GSEA

科研绘图系列：R语言富集散点图（enrichment scatter plot）

介绍富集通路散点图（EnrichmentPathwayScatterPlot）是一种数据可视化工具，用于展示基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA）的结果。

生信学习者1·2024-09-09 14:57

思路清奇SCI:12.redox相关基因+ccRCC.（5+分）

高大石头·2024-08-23 16:42

常用Hallmark及KEGG、GO基因查询

文献：TheMolecularSignaturesDatabase(MSigDB)hallmarkgenesetcollection-PMC(nih.gov)GSEA|MSigDB|BrowseHumanGeneSets

hx2024·2024-02-07 11:41

GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析）简介

与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基因表达数据，从单个基因作为特征的表达矩阵，转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。

Seurat_Satija·2024-02-07 02:01

一文掌握单基因GSEA富集分析

本期教程本期教程原文：一文掌握单基因GSEA富集分析|gseaGOandgseaKEGG写在前面关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析|20220404有出过类似的分享。

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

一文掌握单基因GSEA富集分析 | gseaGO and gseaKEGG

本期教程本期教程原文：一文掌握单基因GSEA富集分析|gseaGOandgseaKEGG写在前面关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析|20220404有出过类似的分享。

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:57

RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA

与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基

90066456ace6·2024-02-03 00:05

差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路

差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路怎么做GSEA，可以参考我之前的文章，

欧阳松·2024-01-30 09:13

用clusterProfiler做GSEA

之前写过用clusterProfiler做GSEA,enrichplot中的gseaplot作图，但是图没有最新版enrichplot包的gseaplot2做的图好看。

Seurat_Satija·2024-01-26 02:19

Y叔谈clusterProfiler 4.0 前沿应用

image.png分析方法ORA，FCS进行打分（GSEA，通路上下调），PT（拓扑结构，不普遍）image.pngORA将所有能测到的基因（或全基因组）作为背景，超几何分布GSEA不筛选差异基因，去查看通路的基因方向

Hello育种·2024-01-25 23:43

gsea数据集下载地址

|Allgenesets|currentMSigDBgenesetsasGeneSymbols|msigdb.v7.4.symbols.gmt||currentMSigDBgenesetsasNCBI(Entrez)GeneIDs|msigdb.v7.4.entrez.gmt||currentMSigDBxmlfile|msigdb_v7.4.xml||h:hallmarkgenesets|hal

Seurat_Satija·2024-01-21 17:04

详解：基因集富集分析GSEA

1）WhyGSEA？传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样？是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢?传统的富集分析，针对总体的差异基因，不区分哪些差异基因是上调还是下调。这是因为，传统的富集分析根本不考虑基因表达量的变化趋势，其算法

笺牒九州的怪咖·2024-01-20 17:09

小白使用GSEA的注意事项

最近看文献的时候GSEA分析的出现频率太高了，我想我是不是也该学习一下。帖子看了不少，官方的userguide也看了，但是一直有个挥之不去的困惑，万恶的.gct和.cls文件到底怎么获得？

墨墨如·2024-01-17 15:26

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装的在线分析工具。01首先点击网站见文末如Figure1所示第一行显示的是不同的分析类型，从左边起第一个

科研小行星·2024-01-11 15:56

基因集富集分析(GSEA)

GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。

懒麻蛇·2024-01-11 02:35

Simple GO GSEA 富集分析 ~

写在前面时间拨回去2015年，那时我接触生信已有一年，TBtools开发尚在萌芽阶段。那会，我写了几款小的软件，包括“blast3go”，为的是应对即将收费的“blast2go”。当然，后来相关功能都整合到TBtools中。而其中有一个重点功能，即GO富集分析。那会在Bioinformatics中国社群，我们开始了理论上是国内最早的公开社群学术Seminar（网络直播），我在其上也分享了相关学习经

生信石头·2024-01-09 21:17

R实战 | 森林图绘制

forestplot.jpgR实战|森林图绘制回答一下R绘图实战|GSEA富集分析图-知乎(zhihu.com)里会员的问题。简单的森林绘制。

木舟笔记·2024-01-05 04:54

GSEA富集分析学习笔记

教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484582&idx=1&sn=1e01276e1216c91bd6e1e08db15bd905&scene=21#wechat_redirectGSEA定义genesetenrichmentanalysis（基因集富集分析）用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的

jiarf·2024-01-02 13:52

GSEA导入.cls文件报错解决办法

在做GSEA分析的时候，导入.cls文件容易出现错误，在本人网上查了几天无果后，想出了一个办法：就是用别人的.cls文件直接改成.txt文件，然后进去编辑自己的内容，删掉原来的内容，重新改回.cls即可

chaouyuny·2023-12-23 13:28

基因富集分析 / KEGG / GO / MsigDB和GSEA

1为何做富集分析？在进行差异基因分析时会获得大量基因，但海量的基因不好系统分析、找到相似规律，则需要我们进行注释并基因不分析与哪些与疾病相关的通路相关，以便进一步挖掘有用信息。2GeneOntology(GO)GO数据库：GO(GeneOntology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的

