【翻译】Awesome R资源大全中文版来了,全球最火的R工具包一网打尽,超过300+工具,还在等什么?

0.前言

  虽然很早就知道R被微软收购,也很早知道R在统计分析处理方面很强大,开始一直没有行动过。。。直到

  直到12月初在微软技术大会,看到我软的工程师演示R的使用,我就震惊了,然后最近在网上到处了解和爬一些R的资料,看着看着就入迷了,这就是个大宝库了,以前怎么没发现,看来还是太狭隘了。直到前几天我看到这个Awesome R文档,我就静不下来了,对比了目前自己的工作和以后的方向,非常适合我。所以毫不犹豫的把这个文档汉化了,所以大家一起享受吧。

说明:本文已经提交到github,地址:https://github.com/asxinyu/awesome-R ,由于个人知识和能力限制,部分组件特别是机器学习方面比较专业的术语无法翻译,如果有懂的朋友可以留言或者在github直接修改。一起完善。  

这里有很多非常不错的R包和工具. 该想法来自于awesome-machine-learning.

这里是包的导航清单,看起来更方便 https://awesome-r.com

  通过这些翻译了解这些工具包,以后干活也就方便多了。不过翻译这个东西的确要靠耐心,翻译,编辑花费了至少一周的空余时间。

  在编辑本文的过程中,惊喜的发现原来 伯乐在线 也在翻译Awesome系列的其他资源:地址在github:

1. https://github.com/jobbole/awesome-dotnet-cn

2.https://github.com/jobbole/awesome-java-cn

3.https://github.com/jobbole/awesome-javascript-cn

本文原文地址:http://www.cnblogs.com/asxinyu/p/Awesome_R_Chinese.html 

1.集成开发环境

  • RStudio  - 一个非常强大高效的图形界面开发环境,可以在Windows, Mac, 和Linux运行. 官网:http://www.rstudio.org/
  • Emacs + ESS - ESS是一个emacs文本编辑器的一个统计分析的插件.     官网:http://ess.r-project.org/
  • Sublime Text + R-Box - 一个在Sublime 2/3中使用R语言编程的插件.      官网:http://github.com/randy3k/R-Box/
  • TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2的插件.     官网:https://github.com/textmate/r.tmbundle
  • StatET - 一个基于Eclipse的R语言IDE.    官网:http://www.walware.de/goto/statet
  • Revolution R Enterprise - 专注于大数据,大规模多处理器的功能,可以对学术用户免费提供和商业使用.    官网:http://www.revolutionanalytics.com/get-revolution-r-enterprise
  • R Commander - 一个包括基本图形用户界面的R包.    官网:http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/
  • IRkernel  - Jupyter的R语言内核.    官网:https://github.com/IRkernel/IRkernel
  • Deducer - 一个菜单驱动的数据分析的GUI工具,类似电子表格数据编辑器.    官网:http://www.deducer.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.DeducerManual?from=Main.HomePage
  • Radiant - 一个使用R语言,独立的基于浏览器接口的业务分析平台,基于Shiny.    官网:http://vnijs.github.io/radiant/
  • Vim-R - Vim中R语言插件.    官网:https://github.com/vim-scripts/Vim-R-plugin
  • Nvim-R - Neovim中R语言插件.    官网:https://github.com/jalvesaq/Nvim-R
  • JASP - 一个完整的贝叶斯和概念论相关方法的R包,和使用SPSS非常相似。    官网:https://jasp-stats.org/
  • Bio7 - 一个包括创建,科学图像分析和统计分析的IDE.    官网:http://www.bio7.org/
  • RTVS - Visual Studio中R开发工具.    官网:http://microsoft.github.io/RTVS-docs/

2.语法

  • magrittr  - 一个R语言高效的管道操作包.    官网:https://github.com/smbache/magrittr
  • pipeR - 多泛型管道的实现.    官网:https://github.com/renkun-ken/pipeR
  • lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配.    官网:https://github.com/zatonovo/lambda.r
  • purrr - 一个高级函数编程语言包.    官网:https://github.com/hadley/purrr

