RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016 Steven L Salzberg Nature Protocol

RNAseq总体分析流程分为四步：
1）alignment of the reads to the genome
2)assembly of the alignments into full-length transcripts
3)quantification of the expression levels of each gene and transcript
4)calculation of the differences in expression for all genes among the different experiment conditions

HISAT+StringTie+Ballgown相比于TopHat2+Cufflinks速度要更快，使用的内存更少，全局分析结果更佳。

【HISAT】将RNA-seq reads 比对到参考基因组上，寻找可变剪切位点。
【StringTie】将reads组装呈全长或部分长度的转录本，根据需要创造多个isoforms并预测基因和转录本的表达水平
【Ballgown】分析差异表达基因

试验设计：
每一个处理设置6个重复，
需要注意的是3次重复是得到有效统计结果的最少重复次数。
支持时间进程实验和多个处理的分析。

作者以human Chr X的RNA-seq数据为例，对分析流程进行讲解，Chr X包含151M的基因组信息，约占人类全基因组的5%，有很多基因富集。

具体分析流程

An overview of the Protocol