HISAT2是一个快速和敏感的比对软件，用于将二代测序数据（DNA和RNA）比对到基因组数据。

欢迎批评指正一、上游处理流程上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将会呈现出来，接下来的质量控制就是为了解决原始数据的质量问题。比对是将reads比对到染色体或者基因，并生成sam或者bam文件记录比对情况以及质量。定量既是统计比对到同一位置的reads，当然并不是比对上就计数，还有一些其他的筛选

TopHat2已经就不再维护，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。HISAT利用大量FM索引，以覆盖整个基因组。

比对软件：hisat2比对率至少70%饱和性曲线：20Mreads数据量即可检测到80%数据量碱基数目：（150+150）X20M（reads数）表达定量：subread--featurcounts第一步比对输入

参考教程：GriffithLabtutorialrawdata/PFdata/Q30data/cleandata的不同数据：线虫转录组测序PFdata（双端测序）;流程：cutadapt去接头;hisat2

RNA-seq的数据分析是比较简单基础的分析，大概流程就是处理下机的fastq数据（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然后统计每个基因上出现的counts数（featureCounts

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉

一、基因组下载及索引构建1.1下载基因组我下载的是支原体基因组，http://bacteria.ensembl.org/index.htmlMycoplasmahyorhinisMycoplasmaarginini1.2软件安装wgethttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#亲测可用bashMini

使用工具fastp(质控),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是序列比对工具如bwa，bowtie2，hisat2，tophat2等等产生的）的工具合集，包含有许多命令，以下是常用命令的介绍。

1.2寻找新剪切位点但是如果需要找新的isoform，或RNA的可变剪切，看外显子使用差异的话，需要TopHat,HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。

SAM和BAM格式的比对文件主要由bwa、bowtie2、tophat和hisat2等序列比对工具产生，用于记录测序reads在参考基因组上的映射信息。

以小编自己最近在做的HBVmapping为例，前期的环境部署及软件安装找时间再细说，直接进入主题，如下：前期准备：Linux以及Windows操作系统，HISAT2、Samtools以及IGV等软件的安装

声明：仅用于记录和交流，非用于指导RNA-seq数据拿到手已经是hisat2比对好的bam格式文件：test-treat.bam与test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序

通常而言，我们会以STAR/HISAT2起手，将100到1

先下载人类基因组indexcdreferecemkdirindexcdindexwget-cftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gztar-zxvfhg19

原文链接：hisat2:比对基因组工具简介_生信修炼手册_传送门由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列只是基因组上的部分序列。

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序

为什么samtoolsflagstat与hisat2的mappingrate不同？1.samtools和picard的排序问题samtools和picard都有对SAM/B

欢迎来GitHub上fork，一起进步：https://github.com/xuzhougeng比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。

第一种，直接去HISAT2这个网站下载就好了。生信小白就是这么干的。这次采用的是mm10j基因组，所以下载了这个，但是，wget方式太慢，又没有迅雷会员

本文转载自：https://www.cnblogs.com/freescience/p/7342895.html转录组入门(5)：序列比对任务列表比对软件hisat2的用法下载index文件比对、排序、

bwa#建索引bwaindex-abwtsw~/hg38.fa#100bp长的双端测序reads的比对用bwa的mem算法bwamem-t5-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina"/public/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/bwa_index/gatk_hg387E5241.L1_1.fast

1.比对软件作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍：最近的NatureCommunication发表了一篇题为的Gainingcomprehensivebiologicalinsightintothetranscriptomebyperformingabroad-spectrumRNA-seqanalysis

学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对（SAMtools、HISAT2

RNA-seq一般流程本科生搞定RNA-seq上游数据分析所需要的软件-数据下载：sra-tools-质控:fastqc,multiqc;trimmomatic,trim-galore,cutadapt-比对:hisat2

bowtie2和HISAT2都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam文件最后一列的标签进行筛选。

一、比对原理原文：HISAT:afastsplicedalignerwithlowmemoryrequirements.摘要1、Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具2、它使用了基于BWT和Ferragina-manzini(Fm)index两种算法的索引框架3、使用了两类索引去比对，一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对，另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展背景1、自20

wes这样的小环境下安装，不会污染大环境blast,blat质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore或者很多其它软件trimmomatic,cutadapt比对的软件：star,hisat2

数据过滤：去掉接头和低质量的碱基，软件时trim_galore和trimmomatic比对：基于基因组比对（star、hisat2），

www.jianshu.com/p/681e02e7f9afhttp://www.jianshu.com/p/93f96e7538da任务：比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2

软件：hisat2和STAR在比对上都有比较好的表现。有文献显示，hisat2在纳伪较少但是弃真较多，但是速度比较快。STAR就比对而言综合质量比较好，在

基因组比对软件常用bwa，转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等，其中有参考基因组的常用hisat2，没有参考基因组的常用bowtie2。

数据的文章，文章名字是：Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown，主要讲了用Hisat2

第一步：重构转录本--stringtieSTEP4:得到表达矩阵的流程用比对软件hisat2将reads比对到参

下载hisat2的index文件以后，想用批量解压，于是写了下面的命令$ls*gz|xargs-I{}tar-zxvf{}{ps.一开始xargs的命令都写得不对，嗯，这已经是改良后的正确版本}结果给我报错

如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如salmon,sailfish)，如果你需要找到novalisoforms，那么就需要alignment-based工具（如HISAT2

作业要求比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。

HISAT2建立索引：hisat2-build-p4rRNA.farRNA.fa.tran然而没多久就看到这样的警告：ReadingreferencesizesWarning:EncounteredreferencesequencewithonlygapsWarning

我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc,用bedtools我的fastq文件将存放在/home/lchen/hisat2

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比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml），并且搞懂它的用法。

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比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。

建立HISAT2索引hisat2-build-p4hg19.fagenome命令运行完成后，会在hg19文件夹下生成如下文件：genome.1.ht2genome.2.ht2genome.3.ht2genome

序列比对使用的软件是HISAT2软件，和bowtie2是一样的。

hisat2/bowtie比对过程出现readhasmorequalityvaluesthanreadcharacters在使用hisat2或者bowtie比对过程中出现了上述的错误.

hisat2-build建立索引的时候出现Error:EncounteredinternalHISAT2exception(#1)在使用hisat2建立转录本的索引文件的时候报错extract_exons.pyhg19