3.数据操作

  • dplyr  - 快速数据操作和数据库查询.    官网:https://github.com/hadley/dplyr
  • data.table  - 使用短小灵活的语法操作数据.    官网:https://github.com/Rdatatable/data.table
  • reshape2   - 灵活的数据排列,聚合处理.    官网:https://github.com/hadley/reshape
  • readr - 一个快速简单的读取表格数据到R中的包.    官网:​https://github.com/hadley/readr
  • haven - 对导入SPSS,STATA和SAS的文件进行改进.    官网:https://github.com/hadley/haven
  • tidyr - 方便对数据进行整理、传播和收集.    官网:https://github.com/hadley/tidyr
  • broom - 将统计分析对象转换成整齐的数据框(一种数据组织和呈现的方式).    官网:https://github.com/dgrtwo/broom
  • rlist - 一个操作非规范化数据的工具箱.    官网:https://github.com/renkun-ken/rlist
  • jsonlite - 一个快速解析JSON文件的包.    官网:https://github.com/jeroenooms/jsonlite
  • ff - 设计用来存储大型数据集的数据结构.    官网:http://ff.r-forge.r-project.org/
  • lubridate - 一组日期和时间函数.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/lubridate/index.html
  • stringi  - 基于ICU的字符串处理方案.    官网:http://www.rexamine.com/resources/stringi/
  • stringr  - 基于stringi之上的对字符串处理API.    官网:https://github.com/hadley/stringr
  • bigmemory - 提供共享内存和内存映射矩阵,同时也包提供额外的工具,包括线性模型.(biglm) 和随机森林 (bigrf).    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/index.html
  • fuzzyjoin - 使用不精确匹配的方式连接表数据.    官网:https://github.com/dgrtwo/fuzzyjoin
  • tidyverse - 简单从tidyverse下载和安装包.    官网:​https://github.com/hadley/tidyverse

4.图形显示

  • ggplot2  - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐.    官网:​https://github.com/hadley/ggplot2
  • ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可).   官网:​https://github.com/sinhrks/ggfortify
  • ggrepel - 排除重叠的文本标签.    官网:​https://github.com/slowkow/ggrepel
  • ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计.    官网:​https://github.com/hrbrmstr/ggalt
  • ggtree - 可视化和注释的系统树.    官网:​https://github.com/GuangchuangYu/ggtree
  • ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子.    官网:​https://ggplot2-exts.github.io/ggiraph.html
  • lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统.    官网:​http://lattice.r-forge.r-project.org/
  • corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法.    官网:​https://github.com/taiyun/corrplot
  • rgl - R中3D可视化系统.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgl/index.html
  • Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Cairo/index.html
  • extrafont - 在R中图像中使用字体的工具.    官网:​https://github.com/wch/extrafont
  • showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体.    官网:​https://github.com/yixuan/showtext
  • animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具.    官网:​http://yihui.name/animation/
  • gganimate - 用ggplot2创建简单的动画.    官网:​https://github.com/dgrtwo/gganimate
  • misc3d - 强大的3D绘图工具.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/misc3d/index.html
  • xkcd - 在图表中使用xkcd风格.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/xkcd/index.html
  • imager - 一个基于CImg库的图像处理包.    官网:http://dahtah.github.io/imager/

5.HTML部件

  • d3heatmap - 使用D3绘制互动的热图.    官网:https://github.com/rstudio/d3heatmap
  • DataTables - 将R矩阵或数据框作为交互的HTML表.    官网:http://rstudio.github.io/DT/
  • DiagrammeR  - 在R中创建JS图表和流程图.    官网:​https://github.com/rich-iannone/DiagrammeR
  • dygraphs - 在R中绘制时间序列数据图形.    官网:​https://github.com/rstudio/dygraphs
  • formattable - 可格式化的数据结构.    官网:​http://renkun.me/formattable/
  • ggvis - R中交互式的图形处理语法.    官网:​https://github.com/rstudio/ggvis
  • Leaflet - 一个非常流行的交互式地图JavaScript组件.    官网:​http://rstudio.github.io/leaflet/
  • MetricsGraphics - 可以轻松创建D3散点图、折线图和直方图.    官网:​http://hrbrmstr.github.io/metricsgraphics/
  • networkD3 - D3 JavaScriptR网络图.    官网:​http://christophergandrud.github.io/networkD3/
  • scatterD3 - D3 互动散点图.    官网:​https://github.com/juba/scatterD3
  • plotly  - 使用plot.ly进行交互式ggplot2和Shiny绘图.    官网:​https://github.com/ropensci/plotly
  • rCharts  - 交互式JS绘图.    官网:​https://github.com/ramnathv/rCharts
  • rbokeh - Bokeh的R接口.    官网:​http://hafen.github.io/rbokeh/
  • threejs - 交互式3D散点图和地球仪.    官网:​https://github.com/bwlewis/rthreejs
  • timevis - 创建完全交互式的时间轴可视化图形.    官网:​https://github.com/daattali/timevis
  • visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.    官网:​https://github.com/datastorm-open/visNetwork

