HISAT2

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim·2024-02-03 15:13

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

基因学苑Q群：32798724编者按现在的软件更新实在太快了，光是转录组用来比对的软件就有很多，bowtie，tophat，star，现在又有hisat以及hisat2，这款软件居然不叫tophat3。
基因学苑·2024-01-17 21:53

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa
学术程稻属·2024-01-15 20:34

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2
javen_spring·2024-01-08 15:16

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

那令人困惑的比对工具选择啊~

那时候使用的比对工具是HISAT2。
鹿无为·2023-12-27 03:57

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

1.软件准备转录组拼接所需软件及功能如下：hisat2建立参考基因组索引，reads比对。samtools进行sam文件向bam文件的格式转化，排序。stringtie组装转录本gffrea
学术程稻属·2023-12-18 03:56

构建参考基因组索引

香榧基因组index构建激活conda环境condaactivaterna构建hisat2索引后台运行nohuphisat2-buildgenome.fagenome>myout.file2>
陈伟杰_9441·2023-12-05 21:43

2020转录组RNA-SEQ上游分析

multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2
super_qun·2023-11-29 18:20

C语言基因序列比对,转录组入门（5）： 序列比对

比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
Valkla·2023-11-29 18:49

转录组学习第5弹-比对参考基因组

包括基因组比对和转录组比对目前比对的工具有很多，这里用的是hisat2。1.HISAT2官网下载indexhisat2和其他比对软件一样，需要先建立索引，建立索引
长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之序列比对（hisat2）[学习笔记通俗易懂版]data:2023.7.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考。
CYH-BI·2023-11-14 00:39

linux学习100篇117:hisat2二进制安装

root14:49:03~$condaactivatetest(test)root14:49:14~$cdbio-bash:cd:bio:Nosuchfileordirectory(test)root14:49:18~$cdbiosoft/(test)root14:49:23~/biosoft$lsbget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gzhisat2-2.2.1-Linux_x
Seurat_·2023-11-06 16:43

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

生信分析学习笔记 - RNAseq （五） HISAT2回帖及评估

某RNAseq分析流程HISAT2简介HISAT2是将下一代测序读段结果基于图比对到一组基因组（graph-base
班朱朱UP·2023-09-06 06:47

Lunix Day 4

安装软件1.添加频道（北外或者清华皆可，方法1方法2任选其一即可）2.创建名为rnaseq的小环境3.激活rnaseq这个小环境4.在rnaseq小环境中先安装fastqc，再一条命令安装fastp和hisat2
Tina_e4a6·2023-09-05 02:04

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount
生信森林·2023-08-22 19:05

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件
小小白的jotter·2023-08-02 18:42

一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

----Du•转录组使用hisat2比对后，我们会
小杜的生信筆記·2023-07-31 21:59

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

项目场景：sam文件是通过hisat2，bowtie2或者bwa将rawdata进行比对后得到的包含比对信息的数据格式。
穆易青·2023-07-26 19:42

【生信】R语言在RNA-seq中的应用

R语言在RNA-seq中的应用文章目录R语言在RNA-seq中的应用生成工作流环境读取和处理数据由targets文件提供实验定义对实验数据进行质量过滤和修剪生成FASTQ质量报告比对建立HISAT2索引并比对读长量化读段计数样本间的相关性分析差异表达分析运行
Dream of Grass·2023-06-08 22:23

StringTie 插件 | 直接在 Windows 下进行转录组组装与读段计数

写在前面前述，我已经写了两个TBtools插件，实现了在纯粹的WIndows环境下（非虚拟机，非WSL），使用Hisat2进行基因组索引构建以及转录本回帖。
生信石头·2023-04-19 14:46

2018-12-04 Hisat2 map 结果与 samtools flagstat 结果不一致

如果用Hista2将原始的reads比对到参考基因组上，会产生一个log，这个log会显示你比对的结果，我的结果如下：[will@200serverArb-hisat]$hisat2-t-xE_coli-1SRR1770413_1.fastq.gz-2SRR1770413_2.fastq.gz-SRNA.samTimeloadingforwardindex:00:00:00Timeloadingr
小郑的学习笔记·2023-04-19 05:39

转录组分析所需软件

Trimmomatic，Hisat2，SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了
清珺·2023-04-19 00:54

比对软件STAR的使用

在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。
生信start_site·2023-04-18 00:47

一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（三）Alignment 比对

前期文章一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（一）一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（二）QC3Alignment有很多软件都可以比对到参考基因组，hisat2
冻春卷·2023-04-13 14:41

rna-seq定量分析流程

从read比对结果中获取定量数据现在我手头已经有公司质控过后的rawdata，并且也已经通过hisat2和samtools拿到了bam文件，想进一步进行定量分析，首先需要对基因（转录本）的表达进行定量，
无人写诗的日落·2023-04-08 09:26

