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高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物

lantary·2024-09-14 12:52

linux基础命令-管道符“|”

管道符与命令结合应用：实现文本数据处理与分析在Linux操作系统中，管道符|是一个强大的工具，它允许将一个命令的输出直接传递给另一个命令的输入，实现不同命令之间的协同工作。

gaozhanghappy001·2024-09-08 20:22

webGIS后端程序员学习路线

webGIS后端程序员学习路线1.GIS基础知识学习要点：学习资源：2.后端编程基础学习要点：学习资源：3.地理数据库（SpatialDatabase）学习要点：学习资源：4.空间数据处理与分析学习要点

听忆.·2024-09-07 09:56

【Spark高级应用】使用Spark进行高级数据处理与分析

Spark高级应用使用Spark进行高级数据处理与分析引言在大数据时代，快速处理和分析海量数据是每个企业面临的重大挑战。

爱技术的小伙子·2024-09-06 10:47

高校为什么需要AIGC大数据实验室？

AIGC主要研究方向包括：AIGC技术创新、大数据处理与分析、AIGC与大数据融合应用。

泰迪智能科技01·2024-09-04 13:28

个性化推荐系统-离线召回模型验证

此模块旨在通过高效的数据处理与分析，预先筛选出用户可能感兴趣的内容或商品，为后续的实时推荐流程提供丰富且精准的候选集。

山水阳泉曲·2024-09-03 03:21

STM32智能医疗监控系统教程

目录引言环境准备智能医疗监控系统基础代码实现：实现智能医疗监控系统4.1数据采集模块4.2数据处理与分析模块4.3通信与网络系统实现4.4用户界面与数据可视化应用场景：医疗监控与优化问题解决方案与优化收尾与总结

stm32发烧友·2024-08-29 23:16

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载，示例的命令如下:wget-cftp://

lantary·2024-03-08 09:58

基于新型存储的大数据存储管理

基于新型存储的大数据存储管理金培权1,21.中国科学技术大学计算机科学与技术学院，安徽合肥2300272.中国科学院电磁空间信息重点实验室，安徽合肥230027摘要：如何高效地存储大数据并支持实时大数据处理与分析是大数据技术发展面临的首要问题

唐名威·2024-02-07 21:21

人类与AI的优势互补

具体而言：大数据处理与分析：AI拥有强大的数据处理能力，可以在短时间内对海量数据进行挖掘和学习，发现其中隐藏的规律、趋势和关联性，这对于商业智能、科研探索以及预测模型构建等领域具有重大价值。

科学禅道·2024-02-05 06:16

Python之PySpark简单应用

文章目录一、介绍1.准备工作2.创建SparkSession对象：3.读取数据：4.数据处理与分析：5.停止SparkSession：二、示例1.读取解析csv数据2.解析计算序列数据map\flatmap

陈年小趴菜·2024-02-02 13:37

基于Python的微信聊天记录分析——数据处理与分析

本篇为《基于Python的微信聊天记录分析》系列的第二篇，主要讲解获取到聊天记录数据之后，在Python环境下对其进行数据处理、分析和可视化，涉及库的安装、相关操作的Python代码等内容。希望和大家多多交流，共同进步！一.数据处理数据分析的基础是“数据”，俗话说基础不牢，地动山摇！对于聊天记录分析这件事儿来说，数据处理是十分有必要的，我们需要将茫茫多的记录中的无意义或意义不明数据过滤，这样才有助

HHHenry2Hero·2024-01-31 22:49

边缘计算技术的双面刃：深度剖析安全、稳定挑战及实时性、成本优势

在数字化时代的前沿，边缘计算作为一项颠覆性技术，正以其独特的分布式架构和强大的本地处理能力深刻改变着数据处理与分析的方式。

古猫先生·2024-01-25 18:47

搞定 Excel 繁琐操作：轻松掌握 EasyExcel 的使用技巧

在一些导出业务场景中，经常需要将数据导出存储到excel，而Excel作为一个重要的工具，在数据处理与分析上也起到了至关重要的作用。但是，Excel的操作繁琐、效率低下等问题也制约着我们的工作效率。