6.复用组件研究

  • knitr  - R中简单的动态报表生成工具.    官网:​http://yihui.name/knitr/
  • xtable - 将表格导出到LaTeX或者HTML.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
  • rapport - 一个R模版系统.    官网:​http://rapport-package.info/#intro
  • rmarkdown  - R动态文档工具.    官网:http://rmarkdown.rstudio.com/
  • slidify - 创建和发布漂亮的html5展示效果.    官网:​https://github.com/ramnathv/slidify
  • Sweave - 使用R创建LaTeX报表的R包.    官网:​https://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/
  • texreg - 在LaTex和HTML中格式化统计模型.    官网:​http://www.philipleifeld.de/software/texreg/texreg.html
  • checkpoint - 从检查点快照服务器安装包.    官网:​https://github.com/RevolutionAnalytics/checkpoint
  • brew - 报告模板的生成框架.可以和knitr合并.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/brew/index.html
  • ReporteRs - 一个生成微软Word, PowerPoint和HTML报表的R包.    官网:​http://davidgohel.github.io/ReporteRs/index.html
  • bookdown - 使用R Markdown编写书籍.    官网:​https://bookdown.org/
  • ezknitr - 避免使用'knitr'带来的工作目录的痛苦.    官网:​https://github.com/daattali/ezknitr

7.Web技术和服务

  • Web Technologies List - 关于如何使用R和网络的相关信息.    官网:​https://github.com/ropensci/webservices
  • shiny  - 使用R创建简单的Web交互应用.    官网:​https://github.com/rstudio/shiny
  • RCurl - 常规的网络客户端接口 (HTTP/FTP/...) .    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html
  • httr  - 使用更加友好的RCurl封装.    官网:​https://github.com/hadley/httr
  • httpuv - HTTP和WebSocket服务程序.    官网:​https://github.com/rstudio/httpuv
  • XML  - R中生成和解析XML的工具.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html
  • rvest  - 简单的web信息抓取,使用CSSSelect 和 XPath 语法.    官网:​https://github.com/hadley/rvest
  • OpenCPU  - HTTP API.    官网:​https://www.opencpu.org/
  • Rfacebook - Facebook API.    官网:​https://github.com/pablobarbera/Rfacebook
  • RSiteCatalyst - Adobe 分析服务的R语言客户端.    官网:​https://github.com/randyzwitch/RSiteCatalyst
  • plumber - 一个将现有的R代码转换为API的包.    官网:​https://github.com/trestletech/plumber

8.并行计算

  • parallel - R语言高性能的并行计算平台. multicore and snow.    官网:​http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html
  • Rmpi - Rmpi对MPI APIS提供了一个包装过的接口,它也提供一个交互式的R环境.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/index.html
  • foreach  - 使用并行来执行循环.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/foreach/index.html
  • SparkR  - R for Spark.    官网:​https://github.com/amplab-extras/SparkR-pkg
  • DistributedR - 一个来自惠普Vertica Analytics团队的可伸缩的高性能平台.    官网:​https://github.com/vertica/DistributedR
  • ddR - 提供分布式数据结构,简化了R中的分布式计算.    官网:​https://github.com/vertica/ddR
  • sparklyr - 来自RStudio的Spark接口.    官网:​http://spark.rstudio.com/

9.高性能

  • Rcpp  - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行.    官网:​http://rcpp.org/
  • Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标.    官网:​https://github.com/Rcpp11/Rcpp11
  • compiler - 使用JIT提高R代码的速度.    官网:​http://spark.rstudio.com/

