BS-seq

BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向

ViewBS是一个很便捷的BS-seq数据可视化软件,在根据bw文件和指定的bed文件可视化时候，以前年少无知，老是bed文件只放三列，即image.png然后我在使用ViewBS进行可视化时候，命令如下
热衷组培的二货潜·2023-12-15 02:37

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!
大桃子技术·2023-12-06 21:11

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

主要应用于BS-seq（亚硫酸氢盐测序）中计算不同组别间差异甲基化位点（DML）和差异甲基化区域（DMR）即CallDMLorDMR。
黄晶_id·2023-11-28 16:39

谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑（二）

就ViewBS甲基化数据分析差别见BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向就deeptools对ChIP-seq数据的可视化分析差别strand列放错了的图放对了的图这一放错就把H3K27me3
热衷组培的二货潜·2023-11-22 17:03

DNA甲基化数据分析(二)

它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。
杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

突然的顿悟吧

之前自己太过于依赖别人分享的知识了，从没有想过踏踏实实从源头开始，比如分析BS-seq数据，第一应该是先去查找权威的文献，别人分析时候是使
热衷组培的二货潜·2023-08-30 00:55

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

然后有小伙伴发现，明明之前用于常规BS-seq的流程用着都挺顺，到scBS-seq（singlecellBSseq）数据的时候就不行了。数据质量不错，就是比对率奇低。到底问题出在哪里呢？
E_GENE·2023-08-10 01:38

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。
白墨石·2023-08-02 01:13

DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对

前言因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。
面面的徐爷·2023-04-21 12:59

DNA甲基化测序之TAPS

日常掰虾  前面分别学习了DNA甲基化的基础知识和甲基化BS-seq的分析方法，不知道的同学可以戳这里，DNA甲基化知识概述、DNA甲基化Bismark&BAMAP流程跑起来。  
生信店小二·2023-04-07 12:38

基因组序列比对算法介绍（一）

reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括variationcalling，ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq
基因组分析·2023-04-04 22:13

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

一文读懂DNA甲基化及BS-seq

一、什么是DNA甲基化DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联系，包括基因组印迹，X染色体失活，转座因子招募，衰老和致癌作用。胞嘧啶甲基化是在真核生物和原核生物普遍存在的，而且甲基化的速率在物种之间有很大的差异。最常见的是在胞嘧啶的5号碳位置，
白墨石·2020-09-16 16:04

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1

大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容
XuningFan·2020-07-13 10:42

使用DSS进行BS-seq差异甲基化分析

总览为了检测差异甲基化，在每个CpG位点进行统计测试，然后根据指定的阈值进行差异甲基化位点（DML）或差异甲基化区域（DMR）分析。严格的统计测试应考虑重复样本之间的生物学差异和测序深度，而大多数现有的差异甲基化检测手段都是基于hoc方法。例如，使用Fisher精确值会忽略生物学变异，使用t检验来估计甲基化水平则会忽略测序深度。在一些情况下，有些不期望发生的过滤却会发生：当一个过滤阈值被随意的设置
CancerTiN·2020-02-25 17:37

biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对

高通量短读比对工具在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念,DNA-Seq,ChIP-Seq,RNA-Seq,BS-Seq覆盖了研究领域的方方面面。
徐洲更hoptop·2020-02-17 12:40

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

主要应用于BS-seq（亚硫酸氢盐测序）中计算不同组别间差异甲基化位点（DML）和差异甲基化区域（DMR）即CallDMLorDMR。
黄晶_id·2019-05-30 15:56

BS-seq及bismark原理

手写版哈哈ref1:一个非常好的bsseq讲义:点击在线看bsseq讲义ref2:Whole-GenomeBisulfiteSequencing--illuminaref3:WGBS比对工具比较——bismark和bsmap-表观组-生信技能树ref4:Whole-GenomeBisulfiteSequencingDataStandardsandProcessingPipelineref5:含有视
苏牧传媒·2018-08-23 15:02
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