期待未来·2023-12-06 13:49

r语言相关性作图_R语言：多个基因的相关性分析与展示

weixin_39747721·2023-11-29 03:03

r语言相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析

知乎剧综·2023-11-29 03:32

转录调控 | 基因集富集分析（GSEA）介绍

很多人会好奇为什么当KEGG、GO等常规差异富集结果中没有富集到我关注的通路时，大家会推荐进行GSEA分析呢？GSEA分析到底是什么？为什么KEGG、GO都可以进行该分析?

诺禾致源·2023-11-24 23:01

GSVA，GSEA,KEGG,GO学习

目录GSVA1：获取注释基因集2：运行GSEA1,示例数据集2,运行GSEA_KEGG富集分析GSEA_GO富集分析DO数据库GSEAMSigDB数据库选取GSEAKEGG1：运行2：绘图bar图气泡图绘图美化

hx2024·2023-11-19 15:46

零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（二）

为后期聚类和降维做准备工作（数据准备：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/134215103）三、获取免疫基因和代谢相关的基因集这里可以选择从GSEA

木之如水·2023-11-05 16:47

ggplot画梯度颜色图不同颜色对seurat的细胞类型进行inflammatory 炎症打分 addmodule

ggplot画梯度颜色图不同颜色对seurat的细胞类型进行inflammatory炎症打分addmodule炎症基因从https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/genesets.jsp

生信小博士·2023-11-03 01:15

GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别

一、简述为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（GeneSetAnalysis）、基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis）、单样本基因集富集分析（SingleSampleGeneSetEnrichmentAnalysis,ssGSEA）、基因集变异分析（GeneSetVariationA

生信小博士·2023-11-02 10:55

GSEA详细解释及结果解读

GeneSetEnrichmentAnalysis(基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分：已知功能的基因集(可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)；表达矩阵(也可以是排序好的列表)。软件会对基因根据其与表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释

像鸟一样飞过你的高山·2023-10-31 14:22

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

所有的命令粘贴于此，用于快速完成分析任务。具体软件参数，见转录组全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find./Cleandata-name'*fq.gz'|xargs-icp{}./data#以下内容运行目录~/disk/lyb/data/#1.质控fastqc*.fq.gz-t8

wo_monic·2023-10-29 13:55

如何查找特定基因集合免疫基因集炎症基因集

关注微信：生信小博士比如纤维化基因集：打开网址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp2.点击search3.比如我对纤维化感兴趣，输入fibrosis

生信小博士·2023-10-28 08:45

GSEA分析

数据准备如果使用在线的Genesetsdatabase，则只需要准备Expressiondataset文件(.txt)，Expressiondatasetannotation文件(.cls)，如果使用本地的Genesetsdatabase，则需要提前将database文件(.gmt)下载到本地。Expressiondataset文件：即基因表达矩阵，主要包括基因名，样本名，表达值Expressio

护旗小能手·2023-10-27 18:06

msigdbr hallmarks gsea broad研究所

使用msigdbrr包#BiocManager::install("msigdb")#https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb#https://cran.r-project.org

生信小博士·2023-10-27 10:40

MSigDB:基因集数据库

83744521GeneSetEnrichmentAnalysis，中文名称为基因集富集分析，是由BroadInstitute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA

Seurat_·2023-10-27 09:26

聚观早报 | OPPO Find N3首发；AI带来新红利

首发AI带来新红利丰田展示EPU纯电皮卡MIUI官微改名为“小米澎湃OS”沙特汽车工厂建立OPPOFindN3首发近日OPPO正式发布FindN3折叠旗舰，首发搭载获得国密二级认证的汇顶科技独立安全芯片GSEA0

聚观365·2023-10-25 09:16

搭建java环境——安装GSEA和Cytoscape

GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境，所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境，将java环境与外部环境隔绝起来。