10.语言API

  • rJava - R语言对JAVA接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/
  • jvmr - 集成了R, Java, and Scala.    官网:​https://github.com/cran/jvmr
  • rJython - R语言对Python/Jython的接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rJython/index.html
  • rPython - 允许R调用Python.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rPython/index.html
  • runr - 在R中运行Julia和Bash.    官网:​https://github.com/yihui/runr
  • RJulia - R中调用Julia.    官网:​https://github.com/armgong/RJulia
  • RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器.    官网:​https://sites.google.com/a/ddahl.org/rinruby-users/
  • R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/R.matlab/index.html
  • RcppOctave -Octave and Matlab的接口.    官网:​https://github.com/renozao/RcppOctave
  • RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R.    官网:​http://www.omegahat.org/RSPerl/
  • V8 - 嵌入JavaScript引擎.    官网:​https://github.com/jeroenooms/V8
  • htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法.    官网:​http://www.htmlwidgets.org/
  • rpy2 - Python对R的接口.    官网:​http://rpy.sourceforge.net/

11.数据库管理

  • RODBC - R中ODBC数据库范围.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/
  • DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口.    官网:​https://github.com/rstats-db/DBI
  • elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器.    官网:​https://github.com/ropensci/elastic
  • mongolite - R中Mongo客户端.    官网:​https://github.com/jeroenooms/mongolite
  • RMySQL - R语言的MySQL数据库接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/
  • ROracle - R中Oracle数据库的接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ROracle/index.html
  • RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口.    官网:​https://code.google.com/p/rpostgresql/
  • RSQLite - R语言SQLite数据库接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/
  • RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/
  • rmongodb - R中MongoDB驱动.    官网:​https://github.com/mongosoup/rmongodb
  • rredis - R中Redis驱动.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rredis/
  • RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA),提供了最多的基本功能.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RCassandra/index.html
  • RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算.    官网:​https://github.com/nexr/RHive
  • RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动.    官网:​https://github.com/nicolewhite/Rneo4j

12.机器学习

  • AnomalyDetection  - 来自Twitter的AnomalyDetection R包.    官网:​https://github.com/twitter/AnomalyDetection
  • ahaz - 半参数添加风险回归的正则化.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ahaz/index.html
  • arules - 挖掘关联规则和频繁项集.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/arules/index.html
  • bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bigrf/index.html
  • bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下).    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bigRR/index.html
  • bmrm - 风险最小化方案的正规化方法.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bmrm/index.html
  • Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装 .   官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Boruta/index.html
  • BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相]    官网:​https://github.com/twitter/BreakoutDetection
  • bst - 梯度增加.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/bst/index.html
  • CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断.    官网:​https://github.com/google/CausalImpact
  • C50 - C5.0决策树和基于规则的模型.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/C50/index.html
  • caret  - 分类和回归训练.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html
  • Clever Algorithms For Machine Learning
  • CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/CORElearn/index.html
  • CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/CoxBoost/index.html
  • Cubist - 规则和基于实例的回归建模.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Cubist/index.html
  • e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html
  • earth - 多元自适应回归模型.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/earth/index.html
  • elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/elasticnet/index.html
  • ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/ElemStatLearn/index.html
  • evtree - 全局最优树的进化学习.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/evtree/index.html
  • forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/forecast/index.html
  • forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/forecastHybrid/index.html
  • FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/FSelector/index.html
  • frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/frbs/index.html
  • GAMBoost -  基于广义线性和加法模型.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/GAMBoost/index.html
  • gamboostLSS - GAMLSS方法的改善.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/gamboostLSS/index.html
  • gbm - 改善广义线性模型.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/gbm/index.html
  • glmnet  - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/glmnet/index.html
  • glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/glmpath/index.html
  • GMMBoost - 广义混合模型.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/GMMBoost/index.html
  • grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/grplasso/index.html
  • grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/grpreg/index.html
  • h2o  - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/h2o/index.html
  • hda - 异方差判别分析.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/hda/index.html
  • ipred - 预测器改进.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ipred/index.html
  • kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/kernlab/index.html
  • klaR - 分类和可视化.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/klaR/index.html
  • kohonen - 监督和非监督自组织映射.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/kohonen/
  • lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/lars/index.html
  • lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/lasso2/index.html
  • LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/LiblineaR/index.html
  • lme4  - Mixed-effects models.    官网:​https://github.com/lme4/lme4
  • LogicReg - 逻辑回归模型.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/LogicReg/index.html
  • maptree - 映射、修剪和图形树模型.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/maptree/index.html
  • mboost - Model-Based Boosting.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mboost/index.html
  • Machine Learning For Hackers
  • mvpart - Multivariate partitioning.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mvpart/index.html
  • MXNet  - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R.    官网:​https://github.com/dmlc/mxnet/tree/master/R-package
  • ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ncvreg/index.html
  • nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/nnet/index.html
  • oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/oblique.tree/index.html
  • pamr - Pam: 小矩阵预测分析.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/pamr/index.html
  • party - A Laboratory for Recursive Partytioning.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/party/index.html
  • partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/partykit/index.html
  • penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalized/index.html
  • penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedLDA/index.html
  • penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/penalizedSVM/index.html
  • quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/quantregForest/index.html
  • randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/index.html
  • randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC).    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/randomForestSRC/index.html
  • rattle - 图形界面式的数据挖掘工具.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rattle/index.html
  • rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rda/index.html
  • rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/rdetools/index.html
  • REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/REEMtree/index.html
  • relaxo - Relaxed Lasso.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/relaxo/index.html
  • rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgenoud/index.html
  • rgp - R基因编程框架.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rgp/index.html
  • Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/Rmalschains/index.html
  • rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机).    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rminer/index.html
  • ROCR - 可视化评分分类器的性能.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ROCR/index.html
  • RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RoughSets/index.html
  • rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rpart/index.html
  • RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RPMM/index.html
  • RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS).    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RSNNS/index.html
  • Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/Rsomoclu/index.html
  • RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件).    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/index.html
  • RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/RXshrink/index.html
  • sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/sda/index.html
  • SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/SDDA/index.html
  • SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages.    官网:​https://github.com/ecpolley/SuperLearner
  • svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/svmpath/index.html
  • tgp - Bayesian treed Gaussian process models.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tgp/index.html
  • tree - 分类和回归树.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/tree/index.html
  • varSelRF - 使用随机森林进行变量选择.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/varSelRF/index.html
  • xgboost  - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance.    官网:​https://github.com/tqchen/xgboost/tree/master/R-package