程序无涯海·2024-01-23 02:05

大数据导论（3）---大数据技术

3.1分布式基础架构Hadoop3.2分布式文件系统HDFS3.3分布式数据库HBase3.4非关系型数据库NoSQL4.数据可视化与保护1.大数据技术概述大数据技术主要包括数据采集与预处理、数据存储、数据处理与分析

冒冒菜菜·2024-01-20 21:28

Pandas数据分析15——pandas数据透视表和交叉表

参考书目：《深入浅出Pandas：利用Python进行数据处理与分析》pandas对数据框也可以像excel一样进行数据透视表整合之类的操作。

阡之尘埃·2024-01-07 13:31

Python数据分析全攻略

文章目录引言Pandas-数据处理与分析代码示例NumPy-数值计算特点代码示例Matplotlib-数据可视化特点代码示例SciPy-科学计算特点代码示例Scikit-learn-机器学习特点代码示例

跑起来总会有风·2024-01-06 11:53

python数据处理与分析案例,python数据处理程序代码

大家好，小编来为大家解答以下问题，python数据处理案例步骤及其代码，python数据处理与分析教程，现在让我们一起来看看吧！

阳阳2013哈哈·2024-01-02 23:34

ECharts与Excel的火花

其他系列文章导航Java基础合集数据结构与算法合集设计模式合集多线程合集分布式合集ES合集文章目录其他系列文章导航文章目录前言一、ECharts：现代数据可视化的利器二、Excel：经典的数据处理与分析工具三

伴川·2023-12-31 15:43

pandas数据处理与分析

1、使用数据差分查看员工业绩波动情况对表中的数据切分出姓名、日期和交易额三列数据以姓名和日期进行分组求和后将计算得到的差分作为最后一列输出。importpandasaspd#读取超市营业额2.xlsx中的Sheet1的数据data=pd.read_excel("E:\\Python\\超市营业额2.xlsx","Sheet1")#从data中通过切片的方式获取数据，并以姓名和日期进行分组求和dat

༺❀ൢ挽筝❀ൢ༻·2023-12-31 14:36

pandas对超市销售数据处理与分析

1、查看单日交易额最小的3天的交易数据，并查看这3天是周几；importpandasaspdimporttimedata=pd.read_excel('E:/Python/超市营业额2.xlsx','Sheet1')day=data.loc[:,['日期','交易额']].groupby('日期',as_index=False).sum()day=day.nsmallest(3,'交易额')day

༺❀ൢ挽筝❀ൢ༻·2023-12-31 14:36

Pandas数据分析02——各类文件的读取和导出

参考书目：《深入浅出Pandas：利用Python进行数据处理与分析》pandas真的很强大，几乎什么格式的数据都能读取，什么csv，excel，spss，stata，json，html......连剪贴板的数据都能读

阡之尘埃·2023-12-28 12:36

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，kneaddata等软件。事实上，去除宿主污染的基本原

lantary·2023-12-27 23:49

大数据处理与分析

掌握分布式并行编程框架MapReduce掌握基于内存的分布式计算框架Spark理解MapReduce的工作流程、Spark运行原理熟悉机器学习概念一.MapReduceHadoopMapReduce是一个软件框架，基于该框架能够容易地编写应用程序，这些应用程序能够运行在由上千个商用机器组成的大集群上，并以一种可靠的，具有容错能力的方式并行地处理上TB级别的海量数据集。这个定义里面有着这些关键词，一

僖僖cc·2023-12-21 22:34

大数据处理与分析-Spark

导论(基于Hadoop的MapReduce的优缺点）MapReduce是一个分布式运算程序的编程框架，是用户开发“基于Hadoop的数据分析应用”的核心框架MapReduce是一种用于处理大规模数据集的编程模型和计算框架。它将数据处理过程分为两个主要阶段：Map阶段和Reduce阶段。在Map阶段，数据被分割为多个小块，并由多个并行运行的Mapper进行处理。在Reduce阶段，Mapper的输出

僖僖cc·2023-12-21 22:03

【全程记录】一次数据分析和可视化的大作业（python）

一、概述本帖记录了一次从头到尾的作业过程（从导入数据集，经过数据处理与分析，到可视化数据，再到最终总结。

焚发图强·2023-12-18 00:30

【某景点舆情分析：Python、Echarts、Flask、文本处理技术的应用】

某景点舆情分析：Python、Echarts、Flask、文本处理技术的应用前言技术栈数据获取与准备景点数据统计分析评论数据处理与分析词频统计分词与文本处理情感分析数据可视化Web应用搭建结语前言随着旅游行业的蓬勃发展

