KEGG

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥了怎样的功能，参
纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

go分析和kegg分析_GO分析和KEGG分析都是啥？

几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？富集分析又是个什么东西呢？1为什么做富集分析？
weixin_39564151·2024-08-28 13:21

利用KEGG查询多个基因的信号通路

我们可以利用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。示意图如下。
翾格格·2024-02-19 13:52

R语言泡泡图— —小泡泡如何变大泡泡？

我们使用R绘制泡泡图时，可能会遇到这样一种情况，即count点太小，但又不知道应该如何调大，如下图：图1泡泡图附代码：library(ggplot2)pathway=read.csv("1KEGG.csv
赵玉鑫0507·2024-02-11 06:30

ClusterProfiler做GO、KEGG富集（一）

今天新学会了clusterprofiler，把学习过程记录下来。Clusterprofiler是Y叔开发的一个R包，功能强大，常更新，还有美观的可视化图片。安装source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")browseVignettes("clusterProfiler")#查看关于cluste
南栀ioo·2024-02-11 05:24

常用Hallmark及KEGG、GO基因查询

hallmarkgenesetcollection-PMC(nih.gov)GSEA|MSigDB|BrowseHumanGeneSets(gsea-msigdb.org)通过msigdb数据库可以查看各个Hallmark、KEGG
hx2024·2024-02-07 11:41

ID转换、利用clusterProfiler做GO、KEGG富集分析

首先需要加载的包library(AnnotationHub)library(org.Hs.eg.db)library(clusterProfiler)library(DOSE)#GO分面用library(ggplot2)#加大泡泡图圈圈需要准备的文件包含gene列表的txt或csv文件,如“genelist.txt”格式为ENSEMBL一、读取表格f<-read.table("genelist.t
欧阳松·2024-02-04 10:15

如何用基因组绘制代谢通路？

首先链接一篇文献，是讲keggmapper的，这是在kegg官网上给出的一篇如何绘制代谢图的文献，若是在没有合适的流程的情况下，
python明·2024-02-03 22:50

非模式物种GO/KEGG富集分析

前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#先前的富集分析教程[1]主要是以模式物种人为例子，展开的分析，今天在B站看了孟浩巍视频教程[2]，学习新的技能，豁然开朗，欣然记之。本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R
谢俊飞·2024-01-30 20:23

差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路

差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路怎么做GSEA，可以参考我之前的文章，
欧阳松·2024-01-30 09:13

ggplot2坐标系列的调整

ggplot(kegg_class,aes(x=Description,y=Count))+geom_bar(aes(fill=source),stat="identity",width=0.5,position
吉梗望·2024-01-30 06:02

使用Metascape进行GO及KEGG分析

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1K741127FK/?spm_id_from=333.788.videocard.1部分图片来源于视频截图。首先进入界面后可以输入或者直接导入序列文件。点击customanalysis即可。网站不仅提供了富集信息，还给了PPI的结果。查看分析报告页（橘色按钮）ps:excel小技巧=B2&":"&C2可以合并B2、C2两格内
Peng_001·2024-01-30 00:12

TCGA 数据分析实战 —— 富集分析

最常见的通路富集，是使用GO和KEGG数据库中预定义的生物学通路。1.GeneOntology(GO)GeneOn
名本无名·2024-01-22 03:20

详解：基因集富集分析GSEA

传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样？是被抑制还是激活？
笺牒九州的怪咖·2024-01-20 17:09

一些GO及KEGG分析的知识

参考：https://www.omicshare.com/forum/thread-826-1-2.htmlhttps://www.omicshare.com/forum/thread-955-1-1.htmlhttps://www.jianshu.com/p/13f46bebebd4什么是GO分析？GeneOntology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词
Peng_001·2024-01-18 01:51

Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析

clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析[TOC]Question有朋友在后台提问：在使用clusterProfiler做富集分析时，想用MSigDB里的数据库进行注释，而不是常规的GO和KEGG
木舟笔记·2024-01-13 19:14

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org
猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