13.自然语言处理

  • text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings.    官网:​https://github.com/dselivanov/text2vec
  • tm - 一个全面的文本挖掘框架.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tm/index.html
  • openNLP - Apache OpenNLP工具接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/openNLP/index.html
  • koRpus - 一个文本分析的R包.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/koRpus/index.html
  • zipfR - 词频分布统计模型.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/zipfR/index.html
  • NLP - 基本自然语言处理功能.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/NLP/index.html
  • LDAvis - 主题模型的交互式可视化.    官网:​https://github.com/cpsievert/LDAvis
  • topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)).    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/topicmodels/index.html
  • syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/syuzhet/index.html
  • SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library.    官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/SnowballC/index.html
  • quanteda - 文本数据的定量分析.    官网:​https://github.com/kbenoit/quanteda
  • Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源.    官网:​https://github.com/trinker/topicmodels_learning
  • NLP for  - NLP related resources in R. @Chinese.    官网:​https://github.com/BZRLC/R-notes/blob/master/NLP/readme.md

14.贝叶斯

  • coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/coda/index.html
  • mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC).    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/mcmc/index.html
  • MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC).    官网:​http://mcmcpack.berkeley.edu/
  • R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/R2WinBUGS/index.html
  • BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/BRugs/index.html
  • rjags - JAGS MCMC组件的R接口.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/rjags/index.html
  • rstan  - Stan MCMC软件的R接口.    官网:​http://mc-stan.org/interfaces/rstan.html

15.最优化

  • minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation.    官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/minqa/index.html
  • nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包.    官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/nloptr/index.html
  • lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口.    官网:​https://cran.rstudio.com/web/packages/lpSolve/index.html

16.金融

  • quantmod  - 定量金融模型和交易框架.    官网:​http://www.quantmod.com/
  • TTR - 技术交易规相关的数据和功能函数.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/TTR/index.html
  • PerformanceAnalytics - 计量经济学性能和风险分析工具.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/PerformanceAnalytics/index.html
  • zoo  - S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/zoo/index.html
  • xts - 可扩展的时间序列.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/xts/index.html
  • tseries - 金融时间序列分析和计算.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/tseries/index.html
  • fAssets - 金融资产分析和建模.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/fAssets/index.html

