精通 R plot—第1部分：颜色，图例和线
本篇文章是关于如何在R中使用plot函数来创建图形系列文章的第一篇。当然，R中还有其他的包可以创建很酷的图形（如ggplot2或lattice）。不过plot函数也可以满足我们基本的绘图要求。
在这篇文章，我们可以学习到如何在散点图中添加信息，如何添加图例，最后在图中添加回归线。
模拟数据
#模拟数据
dat<-data.frame(X=runif(100,-2,2),T1=gl(n=4,k=25,labels=c("Small","Medium","Large","Big")),Site=rep(c("Site1","Site2"),time=50))
mm<-model.matrix(~Site+X*T1,dat)
betas<-runif(9,-2,2)
dat$Y<-rnorm(100,mm%*%betas,1)
summary(dat)添加颜色
首先，plot函数可以用不同的方式来添加颜色。一种方式是给plot的col参数传递一个颜色向量。
#选择需要使用的颜色
library(RColorBrewer)
#RColorBrewer中的所有调色板
display.brewer.all()
#选取Set1调色板中的四种颜色
cols<-brewer.pal(n=4,name="Set1")
#cols表示的是四种不同颜色的名称
#创建一个跟T1变量的因子水平相对应的颜色向量
cols_t1<-cols[dat$T1]
plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=16)
更改图形符号
创建图形符号向量，用来标记两种不同的Site。如下所示：
pch_site<-c(16,18)[factor(dat$Site)]
#pch参数用来控制图形符号
plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
添加图例
现在给图形添加图例：
plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
legend("topright",legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7)
legend函数的第一个参数指定图例显示在图形中的位置，接着是图例的文本。其它可参数包括指定图例的颜色，图形符号等。更多详情可通过?legend查看。
通过设置xpd=TRUE可以在图形外增加图例。并指定x,y坐标轴。
plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
legend(x=-1,y=13,legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7,xpd=TRUE)
添加回归线
#generate a new data frame with ordered X values
new_X<-expand.grid(X=seq(-2,2,length=10),T1=c("Small","Medium","Large","Big"),Site=c("Site1","Site2"))
#the model
m<-lm(Y~Site+X*T1,dat)
#get the predicted Y values
pred<-predict(m,new_X)
#plot
xs<-seq(-2,2,length=10)
plot(Y~X,dat,col=cols_t1,pch=pch_site)
lines(xs,pred[1:10],col=cols[1],lty=1,lwd=3)
lines(xs,pred[11:20],col=cols[2],lty=1,lwd=3)
lines(xs,pred[21:30],col=cols[3],lty=1,lwd=3)
lines(xs,pred[31:40],col=cols[4],lty=1,lwd=3)
lines(xs,pred[41:50],col=cols[1],lty=2,lwd=3)
lines(xs,pred[51:60],col=cols[2],lty=2,lwd=3)
lines(xs,pred[61:70],col=cols[3],lty=2,lwd=3)
lines(xs,pred[71:80],col=cols[4],lty=2,lwd=3)
legend(x=-1,y=13,legend=paste(rep(c("Small","Medium","Large","Big"),times=2),rep(c("Site 1","Site 2"),each=4),sep=", "),col=rep(cols,times=2),pch=rep(c(16,18),each=4),lwd=1,lty=rep(c(1,2),each=4),bty="n",ncol=2,cex=0.7,pt.cex=0.7,xpd=TRUE)
还可以在绘图区域添加许多图形元素，例如：points，lines，rect，text。
后面的文章会继续介绍如何控制轴标签和刻度线。
本文由雪晴数据网负责翻译整理，原文请参考Mastering R Plot – Part 1: colors, legends and lines作者Lione Hertzog。转载本译文请注明链接http://www.xueqing.cc/cms/article/117