一文掌握单基因GSEA富集分析

本期教程

本期教程原文：一文掌握单基因GSEA富集分析 | gseaGO and gseaKEGG

写在前面

关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析 | 20220404有出过类似的分享。今天，我们也结合相关的资源整理出一篇关于GSEA的教程及出图教程。每个方法的教程很多，我们大家结合自己的需求进行分析即可。以及，对于目前知识分享博主很多，只要你自己动手搜索，基本可以找到你的需求。

更新！…

对于GSEA的教程原计划是在2月2日发表，但是由于有预约被占用了，因此这个教程也就是往后推迟。我在2月1日将我们的教程发在社群中，**也有同学提出疑问：**单基因也可以做GSEA分析，以及给出自己的疑问？

也正是有了同学的疑问，才有今天后面更新的内容。也算进一步的了解GSEA分析原理以及单基因如何做GSEA？

对于社群，我认为这是一个值得鼓励的事情，针对自己的疑问提出疑问。以及在社群可以进行“激烈”讨论，这才是社群该有的“样子”，以及是我心中理想的社群该有的状态。

我们来这里看到这篇推文的很多同学，也许自己加了很多个社群，但是有用的社群也许也就那么几个而已（PS：包括自己）。小杜心中一直坚持的社群：不止是一个提供代码和数据的社群，而是一个可以“交流”的社群。社群的维护不在于建立社群的人，而是在于每一个人。

但是，又有多少社群可以一直保持这样的状态呢？有？但是很少。 但我们一直在路上…

OK！说的“废话太多”了。

对于GSEA的原理自己前面了解的也是比较局限。因此，自己也在进行学习，重新整理一下自己的知识结构。很多的知识总结，很多大佬都有总结。

若我们的分享对你有用，希望您可以点赞+收藏+转发，这是对小杜最大的支持。

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GSEA原理

GSEA提出

GSEA（Gene set enrichment analysis）最先是2003年发表在Nature Genetics，题目为"PGC-1α-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes"，DOI: 10.1038/ng1180。

此外，在2005年发表在Proc Natl Acad Sci USA，题目为：Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles，DOI: 10.1073/pnas.0506580102。

GSEA网址

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp

分析原理

GSEA的分析原理，我们这里使用“生信宝典”陈同老师分享的教程，一文掌握GSEA，超详细教程。

1. GSEA定义

GSEA用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，二是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的上部或下部，从而判断此基因集内基因的协同变化对表型变化的影响。

2. GSEA原理

给定一个排序