17.生物信息学

  • Bioconductor  - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具.    官网:http://www.bioconductor.org/
  • genetics - 处理基因数据的R包.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/genetics/index.html
  • gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/gap/index.html
  • ape - 分子系统学和进化分析.    官网:​http://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html
  • pheatmap - 一个使用简单的热图工具.    官网:http://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html
  • ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data.    官网:​https://github.com/daattali/ddpcr

18.网络分析

  • Network Analysis List - 网络分析相关资源.    官网:​https://github.com/briatte/awesome-network-analysis
  • igraph  - 一个网络分析工具集合.    官网:http://igraph.org/r/
  • network - 一个操作数据关系的基本工具.    官网:https://cran.r-project.org/web/packages/network/index.html
  • sna - 基本的网络测量和可视化工具.    官网:https://cran.r-project.org/web/packages/sna/index.html
  • netdiffuseR - 网络扩散的分析工具.    官网:https://github.com/USCCANA/netdiffuseR
  • networkDynamic - 支持动态和时序网络.    官网:https://cran.r-project.org/web/packages/networkDynamic/
  • ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/ndtv/
  • statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具.    官网:​http://statnet.org/
  • ergm - 指数随机图模型.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/ergm/index.html
  • latentnet - Latent position and cluster models for network objects.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/latentnet/index.html
  • tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks.    官网:​https://cran.r-project.org/web/packages/tnet/index.html
  • rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma.    官网:​https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/wiki/Home
  • visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.    官网:​https://github.com/datastorm-open/visNetwork

19.R 开发

  • Package Development List - 提高整体开发能力的包.    官网:​https://github.com/ropensci/PackageDevelopment
  • devtools  - 然R开发人员的生活变得更简单的工具.    官网:​https://github.com/hadley/devtools
  • testthat  - 一个R包测试工具.    官网:​https://github.com/hadley/testthat
  • R6  - simpler, faster, lighter-weight alternative to R's built-in classes.    官网:​https://github.com/wch/R6
  • pryr  - Make it easier to understand what's going on in R.    官网:​https://github.com/hadley/pryr
  • roxygen  - 在函数定义中描述说明.    官网:​https://github.com/klutometis/roxygen
  • lineprof - R中在线分析结果可视化.    官网:​https://github.com/hadley/lineprof
  • packrat - 让R项目更加简单,便携和可重构的工具.    官网:​https://github.com/rstudio/packrat
  • installr - R中按照软件的相关函数(Windows平台).    官网:​https://github.com/talgalili/installr/
  • import - R的导入机制.    官网:​https://github.com/smbache/import/
  • modules - 另外一个R模块系统(Python风格).    官网:​https://github.com/klmr/modules
  • Rocker  - R configurations for Docker.    官网:https://github.com/rocker-org
  • RStudio Addins - RStudio插件列表.    官网:​https://github.com/daattali/rstudio-addins
  • drat - Creation and use of R repositories on 使用R在GitHub或其他平台创建和使用仓储.    官网:https://github.com/eddelbuettel/drat
  • covr - Test coverage for your R package and (optionally) upload the results to coveralls or codecov.    官网:https://github.com/jimhester/covr
  • lintr - R静态代码分析.    官网:https://github.com/jimhester/lintr
  • staticdocs - 为一个R包生成静态html文档.    官网:https://github.com/hadley/staticdocs

20.日志

  • futile.logger - R中类似log4j的日志记录包.    官网:https://github.com/zatonovo/futile.logger
  • log4r - R中的log4j接口.    官网:https://github.com/johnmyleswhite/log4r
  • logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包.    官网:https://cran.r-project.org/web/packages/logging/index.html

21.数据包

  • engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年).    官网:https://github.com/jalapic/engsoccerdata
  • gapminder - 从Gapminder摘录的数据集.    官网:http://github.com/jennybc/gapminder

