Hisat2

hisat2+featurecounts+DESeq2

##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对##hisat2-p16-x..
njmujjc·2019-05-31 10:49

有参转录组学习四：序列比对

Author：ligcDate：19/5/15下载index进入hisat官网http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/faq.shtml，找到对应物种的基因组indexmm10
颤抖吧__小虫子·2019-05-15 17:14

error with fastqc and hisat2 in analysis

接着，直接比对看，hisat2读不出来，与fastqc一样的报
溪溪溪溪溪川·2019-03-16 18:00

hisat2的index差别

1.下载三个index：2.重命名为：hisat2_grcm38_genome_index/genome[1-sam]hisat2_grcm38_genome_snp_tran_index/genome_snp_tran[1-sam]hisat2_mm10_genome_index/genome[1-sam]3.hisat2比对命令：hisat2-p10-x../hisat2_grcm38_gen
苏牧传媒·2018-11-19 16:28

APAtrap的使用

/apatrap/说明书：https://sourceforge.net/p/apatrap/wiki/User%20Manual/1.fatsq的QC2.fastq做trim3.比对：需要用转录本：hisat2
苏牧传媒·2018-11-18 14:40

转录组学习五（reads比对）

参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）任务各种比对软件的简单探究比对软件hisat2
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:16

转录组入门（5）： 序列比对

欢迎来GitHub上fork，一起进步：https://github.com/xuzhougeng比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。
徐洲更hoptop·2017-07-19 12:03

RNA_seq表达分析

输入文件input_v1.0.txt（三列，分别是*.1.fastq.gz,*2.fastq.gz,*.sam）hisat2运行参数与流程（hisat2_IWGSCv1.0.py）#!
msw521sg·2017-03-17 11:50

HISAT2安装及使用

IntroductionWhatisHISAT2?HISAT2isafastandsensitivealignmentprogramformappingnext-generationsequencingreads(whole-genome,transcriptome,andexomesequencingdata)againstthegeneralhumanpopulation(aswellasag
msw521sg·2016-09-13 16:01
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