Blas

Python【day 13】内置函数01

1、python3.6.2一共有68个内置函数2、分成6个大类1、反射相关-4个2、面向对象相关-9个3、作用域相关--2个1、globlas（）#注意：最后是s，复数形式查看全局作用域中的全局变量的名字
cn5036518·2019-10-20 07:00

Beacon Designer：为所有主要qPCR测定设计具体且有效的寡糖

通过自动解释BLAST结果和避免模板结构，设计成功的SYBRGreen,TaqMan,HRMAPrimers,MethyLightTaqMan,LNAspikedTaqMan的分子信标、Scorpions
哲想软件·2019-09-29 00:00

用viroblast搭建本地blast网站

写在前面由于我们实验室的主要研究对象是荔枝，而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息，所以使用起来不是那么方便。
老饕_Ljw·2019-09-27 21:46

【文献解读】PNAS|Specific recognition of two MAX effectors by integrated HMA domains in plant immune re...

背景：blastfungusM.oryzae：稻瘟AVR1-CO39andAVR-PikD：Thestructurallyconservedbutsequence-unrelatedMAX(MagnaportheoryzaeavirulenceandToxB-like
ss的专属赫兹·2019-09-27 14:00

NOTFOUND CUDA_cublas_device_LIBRARY

在使用CUDA10时，编译时出现了两个错误一、找不到CUDA_cublas_device_LIBRARY/CUDA_cublas_LIBRACMakeError:Thefollowingvariablesareusedinthisproject
原我归来是少年·2019-09-26 18:25

PHP版Mysql爆破小脚本

用法：保存代码为MysqlDatabaseBlasting.php，浏览器打开就可使用。）/**author：Bearcat2016-10-5*/Mysql账号密码爆破工具MysqlDatab
·2019-09-25 06:30

oracle报错（ORA-00600）问题处理

告警日志里这两天一直显示这个错误：ORA-00600:internalerrorcode,arguments:[kcblasm_1],[103],[],[],[],[],[],[]TueAug1209:
·2019-09-25 01:56

肿瘤3大研究方向之 纯粹肿瘤异质性探索

研究所和麻省总医院(MGH)于2014年6月12日发表在Science上：Single-cellRNA-seqhighlightsintratumoralheterogeneityinprimaryglioblastoma
刘小泽·2019-09-24 17:31

Python版Mssql爆破小脚本

MssqlPython版本爆破小脚本，需要安装MSSQL-python.exe可以看出代码量很少，用法：保存代码为MssqlDatabaseBlasting.py，cmd切换到MssqlDatabaseBlasting.py
·2019-09-24 04:29

Python版Mysql爆破小脚本

用法：保存代码为MysqlDatabaseBlasting.py，cmd切换到MysqlDatabaseBlasting.py路径下，并执行MysqlDatabaseBlasting.py即可开始破解）
·2019-09-24 04:29

使用python实现BLAST

最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gapopen和gapextend。'''''
·2019-09-23 02:10

[未解决]TensorRT推理过程CUBLAS_STATUS_EXECUTION_FAILED

m_Context->enqueue函数时，出现了下面所示的bug：ERROR:c:\p4sw\sw\gpgpu\MachineLearning\DIT\release\5.1\engine\cuda\cublasHelpers.cpp
cdknight_happy·2019-09-18 17:39

在win7上安装MXNet的cpu版

我直接是命令安装：pipinstallmxnet但是总是出现弹出没有安装libopenblas.dll的窗口为此第一步，使用piplist查看是否已经安装了MXNet，如果在
Clara_xue·2019-09-18 15:07

BLAS快速入门

一.简介BLAS【BasicLinearAlgebraSubprograms，基础线性代数程序集】是一个应用程序接口【API】标准，用于规范发布基础基础线性代数操作的数值库【常用于向量或矩阵计算】。
云山之巅·2019-09-18 11:00

爆料大神：三星在讨论合并Galaxy S和Note系列

Samsungisapparently‘debating’mergingtheGalaxySandGalaxyNotelines网易科技讯，9月17日消息，据国外媒体报道，据Twitter爆料大神埃文·布拉斯(EvanBlass
itwriter·2019-09-17 12:00

ORACLE 管道表的使用

--新建类型CREATEORREPLACETYPEAA.SPLIT_TBLastableofvarchar2(32767)--新建管道表的函数返回CREATEORREPLACEFUNCTIONAA.SPLIT
data eudemon·2019-09-05 00:00

SLAM学习——Ceres

一、安装配置依赖#CMakesudoapt-getinstallcmake#google-glog+gflagssudoapt-getinstalllibgoogle-glog-dev#BLAS&LAPACKsudoapt-getinstalllibatlas-base-dev
white_Learner·2019-09-03 09:17