22.其他工具

  • git2r - 在R中使用git.    官网:https://github.com/ropensci/git2r

23.其他编译器

  • CXXR - Refactorising R into C++.    官网:https://www.cs.kent.ac.uk/projects/cxxr/
  • fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal.    官网:https://bitbucket.org/allr/fastr/wiki/Home
  • incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit.    官网:https://github.com/incanter/incanter
  • pqR - 一个更快的R实现.    官网:http://www.pqr-project.org/
  • renjin - 一个基于JVM的R编译器.    官网:http://www.renjin.org/
  • rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R.    官网:https://github.com/rho-devel/rho
  • riposte - 一个R快速编译和JIT工具.    官网:https://github.com/jtalbot/riposte
  • RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open).    官网:https://mran.revolutionanalytics.com/open/
  • TERR - R的TIBCO企业运行环境.    官网:http://spotfire.tibco.com/discover-spotfire/what-does-spotfire-do/predictive-analytics/tibco-enterprise-runtime-for-r-terr

24.R学习

  • swirl - 一个在R控制台中交互式学习指南.    官网:http://swirlstats.com/
  • DataScienceR - 一个数据科学,神经网络,和机器学习的指南.    官网:https://github.com/ujjwalkarn/DataScienceR

25.资源

25.1 网站

  • R-project - R 项目的官方网站.    官网:http://www.r-project.org/
  • R Bloggers - R语言的一个综合性博客网站.    官网:http://www.r-bloggers.com/
  • DataCamp - 在线学习R数据分析.    官网:https://www.datacamp.com/
  • Quick-R - 一个非常好的快速参考手册.    官网:http://www.statmethods.net/
  • Advanced R  - 书籍高级R编程的在线版.    官网:http://adv-r.had.co.nz/
  • Efficient R Programming - 书籍"Efficient R Programming"的在线主页.    官网:https://csgillespie.github.io/efficientR/
  • CRAN Task Views - CRAN包的任务列表.    官网:http://cran.r-project.org/web/views/
  • The R Programming Wikibook - 一个R协作手册    官网:https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming
  • R-users - R语言的求职板块.    官网:https://www.r-users.com/
  • R Cookbook - 一个R问答网站,由[R Graphics Cookbook]进行支持(http://shop.oreilly.com/product/0636920023135.do).    官网:http://www.cookbook-r.com/
  • tryR - 快速开始使用R.    官网:http://tryr.codeschool.com/
  • RDocumentation - 使用RDocumentation搜索所有的CRAN, Bioconductor, Github包和文档.    官网:https://www.rdocumentation.org/

25.2 书籍

  • R Books List - R相关书籍清单.    官网:https://github.com/RomanTsegelskyi/rbooks
  • The Art of R Programming - 一个很好的资源,可以系统地学习基础类型的对象,控制语句,变量的范围,以及调试等.    官网:http://shop.oreilly.com/product/9781593273842.do
  • Free Books - CRAN贡献的多种语言文档. Contributed Documentation in many languages.    官网:https://cran.r-project.org/other-docs.html
  • R Cookbook - 快速简单的介绍R及相关常见的统计任务.    官网:http://shop.oreilly.com/product/9780596809164.do
  • Johns Hopkins编写的数据科学专业的一部分教程:
    • Exploratory Data Analysis with R - 基本的各种数据分析技能.  * R Programming for Data Science - 依赖于R的一些高级数据分析.  * Report Writing for Data Science in R - R语言的报表生成和可重用组件研究.    官网:https://leanpub.com/exdata
  • R Packages - 一个用R包编写的书籍 (有论文和网站2钟格式).    官网:http://r-pkgs.had.co.nz/
  • R in Action - 一本旨在帮助所有级别R用户的书籍.    官网:http://www.manning.com/kabacoff2/
  • Use R! - This series of inexpensive and focused books from Springer publish shorter books aimed at practitioners. Books can discuss the use of R in a particular subject area, such as Bayesian networks, ggplot2 and Rcpp.    官网:http://www.springer.com/series/6991?detailsPage=titles
  • R for SAS and SPSS users - 一个对已经熟悉SAS和SPASS用户的资源库.    官网:http://r4stats.com/books/free-version/
  • An Introduction to R - 一个很好的介绍R的文章,也涵盖了一些高级主题.    官网:https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf
  • Introduction to Statistical Learning with Application in R - A simplified and "operational" version of The Elements of Statistical Learning. Free softcopy provided by its authors.    官网:http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/
  • The R Inferno - Patrick Burns gives insight into R's ins and outs along with its quirks!    官网:http://www.burns-stat.com/pages/Tutor/R_inferno.pdf
  • R for Data Science - Free book from RStudio developers with emphasis on data science workflow.    官网:http://r4ds.had.co.nz/

