OTU的定义与解读----了解笔记

• OTU: Operational Taxonomic Unit 操作分类单元
• OTU的提出目标是指定一个定量策略，根据观察到的特征将生物分类成组，创建一个层次分类，尽可能忠实地反映生物之间的进化关系。
• 在16S测序中，OTU通常使用97%的identity threshold。
• 16S序列的97%相似性大约相当于70%的DNA重新关联值（DNA reassociation value）
• 2014年，有研究表明最佳阈值是98.5%，2018年，最佳阈值有99%。
• 通过聚类16S序列构建的OTU：

1. FastGroup使用类似于UCLUST的贪婪聚类算法
2. DOTUR使用凝聚聚类
3. QIIME早期使用CD-HIT作为默认的聚类方法，后来被UCLUST取代。

• OTU作为物种的working definition
• next-generation的OTU：二代测序方法高通量，但是优点是以更短的reads和更高的错误率为代价。OTU聚类方法应用于NGS读数，这些方法由于实验误差而产生许多假的OTU，导致多样性的夸大估计。
• 基于马修斯相关系数，MCC的OTU定义。它们的定义在实践中存在问题。
• 参考：OTU的定义与解读