mysql 异常 InnoDB: mysql 5.5 的 InnoDB 到底有何问题？

mysql 5.5 的 InnoDB 到底有何问题？
oschina 在春节期间升级了 MySQL 到 5.5.8 GA 版本，并将表引擎从 MyISAM 改为 InnoDB 后出现了严重的问题，详情请看：http://www.oschina.net/bbs/thread/15798 。
但后来我在本地测试的结果是，单用户访问并不会出现问题，用的是 Percona Server 5.5 。
于是内部商量，此次升级顺便把数据库换成 Percona Server 5.5，但是昨晚升级后刚跑起来就报了一大堆异常，跟春节期间的异常一模一样。
升级过程必须在短时间内结束，因此不能太多犹豫，赶紧再进行最后一试，降级 Percona Server 到 5.1 ，还是继续用 InnoDB，在安装 5.1 的时候，心里一直在想一个问题：如果 5.1 的 InnoDB 也不行，那怎么办？
唯一的答案就是放弃 InnoDB ，继续使用 MyISAM。
可当我更换好数据库，把 Tomcat 启动后，没有收到任何异常，应用运行非常正常，一直测试了一个多小时，一切OK。
这下好办了，咱来分析一下下面几种组合情况：
oschina + myisam(任何版本) 运行正常
oschina + mysql 5.5 (innodb) 运行严重不正常
oschina + percona server 5.5 (innodb) 运行严重不正常
oschina + percona server 5.1 (innodb) 运行正常
相当于只要是 MySQL 5.5 ，不管是原生版还是衍生版，都无法正常运行。
如果非要说是 oschina 的程序问题，为何在 5.1 的 innodb 下运行正常呢？使用不同数据库时oschina没做任何改动，包括配置。
百思不得其解，我上网搜了关于 java.sql.SQLException: Communications link failure 这个问题，发现几乎都没有最终解决的办法，官方也能找到有人提交了这样的bug，但都被解释了一下，没有任何动静。
或许你的程序在 5.5 的 innodb 下运行没有任何问题，我想，那应该是你运气比较好：）
但是，在选择 5.5 的 innodb 的时候，不妨三思！
最后，很多人要我分享 Percona Server 的经验，我想说，有很多测试结果表明 Percona Server 的性能比 MySQL 好，5.1 的性能相当于 5.5，5.5 的性能比原生版的 5.5 又要高很多。而且稳定性完全没有任何问题，由于是在 MySQL 的基础上进行改进的，其基本的使用方法跟 mysql 没有任何不同，包括 service mysql start 之类的命令，大胆的用吧，只要你会 MySQL，那你肯定也会 Percona Server