25.3 博客

    • Not So Standard Deviations - 数据科学博客
      • @Roger Peng and @Hilary Parker.
    • R World News - R行业的社区新闻,可以让你与时俱进.
      • @Bob Rudis and @Jay Jacobs.
    • The R-Podcast - 使用R的一些实践建议.
      • @Eric Nantz.
    • R Talk - 关于R语言和统计软件的新闻和讨论.
      • @Oliver Keyes, @Jasmine Dumas, @Ted Hart and @Mikhail Popov.

25.4 参考文献

  • R Reference Card 2.0 - Material from R for Beginners by permission of Emmanuel Paradis (Version 2 by Matt Baggott).    官网:http://cran.r-project.org/doc/contrib/Baggott-refcard-v2.pdf
  • Regression Analysis Refcard - R Reference Card for Regression Analysis.    官网:http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-refcard-regression.pdf
  • Reference Card for ESS - Reference Card for ESS.    官网:http://ess.r-project.org/refcard.pdf
  • R Markdown Cheat sheet - Quick reference guide for writing reports with R Markdown.    官网:http://shiny.rstudio.com/images/rm-cheatsheet.pdf.zip
  • Shiny Cheat sheet - Quick reference guide for building Shiny apps.    官网:http://shiny.rstudio.com/images/cheatsheet.pdf.zip
  • ggplot2 Cheat sheet - Quick reference guide for data visualisation with ggplot2.    官网:https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/08/ggplot2-cheatsheet.pdf
  • devtools Cheat sheet - Quick reference guide to package development in R.    官网:https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/06/devtools-cheatsheet.pdf

25.5 网络课程

  • The Analytics Edge - Hands-on introduction to data analysis with R from MITx.    官网:https://www.edx.org/course/analytics-edge-mitx-15-071x-0
  • Johns Hopkins University Data Science Specialization - 9 courses including: Introduction to R, literate analysis tools, Shiny and some more.    官网:https://www.coursera.org/specialization/jhudatascience/1
  • HarvardX Biomedical Data Science - Introduction to R for the Life Sciences.    官网:http://simplystatistics.org/2014/11/25/harvardx-biomedical-data-science-open-online-training-curriculum-launches-on-january-19/
  • Explore Statistics with R - Covers introduction, data handling and statistical analysis in R.    官网:https://www.edx.org/course/explore-statistics-r-kix-kiexplorx-0

25.6 列表

  • Books - R书籍清单.    官网:https://github.com/RomanTsegelskyi/rbooks
  • DataScienceR - R数据科学、神经网络和机器学习的指南清单.    官网:https://github.com/ujjwalkarn/DataScienceR
  • ggplot2 Extensions - ggplot2扩展案例.    官网:https://ggplot2-exts.github.io/ggiraph.html
  • Natural Language Processing  - R. @Chinese中NLP 相关资源.    官网:https://github.com/BZRLC/R-notes/blob/master/NLP/readme.md
  • Network Analysis - 网络分析相关资源.    官网:https://github.com/briatte/awesome-network-analysis
  • Open Data - 使用R获取,转换,操作,创建和贡献数据.    官网:https://github.com/ropensci/opendata
  • Posts - 创建R博客或者文章.    官网:https://github.com/qinwf/awesome-R/blob/master/posts.md
  • Package Development - 提高包开发的资源工具.    官网:https://github.com/ropensci/PackageDevelopment
  • R Project Conferences - 使用R的相关信息,DSC会议.    官网:https://www.r-project.org/conferences.html
  • RStartHere - 一些非常有用的R包指南.    官网:https://github.com/rstudio/RStartHere
  • RStudio Addins - RStudio插件清单.    官网:https://github.com/daattali/addinslist
  • Topic Models - 主题模型的学习和R相关资源.    官网:https://github.com/trinker/topicmodels_learning
  • Web Technologies - 如何使用R和万维网的信息.    官网:https://github.com/ropensci/webservices

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