件一：打开文件方式1：File->Open方式2：将图片文件拖动到
岛民浩哥·2022-12-09 10:49

时间序列图像信号进行相应感兴趣点的分析（转载）

最近正在研究一下，时间序列的图像信号进行的特征提取等操作，有需要相应的转换方式后面补充，但直接的图像处理分析软件ImageJ很有意义。
Victor__Zhang·2022-12-05 12:56

matlab利用图像处理手段进行细胞计数

大致了解了下一般采用的是PS、ImageJ等手段来进行细胞计数，但也都会出现不同程度的误差。所以就想着从图像处理的角度去尝试下，网上也已经有一些相关的利用MATLAB编写的代码。
逸夫楼115·2022-12-01 07:50

科研人必备图像处理软件—ImageJ

ImageJ在科研领域相当重要，2021年被Nature评为十大影响科学的代码。如果你在实验中会接触到图像，ImageJ这个软件应该是必备的科
没错，我是·2022-11-26 21:44

ImageJ图像处理批量操作

ImageJ有哪些功能？可以展示、分析、处理、保存以及打印（输出）8-bit、16-bit、32-bit的图像。可以根据定义的选择计算区域以及像素值的统计。
你的小熊回来了·2022-11-26 21:38

《数字图像处理 Java语言算法描述》 -Willhelm Burger Mark J.Burge著 黄华等译

2.2.2“薄”透镜2.2.3数字化步骤1：空间采样步骤2：时域采样步骤3：量化像素值2.2.4图像尺寸和分辨率2.2.5图像坐标系统2.2.6像素值灰度图像（强度图像）二值图像彩色图像特殊图像第三章ImageJ3.1
等我下课·2022-11-24 13:05

ImageJ的单细胞荧光强度分析

软件：FIJI，FIJIIsJustImageJ1.加载图像将RGB图像，输入至ImageJ，同时，生成图像的备份，避免修改原图：Option+Shift+D：Duplicate生成图像，默认为原图像名称
SpikeKing·2022-11-23 07:28
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