GO,KEGG富集保存的PDF格式文件打不开，R软件if循环下pdf保存bug

先上代码：kegg0){#如果有符合的通路，则画图name7nrow(as.data.frame(kegg))[1]5排除是不是if循环有问题，直接运行if循环下的代码，发现pdf可以正常生成并能够打开
阿酒88·2024-01-10 03:47

现在的纯生信 VS 三年前的纯生信

三年前的纯生信三年前的纯生信：只需要是阳性结果，不管你有没有结合热点，都有纯生信友好的期刊愿意接收，哪怕你做的是最简单的套路：下载GEO数据、差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析、生存分析
SCI狂人团队·2024-01-08 20:53

2021-08-13 可视化kegg通路-pathview包本地化及中断处理

Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色。
阿酒88·2024-01-06 18:15

KEGG 通路如何找

链接：KEGG:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes学习链接：科研干货｜KEGG信号通路数据库轻松上手_哔哩哔哩_bilibili示例：我要找人的结直肠癌信号通路：1.2.3.4
生信研究猿·2023-12-29 10:17

感兴趣的基因标记在 KEGG Pathway 通路图上

其中：000.TBtools.Gene2Path.summary.html对应的是差异表达基因具体在哪些KEGG通路000.TBtools.Path2Gene.summary.html对应的是具体通路上存在哪些差异表
生信石头·2023-12-28 21:32

ggkegg帮助文档 | 译文一

公众号原文链接：1.ggkegg|对KEGG数据进行可视化2.ggkegg帮助文档|译文译文：小杜的生信笔记原文链接：https://noriakis.github.io/software/ggkegg
小杜的生信筆記·2023-12-28 02:41

ggkegg帮助文档 | 译文二

公众号原文链接：1.ggkegg|对KEGG数据进行可视化2.ggkegg帮助文档|译文译文：小杜的生信笔记原文链接：https://noriakis.github.io/software/ggkegg
小杜的生信筆記·2023-12-28 02:40

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。
小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

ggkegg玩转KEGG数据 | 富集 | 可视化

本期内容写在前面今天分享一个关于KEGG通路图绘制的R包，也许在你后面的分析中可以使用得到。在KEGG富集分析中，若我们要绘制某一个富集通路，一般回到KEGG官网中寻找该通路的富集图。
小杜的生信筆記·2023-12-26 22:26

ggkegg | 对KEGG数据进行可视化

本期内容写在前面今天分享一个关于KEGG通路图绘制的R包，也许在你后面的分析中可以使用得到。在KEGG富集分析中，若我们要绘制某一个富集通路，一般回到KEGG官网中寻找该通路的富集图。
小杜的生信筆記·2023-12-26 22:55

非模式物种的GO/KEGG注释

对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提取出来即可。
余绕·2023-12-22 02:49

clusterProfiler模式物种的GO与KEGG功能富集与注释

支持的20个模式物种列表如下：|Package|Maintainer|Title|Index||org.Hs.eg.db|BioconductorPackageMaintainer|GenomewideannotationforHuman|3||org.Mm.eg.db|BioconductorPackageMaintainer|GenomewideannotationforMouse|5||or
Seurat_Satija·2023-12-21 14:10

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg介绍ggkegg是一个用于生物信息学研究的工具，可以用于分析和解释基因组学数据，并将其与已知的KEGG数据库进行比较。
小果运维·2023-12-20 14:22

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(3)

对于没有Org.Db的非模式生物，由于某些原因不制作Org.Db，然后利用clusterProfiler做富集数据格式##Annotation_GO.xlsxGene.IDBiological.PathwayBP.DescriptionMolecular.FunctionMF.DescriptionCellular.ComponentCC.Descriptiongene_1GO:0007283sp
半夜一更·2023-12-19 07:15

2021-07-01 GO、kegg富集分析

What：什么是GO和KEGG？
学习生信的小兔子·2023-12-17 16:02

纯生信发文的新技能，同一份GEO数据可以发两篇SCI

因为人家掌握了方法，例如利用同一份GEO数据可以发两篇SCI，具体操作如下：第一篇纯生信SCI可以这样做：第一步，数据下载处理、合并、矫正、差异分析第二步，进行WGCNA分析第三步，进行取交集的基因第四步，进行GO、KEGG
SCI狂人团队·2023-12-16 03:18

