CT图像的三维表面重建

          对于医学图像的处理，ITK是一个具有丰富资源的库，专门对医学图像进行分割和配准，里面有丰富的函数。ITK可以直接读取单张的CT图像或者是序列的CT图像，最近新版本的VTK也可以实现这一功能，但对于CT头文件的读取，VTK显然没有ITK可以获得更加全面的信息。在安装ITK时一直出现无法解析的外部符号这个问题，这应该是有的lib库找不到的原因，但我把cmake编译出的所有lib都加到附加依赖项中还是存在这样的问题，最后在同学的帮助下，再加入snmpapi.lib、rpcrt4.lib、wsock32.lib即可成功使用。ITK的一个最大的缺点是它不提供可视化的功能，所以必需与具备可视化的工具结合使用，VTK就是这个理想的工具。看到有的文章也使用openGL，这里选用VTK是因为ITK中有一个已经写好的函数ImageToVTKImageFilter可以实现ITK到VTK的转化。在使用VTK的时候也出现了问题，必须要在程序的最开头加入#define vtkRenderingCore_AUTOINIT 4(vtkInteractionStyle,vtkRenderingFreeType,vtkRenderingFreeTypeOpenGL,vtkRenderingOpenGL)和#define vtkRenderingVolume_AUTOINIT 1(vtkRenderingVolumeOpenGL)这两句话才能正确执行（从网上找到的解决方案）。这里要注意ITK和VTK的坐标原点不同，一个在左上角，一个在左下角，所以相当于图像有个翻转的过程。但这里好像只限于对图像（2D、3D）的转换，三维模型什么的好像不可以。

       之前说过，ITK可以直接读取序列CT图像得到一个体数据，对这个体数据，可以直接应用MC面绘制的方法提取出你想要的等值面，前提是你要指定一个值，值的选取对最后提取出的表面有很大影响。由于CT图像一般较复杂，各个部分的划分不是很清晰，所以在等值面提取前进行图像的分割是很有必要的。ITK中图像的分割可以针对2D或者3D，但针对3D的情况一直跑不通，总提示说没有要处理的数据，不知道是什么原因。并且感觉对3D的图像进行分割结果也不会太好，所以目前考虑的是对每层2D的CT图像进行分割，提取出轮廓，再应用MC算法提取表面，这时的设定值就可以是你做分割时指定的值。在应用MC算法时，我选择读入的还是序列CT图像，也就是说要把分割好的图像保存成CT文件的格式，之所以选择这样做，是因为读入序列CT时可以自动读入层厚，我们就不需要自己设定了。

       对单层CT图像进行分割的方法有很多，我选择的是区域增长法。但现在存在一个关键的问题，只能对每一层图像分别进行分割，对每一层都要重新设置参数什么的，才能得到较好的分割结果，没有一种对整个序列进行分割的比较好的方法，考虑是不是可以应用CT序列图像两层间的图像变化不太大这一点，用上一层图像分割后的结果来指定下一层图像的分割参数，还在探索中......

       这是我第一次写博客，希望记录自己的科研工作，当以后回过头看时，这将是一份美好的回忆，也希望看到自己的能力不断增强，加油~