组装细菌基因组

1.上Genenome Announcements上面找一篇细菌基因组文章的SRR号，我找的是SRR8892199
prefetch SRR8892199
2.fastq-dump解压该文件
fastq-dump --gzip --split-files SRR8892199.sra

QL6(35@M_5GFE(_4_I4OVQC.png

3.fastqc质控，去接头。
fastqc SRR8892199_1.fastq.gz
fastqc SRR8892199_2.fastq.gz

QQ图片20191216191458.png

4.spades组装基因组草图
spades.py --careful output_forward_paired.fq.gz --pe1-1 .gz --pe1-2 output_reverse_paired.fq.gz -o ./SPAdesout_7942_new
指令输入后得到结果如下图

QQ图片20191216191034.png

5.利用quast评价组装基因组
quast.py ~/ncbi/public/sra/SPAdesout_7942_new/contigs.fasta -o ~/SPAdesout_7942_new/quast_out
完成后会得到如下的文件下

QQ图片20191216191312.png

下载该文件夹到windows后查看

QQ图片20191216191604.png

整个实验就完成了。