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理

另外，你需要安装Bowtie2或者HISAT2。对于0.14或者更高的版本，Bismark可以使用并行运行，同时进行比对和甲基化提取步骤。你可以搜索--parallel/--mu
生信start_site·2023-04-06 11:21

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2
东风008·2023-04-04 01:49

我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比对结果解读

转录组数据比对，选用了hisat2，比对之后发现结果不太懂，于是整理了这篇笔记与大家分享，欢迎交流。此处是一个转录组数据hisat2比对结果，bowtie结果也是这个格式。
NICE_AGIS·2023-03-30 19:49

RNA-seq实战分析流程

质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore二、比对①目的：•将打断测序的reads比回参考基因组•samtools将比对结果排序后得到sort的bam，用于后续分析②工具：•hisat2
ShanSly·2023-03-29 04:58

小麦RNA-seq利用hisat2构建index过程

根据崔女神文章https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1利用hisat2来构建小麦的转录组的索引文件，服务器内存64G，构建的命令如下：gunzipTriticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa.gz
张志勇_zzy·2023-03-26 21:43

转录组分析 | 使用STAR进行比对

常用的比对工具有Tophat2、Hisat2和STAR。不同的工具有各自的优
生信小王子·2023-03-17 19:45

samtools整合sam转bam/sort和index命令

使用bwa，hisat2等比对软件，常会得到sam文件，此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令vimsam2bam.sh#按一下i进入编辑模式，写入以下内容!
王梓维·2023-03-09 18:16

hisat2的使用

T-oshitouqi.gtf#gtf2gffgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3gffreadTifruner.merge.gtf-o->Tifruner.merged.gff3利用hisat2
陈光辉_花生所·2023-02-03 04:49

version `GLIBCXX_3.4.20' not found 解决方法

更新了hisat2的版本后，运行出现了2个错误，error1：/lib64/libstdc++.so.6:versionGLIBCXX_3.4.20notfounderror2:/lib64/libstdc
轻枫柳曳1208·2023-01-28 02:22

Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对，用salmon直接定量；比对后用featureCounts进行reads定量，用TPMCalculator进行TPM定量。
BeeBee生信·2023-01-27 07:03

2022-11-29 RNA-seq数据处理

之前用hisat2尝试处理RNA-seq数据，这里使用tophat21.使用前建立index使用bowtie2建立indexbowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genomegenome.fa
Zheng_xy·2022-11-29 16:56

Hisat2 比对到参考基因组

比对的流程：建立索引→比对到参考基因组→SAM转BAM文件→BAM建立索引1.准备参考基因组、建立索引##参考基因组准备:注意参考基因组版本信息#下载，Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html#http://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta/homo_sapiens/dna/#进入到参考基因组目录mkdir-p$
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount
·2022-10-07 22:31

Hisat2, Bowtie, Bowtie2和BWA构建基因组索引

1.软件安装condainstall-cbiocondahisat2condainstall-cbiocondabowtiecondainstall-cbiocondabowtie2condainstall-cbiocondabwa2构建基因组索引文件2.1Hisat2hisat2-build-p2genome.fagenomehisat2-build不支持基因组以压缩文件的形式输入，运行完成后，
佳名·2022-08-13 10:58

RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon

本节概览：hisat2+featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表达矩阵Salmon:salmonindex
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-08 02:22

hisat2比对转录组数据

目前hisat2是最流行的转录组比对软件，其比对速度快，且准确度较高。
大海龟啦啦啦·2022-06-07 14:29

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

.整体流程及相关软件数据资源下载，参考基因组及参考注释组数据质控及相关软件fastp(代替fastqc，multiqc，trimmomatic，cutadapt,trim_galore)比对及相关软件HISAT2
xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

RNA-seq转录组差异分析及可视化

通过conda安装fastqc(质控),hisat2(比对),multiqc(质控合并),samtools(sam文件转bam文件),subread(featureCounts集合在其中)。
不会生信·2022-03-02 17:23

RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析

一、安装软件1、HISAT2将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86
呆_6547·2022-02-22 03:14

Stringtie的使用

说明书参考链接：Stringtie说明书中文翻译版StringTie的基本用法：stringtie[options]*其中，aligned_reads.bam是输入文件，该输入文件要求必须按其基因组位置排序，HISAT2
一只烟酒僧·2022-02-19 09:50

生信软件（2018-05-28）

condainstall命令安装各类生物信息学软件数据预处理的软件：fastqc，multiqc质量过滤软件：trimmomatic无参转录组的比对软件：Trinity（提供转录组分析思路和流程）参考基因的比对软件，hisat2
简单点lili·2022-02-17 02:50

鸡（Gallus_gallus）转录组实战

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件
佳名·2022-02-16 16:22

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

参考这些主要根据这篇操作！！！我觉得学RNA-seq必看的文献！！这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学new_workflow/│└──annotation/1ls你放fastq数据的路径/sra/
没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22
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