爱欲无极·2023-12-16 21:15

【无标题】

中服云物联网开发平台4.0版主要包含8大能力：数据采集与控制、基础物联组件集、快速开发工具集、数据集管理、数据处理与分析、平台配置管理、手机端小程序、二次开发接口。

CServer_01·2023-12-16 14:54

Python 数据处理与分析之 Pandas 库

介绍Pandas（PythonDataAnalysisLibrary）是一个流行的Python第三方库，是数据处理和数据分析中不可或缺的工具之一，用于数据处理和数据分析。它提供了高效的数据分析方法和灵活且高效的数据结构。相比于其他的数据处理库，pandas更适用于处理具有关系型数据或者带标签数据的情况，在时间序列分析方面也有着不错的表现。如果需要进行数据操作、清理、转换和分析，Pandas通常是一

墨鸦_Cormorant·2023-12-14 17:48

Python码上行动系列丛书（由北京大学出版社出版）

让你在数据处理与分析方面更胜一筹！真正的零基础入门！无需任何编程经验，轻松上手Python编程！✨Python码上行动系列丛书：码上行动：用ChatGPT学会Python编程当当购买链

hacker707·2023-12-14 13:06

python合并相同索引列表_python的5种索引合并数据集方法及其差别

如SQL、R语言、Java等语言，python在数据处理与分析中拥有多种合并数据集的方法，比如我们之前介绍过的数据库风格的合并方法。

weixin_39784460·2023-12-06 12:59

深度探索大数据分析：挖掘价值与洞察力

目录写在开头1.导论1.1大数据的定义与特征1.2大数据对业务和决策的影响1.3大数据分析的基本原则2.大数据技术与工具2.1分布式计算框架2.2数据存储与管理2.3大数据处理与分析工具3.数据采集与清洗

theskylife·2023-12-05 17:39

python对比两个excel表【超简单】

注：由于我们不是专门做数据处理与分析的，因此懂的也少，所以编写的python程序是简单易懂的，如果存在bug或者可以有更好的方法，欢迎大佬指出!!!

snow5618·2023-12-01 13:28

【云端风云：云计算全局解密】一篇文章读懂云计算技术及其未来发展趋势（一万八千字）

虚拟化技术2.弹性计算3.存储服务4.网络服务5.安全性与合规性6.新兴技术与趋势【2】PaaS（平台即服务）1.开发框架2.数据库服务3.自动扩展4.微服务架构5.新兴技术6.弹性计算7.管理与监控8.数据处理与分析

奥耶可乐冰·2023-12-01 13:30

大数据开源框架环境搭建(七)——Spark完全分布式集群的安装部署

前言：七八九用于Spark的编程实验大数据开源框架之基于Spark的气象数据处理与分析_木子一个Lee的博客-CSDN博客_spark舆情分析目录实验环境：实验步骤：一、解压二、配置环境变量：三、修改配置文件

木子一个Lee·2023-11-30 02:31

供配电系统智能化监控

数据处理与分析：对采集的数据进行处理和分析，包括数据的存储、压缩、挖掘等，以发现供配电系统的运行规律和潜在

电易云力安科技·2023-11-27 16:24

我的Go+语言初体验——用Go+写个爬虫并进行数据处理

“我的Go+语言初体验”|征文活动进行中…文章目录写在前面项目初始化1.找到blink2.分析页面3.编写代码3.1发送请求3.2解析数据3.3数据处理与分析3.4输出所有的评论总结写在前面是这样的！

