ImageJ批量操作时常见报错及其原因

ImageJ中，Process->Batch->Macro 的功能十分强大，通过使用代码可以批量地去处理大量的荧光图片。但是对于运行过程中的报错，却很难在网上找到解决方案。下面我汇总了一些常见的报错，并且将原因写在下面方便debug。

首先，请确保你的imagej是最新版本，最新版本下载地址

其次，重启你的imagej，如有必要重启电脑。

there are no images open

 该报错通常是因为代码里面有多余的"close"，如 close() 或 run("close") ，需要手动删除。之所以多出"close"，往往是因为在使用Plugin->Macro->Record录制操作代码过程中关闭了不相干的窗口（如Threshold窗口），这个关闭操作被当做一般的关闭操作记录成了关闭指令，于是在批处理时会把活动的图片关闭掉。如果我们确实需要在批处理过程中删除某个图片，记得在close指令前加上一行selectWindow("figureName")先选中需要关闭的图片。selectWindow函数具体用法请参考ImageJ的Macro语言实例教程

Noparticles were detected. The threshold (255-255)may not be correct.
一般在analyze particle之后出现。说明当前测量的图片中的某个细胞被select了。单击需要测量的图片，ctrl+shift+A取消选中，然后再analyze particle。另一种可能是因为在analyze particle中设置的size或Circularity在细胞范围之外，size的范围设置请参考这篇文件这篇博文，其中的步骤1-6。

No window with the title "xxx" found.
代码中出现了某一张特定的图片名称（即xxx），而在批量处理时，我们处理其他图片（如yyy或zzz）时，则找不到xxx。需要将xxx改为一个变量。具体方法可以参考我的另一篇博文。

')'expected in line x
如果第x行没有缺少反括号')'，那么前面某一行肯定缺了。或者x行有语法错误，比如使用了中文标点符号（重点检查逗号和引号）。另外一个debug依据是run函数的括号中间最多只有两对引号，一般形式是run("command"，"option1 option2 option3...")。

Undefined variable in line n
这个故障其实很容易排除，因为在报错的第一行说明了故障出现在代码的第n行，第二行它会用"<>"标记出没有定义的变量名。P.S.如果你是使用插件时报出这个错误，尤其是使用DiameterJ插件中的Diameter_Segment命令时报出了Undefined variable in line 156错误，那么非常恭喜你，你可以通过点击help-Update ImageJ，然后安装一个更低版本的imagej（如果你是选择困难症，我建议你选1.51）你的问题会立马解决掉。根据插件作者在这个论坛中的解释，出现这个报错是因为新版本的imagej对插件代码中的变量存储方式变了。

Unrecognized command:"Morphological Reconstruction"in line 33
run ("Morphological Reconstruction" ,"marke=VesselSeeds,png mask=flat+RB5_preesselDel.png type=[By Dilation) conn..
这是因为缺少一个叫做“MorphoLibJ”的imagej插件，直接在这里下载。

Invalid key in line 7.
如果没有语法错误，那么就是你的imagej版本过低。

细胞计数，在analyze particle时能在图片中显示被计数的每个细胞的序号，但在Process->Batch->Macro运行后，output文件夹中导出的图片没有细胞的序号
将存储格式设为JPG或者PNG。如果不行，把ImageJ升级到最新版本。

threshold之后存的照片不是0和255二值的
存成了JPEG或者PNG格式，应该存为TIF格式才会二值的

java.lang.llegalArgumentException: Array size too large: 108538 x 106430 x 1 X1
图片尺寸过大，超出了ImageJ所能读取的最大尺寸（大约46340 x 46340） 。你可能需要进行“按需读取”，请参考这篇

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