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

相见恨晚，还好遇到了它今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。
徐洲更hoptop·2019-08-28 21:48

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

相见恨晚，还好遇到了它今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。
徐洲更hoptop·2019-08-28 21:48

本地blast试运行

Linux由于服务器上已经安装有Blast+，所以就没有安装的步骤啦！
miao_hzaupo·2019-08-28 17:24

caffe+水印识别部署

tgz包，拷贝到系统配置路径，并授权cmake安装3.12.3版本，适应软件编译版本要求java+ant配置jvm环境，便于部署及后续opencv执行jar的生成opencv2.4.11gpu版本openblascaffe
来兮子宁·2019-08-22 18:00

python通过cx_Oracle模块监控oracle业务

python版本符合；此处我的oracle版本是11g，python是2.7，因此我的cx_Oracle版本是cx_Oracle-5.2.1-11g-py27-1.x86_64.rpm，否则会报libcublas.so
三支烟·2019-08-20 20:02

estimate数据挖掘

看到文章Aging(AlbanyNY).2018标题是：MiningTCGAdatabaseforgenesofprognosticvalueinglioblastomamicroenvironment
生信技能树·2019-08-05 00:05

ImportError:libcublas.so.9.0:cannot open shared object file: No such file or directory

1)在服务器上安装完tensorflow-gpu后,在导入tensorflow时报错:ImportError:libcublas.so.9.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory
爱傻笑的猪·2019-07-31 21:24

ubuntu18.04 RTX2080ti安装tensorflow出错 ImportError: libcublas.so.9.0: cannot open shared object file: N

1，添加环境变量vim~/.bashrcexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-10.0/lib64:usr/local/libsource~/.bashrc2，安装TensorFlow1.14.0python36版本(tacotron)rose@ubuntu:~$pythonPython3.6.8|Anaconda,Inc.|(default,Dec30201
风泽茹岚·2019-07-31 16:49

初识恶意代码之------网络蠕虫

几个著名的蠕虫：蠕虫名称所利用的具体漏洞爆发时间SlammerMS02-0392003.1.25BlasterMS03-0262003.7.11SasserMS04-0112004.1.01ZotobMS05
纵马且长歌·2019-07-29 11:55

TensorRT学习笔记5 - 运行fc_plugin_caffe_mnist

目录安装依赖运行过程代码解析遇到的问题安装依赖cuda（安过）cudnn（安过）cuBLAS（在cudatoolkit里）pybind11（放到/home/user/下）：gitclone-bv2.2.3https
NeverMoreH·2019-07-24 20:42

NVIDIA BERT推理解决方案Faster Transformer开源了

原文链接：http://blog.51cto.com/14455388/2421312FasterTransformer是一个基于CUDA和cuBLAS的TransformerEncoder前向计算实现
bpd14013·2019-07-18 11:05

NVIDIA BERT推理解决方案Faster Transformer开源了

FasterTransformer是一个基于CUDA和cuBLAS的TransformerEncoder前向计算实现，其优越的性能将助力于多种BERT的应用场景。
wx5d2fdf4873763·2019-07-18 11:05

pip uninstall numpy的时候出现的问题

:'f:\\anaconda3\\envs\\tensorflow\\lib\\site-packages\\numpy\\.libs\\libopenblas.IPBC74C7KURV7CB2PKT5Z5FNR3SIBV4J.gfortran-wi
kele_imon·2019-07-16 18:58

「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。在分析之前，你需要从PhytozomeV11下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容Alyrata_384_v
xuzhougeng·2019-07-14 18:52

paddlepaddle-gpu的安装 cuda9.0 cudnn7.3.1

1.安装anaconda2.安装cuda9.0cudnn7.3.13.安装paddlepaddle-gpu，遇到的问题：1.Failedtofinddynamiclibrary:libcublas.so
love_data_scientist·2019-07-12 12:00

Tensorflow: InternalError: Blas GEMM launch failed

用GPU跑程序时出现错误：InternalError:BlasGEMMlaunchfailed原因&解决方法：有其他进程在用GPU。
正在学习的Yuki·2019-07-11 12:25

fortran调用MKL函数库中的gemm的fortran95接口计算矩阵相乘

关于MKL函数库的使用参见下面视频http://v.fcode.cn/video-use_library.html下面给出示例代码programTestMKLgemmuseblas95implicitnoneinteger
chder_白南·2019-07-02 13:34