小生凡一·2023-11-22 08:40

MATLAB中的大数据处理与分析技巧

随着信息技术的迅猛发展，大数据已经成为当今社会中不可忽视的重要资源。在科学研究、企业运营和社会决策等领域，越来越多的数据被积累和应用。然而，生成和处理大规模数据集所需的计算资源和技能依然是一个挑战。MATLAB作为一种强大的科学计算软件，提供了各种高效的大数据处理和分析技巧，使得数据科学家和研究者能够更好地探索和应用大数据资源。一、数据预处理技巧在进行大数据分析之前，对数据进行预处理是必不可少的。

vipfanxu·2023-11-19 07:24

软考系统架构设计师系列知识点之边缘计算（3）

接前一篇文章：软考系统架构设计师系列知识点之边缘计算（2）所属章节：第11章.未来信息综合技术第4节.边缘计算概述4.边云协同边缘计算与云计算各有所长，云计算擅长全局性、非实时、长周期的大数据处理与分析

蓝天居士·2023-11-13 10:20

Pandas数据分析22——pandas时间序列

参考书目：《深入浅出Pandas：利用Python进行数据处理与分析》pandas的索引可以用时间来替代，然后基于时间序列数据会有很多用法，了解一下。

阡之尘埃·2023-11-11 00:44

调用API接口获取淘宝商品数据：实践指南与代码解析

我们将从API的基本概念开始，然后逐步深入到具体的实践环节，通过实例代码演示如何获取淘宝商品数据，并进行简单的数据处理与分析。

爱吃猫的菜菜·2023-11-09 14:48

大数据技术与原理概述

数据量大数据类型多处理速度快价值密度低大数据的特征：全面而非抽样效率而非精确相关而非因果在科学研究上的四种范式：实验科学、理论科学、计算科学、数据密集型科学大数据技术主要包括数据采集与预处理、数据存储和管理、数据处理与分析

DemonHunter211·2023-11-04 01:56

浙江省气象数据处理与分析报告

浙江省气象数据处理与分析报告一、题目要求：（1）从[中央气象台官方网站(http://www.nmc.cn/)；浙江气象台(http://zj.weather.com.cn/)]爬取所采用的数据（2）对最近

二氧化硅.·2023-10-31 14:40

SpreadJS：一款类Excel开发工具，功能涵盖Excel的 95% 以上

基于Excel对数据处理与分析的卓越表现，把Excel的功能，嵌入到Web应用中，将会对应用系统带来质的飞跃。但是，这样一款沉淀数十年，经过无数次更新迭代的软件通过代码来实现，其难度不言而喻。

不如温暖过生活·2023-10-28 20:10

浅谈安科瑞EMS能源管控平台建设的意义-安科瑞蒋静

本文介绍的安科瑞EMS能源管控平台，采用自动化、信息化技术，实现从能源数据采集、过程监控、能源介质消耗分析、能耗管理等全过程的自动化、合理化、科学化管理，使能源管理、能源生产以及使用的全过程结合起来，运用先进的数据处理与分析技术

安科瑞蒋静·2023-10-28 14:25

期末考试题库5

PAI平台MaxCompute在大数据处理与分析中的功能因MaxCompute强大的功能特性，数以万计的企业正基于MaxCompute进行数据计算与分析。

m0_74487105·2023-10-25 12:33

2018 年“泰迪杯“数据分析职业技能大赛 B 题

让我们一起来看一下2018年"泰迪杯"数据分析职业技能大赛B题吧~任务1数据处理与分析任务1.1根据附件1中的数据，提取每台售货机对应的销售数据，保存在CSV文件中，文件名分别为“task1-1A.csv

茶冻茶茶·2023-10-19 16:43

流批一体架构：从“物理”到“逻辑”代码的数据研发

蚂蚁集团对于流式图计算在实时数据处理与分析领域有较成熟的体系。今天主要介绍蚂蚁集团实时数据体系和关键技术、基于流式图计算的实时流量

禅与计算机程序设计艺术·2023-10-08 10:58

Python 简易表格数据处理CSV+XLS+XLSX

概述在实际应用中我们进行数据处理与分析时，往往涉及大量的表格。一般来说，使用Python的专业数据分析处理工具包，完全可以胜任我们的大多数需求，比如Numpy+Pandas。

梦星辰.·2023-10-08 02:09

Python求解方程

非线性方程组NumPy和SciPy是Python科学计算和数据分析非常重要的基础库，它们各有侧重NumPy提供数组和基础运算，侧重数学计算；SciPy在NumPy基础上提供更高级的科学与工程计算算法，侧重数据处理与分析

对许·2023-10-04 12:33

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