基因富集分析 / KEGG / GO / MsigDB和GSEA

1为何做富集分析？在进行差异基因分析时会获得大量基因，但海量的基因不好系统分析、找到相似规律，则需要我们进行注释并基因不分析与哪些与疾病相关的通路相关，以便进一步挖掘有用信息。2GeneOntology(GO)GO数据库：GO(GeneOntology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的
期待未来·2023-12-06 13:49

皮尔逊相关系数php,生信分析网站（相关性分析）

；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)；STRING互作和GO/KEGG
weixin_39599097·2023-11-29 03:02

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析
知乎剧综·2023-11-29 03:32

GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具

2018年6月NatureMethods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KEGG富集进行进一步分析，但是该工具给我们提供了另一种可能
斗战胜佛oh·2023-11-26 00:46

利用AI绘制精美的基因代谢通路图（基础知识）

年中总结接近尾声，我们学一学基础知识，利于我们文章的发表通过KEGG富集分析得到通路图非常模糊，无法直接用于文章发表。
单细胞空间交响乐·2023-11-24 23:10

转录调控 | 基因集富集分析（GSEA）介绍

很多人会好奇为什么当KEGG、GO等常规差异富集结果中没有富集到我关注的通路时，大家会推荐进行GSEA分析呢？GSEA分析到底是什么？为什么KEGG、GO都可以进行该分析?
诺禾致源·2023-11-24 23:01

这个不用版面费的期刊牛呀，这么简单的纯生信也敢接收

今天看到一个不用版面费的期刊竟然出版了一篇非常简单的纯生信数据挖掘的文章，这篇文章就做了GEO数据的差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析，连生存分析都没有做的。
SCI狂人团队·2023-11-20 00:40

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

KEGG富集分析就是一种非常流行的对基因集进行分组的方法。安装BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("org.Hs.
简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析

数据库进行富集分析QuestionMSigDB富集分析富集分析思考参考往期Question有朋友在后台提问：在使用clusterProfiler做富集分析时，想用MSigDB里的数据库进行注释，而不是常规的GO和KEGG
木舟笔记·2023-11-19 15:21

富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明

概念：基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。
Tian問·2023-11-19 15:49

R -- 关于clusterProfiler富集分析不能用了这事儿

https://gitee.com/jaychouwong/gongzhonghao/blob/master/关注公众号请扫码.png大概是因为KEGG数据库更新了，因此clusterProfiler也要使用最新版本的
生信摆渡·2023-11-19 15:16

GSVA，GSEA,KEGG,GO学习

目录GSVA1：获取注释基因集2：运行GSEA1,示例数据集2,运行GSEA_KEGG富集分析GSEA_GO富集分析DO数据库GSEAMSigDB数据库选取GSEAKEGG1：运行2：绘图bar图气泡图绘图美化
hx2024·2023-11-19 15:46

13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释

13对发生拷贝数变异的基因进行KEGG注释数据准备首先还是同样的读入数据，进行一定的处理。
正在输入中…………·2023-11-16 11:28

15.GO和KEGG分析

非模式生物--大麦的GO和KEGG分析分析思路1.首先查看Annotationhub（https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html
夏大希·2023-11-04 16:46

关于RNA-SEQ中GO分析的几个名词

问题一：GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算见链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二：如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为
ShanSly·2023-11-02 19:29

clusterprolifer go kegg msigdbr 富集分析应该使用哪个数据集，GO?KEGG?Hallmark？

关注微信：生信小博士5OverviewofenrichmentanalysisChapter5Overviewofenrichmentanalysis|BiomedicalKnowledgeMiningusingGOSemSimandclusterProfiler5.1.2GeneOntology(GO)GeneOntologydefinesconcepts/classesusedtodescri
生信小博士·2023-11-02 10:25

RNA-seq学习：No.5富集分析--ORF过表达

（2）分类标准分类的标准即人们根据目前研究建立的基因注释库，目前常用的有两个：GO与KEGG；G
小贝学生信·2023-11-01 20:45
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