Mingyan_C·2023-10-22 23:55

2021-11-03 GSEA与ROC

现在在做LUAD预后，但是发觉样本太少，在犹豫是否需要重新来过现在在学习GSEAGSEA：基因集富集分析，，我的初始印象只有一个图，但是其余的什么都不知道所以需要重新学习一下这个到底是什么意思？是否真的是数理统计知识不够，还是自己的学习方法有误，这么久只是知道一个概念了解思想，原理，然后实战及总结思想是什么？假设你对某一个基因功能感兴趣，一个是野生型，一个是敲除型，然后比较差异得到差异基因后做GS

一去二三·2023-10-21 16:33

我花了两个月从零学会转录组分析

后来我发现很多文章中出现了heatmap，GSEA，以及单细胞转录组的分群，不论是作图方法还是对文章中figure的理解都令我一头雾水，我才发现生信是那么的有意思。

生物系烟酒僧·2023-10-17 13:06

GEO生信数据挖掘（八）富集分析（GO 、KEGG、 GSEA 打包带走）

目录数据展示GO富集分析-对基因名称映射基因IDGO富集分析-从org.Hs.eg.db库中去匹配基因KEGG富集分析（不详细讲了看注释）GSEA富集分析更多复杂的图（关联网络图、八卦图、弦图）数据展示差异基因计算完

人工智能学术前沿（真)·2023-10-17 05:52

使用fgsea进行单细胞转录组GSEA富集分析

GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA),Subramanianetal.20051年发表在ProcNatlAcadSciUSA.提出来的一个基因功能富集方法。

Seurat_·2023-10-16 02:24

GSEA富集分析+R分析+多类美化工具

粥粥zz·2023-10-14 11:01

安装GSEA

参考文章Window安装基因集富集分析软件GSEA|PublicLibraryofBioinformatics上面的文章很详细，但是在最后启动的时候会出现被Java安全阻止的对话框，此时根据Java官网

MissL_78e0·2023-10-10 06:50

GSVA自定义基因集分析

与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特

研平方·2023-10-06 02:57

基因富集分析 GSEA for time-course

基因富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。

易易欢欢·2023-09-28 23:10

单基因gsea_单基因想要简单分析发4分+，你要这样补实验！

大家好，今天和大家分享的是2020年1月发表在FrontiersinOncology(IF:4.848)上的一篇文章，作者研究了UBASH3B在前列腺癌中的mRNA和蛋白表达。通过构建lncRNA-miRNA和PPI网络，推测UBASH3B可能与LCP2基因相互作用，共同参与肿瘤微环境的免疫应答。标题：UBASH3BIsaNovelPrognosticBiomarkerandCorrelatedW

weixin_39878989·2023-09-23 07:25

单基因gsea_单基因纯生信分析系列 5+单基因突变新思路1

各位小伙伴们好呀，虽然马上放长假了，但是今儿也是要认真工作的一天吆！小编今天给大家带来了一篇九月份刚刚发表在EBioMedicine(IF=5.736)杂志有关突变的文章。目前，TP53与KRAS/ATM/EGFR/STK11的共突变已被证实对免疫检查点抑制剂的反应具有预测价值，但该研究发现并非所有的TP53突变(主要指错义和无义突变)都能有效预测肺腺癌患者(LUAD)对ICIs的治疗效果。下面我

weixin_39756416·2023-09-23 07:24

KEGG、GO富集分析与GSEA并不是二选一

不妨试试gsea，不是拿差异基因，而是拿全部基因作为输入哦。1.R包和数据输入数据仍然是差异分析结果表格，需要用到logFC值。示例数据在生信星球公众号回复“富集输入”即可拿到。

小洁忘了怎么分身·2023-09-21 18:39

2021-06-17

结合GSEA，解释permutationtest：首先，有两种phenotype（treat和control）的RNA-seq的结果，即每个基因在这两种phenotype中的表达量。

孟婆给咱来碗汤_cc67·2023-09-20 05:26

GSEA学习笔记

Genesetenrichmentanalysis,基因集富集分析1、算法思想对某基因Knockdown和WT做差异表达分析之后，得到差异表达基因list，按照某个统计量，比如foldchange，从小到大排序，得到一个ranklist，记录为L假设某个通路的所有基因在L中随机分布，假如我们能观测到某通路的所有基因突然富集与L中的一端，计算其富集程度和统计显著性，如果小于某个cutoff，那么我们

DobbyBunny·2023-09-18 22:20

GSEA 从数据到美图

0.输入文件和R包文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。library(GSEABase)library(clusterProfiler)library(DOSE)library(org.Hs.eg.db)library(ggplot2)library(stringr)#准备差异基因列表rm(list=ls())load("step4output.Rdata")

小洁忘了怎么分身·2023-09-12 18:46

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