【文献解读】Molecular Cell | PigmR与RRM转录因子PIBP1调控水稻广谱抗稻瘟病新机制

2019年4月8日，何祖华团队在MolecularCell期刊上发表题为RRMTranscriptionFactorsInteractwithNLRsandRegulateBroad-SpectrumBlastResistanceinRice
ss的专属赫兹·2019-06-28 21:44

InternalError (see above for traceback): Blas GEMM launch failed已解决

运行程序出现InternalError(seeabovefortraceback):BlasGEMMlaunchfailed:a.shape=(1,25088),b.shape=(25088,4096)
Cbanyungong·2019-06-10 16:58

from scipy.linalg import _fblas ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

错误如下：从https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy下载numpy‑1.16.4+mkl‑cp38‑cp38m‑win_amd64.whl然后pipinstallYourFileStorePath/numpy‑1.16.4+mkl‑cp38‑cp38m‑win_amd64.whl搞定！本文转自https://stackoverflow.co
G.Charles·2019-06-03 15:16

Linux系统下安装C软件

此次安装的有：sratoolkit,hisat,和NCBIblast习惯将安装包放在~/src下，将解压缩的内容放在~/op/biosoft因此，新建biosoft文件夹mkdir-p~/opt/biosoftmkdir-p
PriscillaBai·2019-06-02 09:23

生物信息学

一、生物信息学研究方向：1.序列比对：BLAST算法、FASTA算法。2.蛋白质比对。
晓佥·2019-05-30 10:48

pycharm中导入tensorflow,出现ImportError: libcublas.so.9.0: cannot open shared object file: No such file

pycharm中的导入tensorflow时出现cuda路径库问题，首先cuda9.0,cudnn7.0都已经正确安装，并可以正常运行。在终端运行程序时没有问题。但就是在pycharm中出现问题。如下图解决方法如下：亲测有效step1：打开Run-->EditConfigurations,按下图输入环境变量的路径，实际的路径根据自己的环境做相应的替换step2：File--->Setting,如下
北斗星辰001·2019-05-28 18:49

深度学习Ubuntu18.04+RTX 2080Ti+cuda10.0+cudnn7.3.0.29+tensorflow-gpu=1.12.0

CUBLAS_STATUS_EXECUTION_FAILED？Etensorflow/stream_executor/cuda/http://cuda_blas.cc:674]failedtoru
刘子晞·2019-05-28 17:16

python安装numpy和pandas的方法步骤

linux首先安装依赖包yum-yinstallblasblas-devellapack-devellapackyum-yinstallseabornscipyyum-yinstallf
lxmhhy·2019-05-27 10:41

本地Blast配置

https://qinqianshan.com/ngs/mapping/localized-blast/http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/https
赵会成·2019-05-19 10:53

WGD (Whole Genome duplication)

wgd-simplecommandlinetoolsfortheanalysisofancientwholegenomeduplications运行环境Python3.5&Python3.6onLinuxUbuntu依赖软件Forwgdblast
生信小白2018·2019-05-17 17:44

PyTorch : RuntimeError: cuDNN error: CUDNN_STATUS_EXECUTION_FAILED

TensorFlowImportError:libcublas.so.9.0:cannotopensharedobjectfile:PyTorch:RuntimeError:cuDNNerror:CUDNN_STATUS_EXECUTION_FAILED
东方小烈·2019-05-15 23:41

shell

#本地blast命令formatdb-t"name"-isequence.fasta-pF-oTblastall-iquery.fasta-ddatabaseprefix-oblast.out-pblastn-e1e
小熊熊爱睡觉·2019-05-15 20:01

利用Diamond-OrfPredictor获取可靠的转录本编码蛋白

总体思路是先通过Diamond将所有的转录本用blastp进行比对到UniprotKB蛋白序列非冗余库中。将比对的结果获取了用于指导后期的ORF寻找中。
Yeyuntian·2019-05-15 11:50

纽约市长：特朗普大厦排放超标，可能要被罚款了！

据彭博新闻社报道，纽约市市长白思豪(BilldeBlasio)5月13日在特朗普大厦的大厅举行了一场混乱的新闻发布会。
商业周刊中文版·2019-05-15 00:00

平板边界层的解

布拉休斯（Blasius）解问题的转化对于二维定常层流（平板或曲面）边界层问题，边界层方程可写作：根据式（1）中的第2式，即连续方程，引入流函数将式（2）代入（1）中的第一个方程，得到问题转化成求解一个函数
logtea·2019-05-13 23:51

2019-05-08 RNA-seq小考核(上)

找到文章并下载测序数据文章：2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencing
Bio小盼·2019-05-10 19:54
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