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PubMed
爬虫案例之
Pubmed
数据库下载
代码#encoding=utf-8importos,time,reimporturllib.requestimporturllib.parseimportsslssl._create_default_https_context=ssl._create_unverified_contextretmax=500FAILURE=0SUCCESS=1startNum=1BASE='NARA'FILES=[
dian19881021
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2020-07-07 06:05
Citespace介绍及安装
可用于WebofScience,Scopus,
Pubmed
,CNKI等数据库的海量文献进行主题、关键词,作者单位、合作网络,期刊、发表时间,文献被引,等进行可视化分析。Citespace安
小陈统计
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2020-07-07 06:53
学术那些事儿
python爬虫
pubmed
论文标题
很少有人爬
pubmed
的,我来填个空,直接上干货。
姜小白不白
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2020-07-06 23:18
python爬虫
使用R进行
pubmed
爬虫
工具RISmed(library)中文社区居然没有他的介绍让我匪夷所思,于是乎我做一个简易的介绍吧.安装install.packages('RISmed')使用library(RISmed)首先我们要定义一个搜索的tag:search_tags='sleep'然后就可以十分暴力的调用函数了:EUtilsSummaryUsageEUtilsSummary(query,type="esearch",d
kevin-cao
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2020-07-06 19:52
在线
pubmed
ESearch(文本搜索)eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgihttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=lung所需的参数DB数据库中进行搜索。值必须是有效的Entrez数据库名称(默认为考研)。termEntrez的文字查询。所有特殊字符必须被URL
weixin_34211761
·
2020-07-06 19:19
pubmed
_cookie 自动获取
Python爬虫视频教程零基础小白到scrapy爬虫高手-轻松入门https://item.taobao.com/item.htm?spm=a1z38n.10677092.0.0.482434a6EmUbbW&id=564564604865#coding=utf-8importrequestsfrombs4importBeautifulSoupimporturllib.requestasurimp
weixin_33704591
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2020-07-06 19:30
追踪文献好助手!stork文献鸟使用介绍
但每天在
Pubmed
等网站逐一浏览相关文献,往往事半功倍。后来,师兄向我推荐了神器Stork:Stork文献鸟是由斯坦福大学成员开发的文献追踪的小工具,只需注册并设置好关键词,就会收到相应的文章。
Brain_er
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2020-07-06 17:07
PubMed
插件神器之PubMedy和Scholarscope(末尾附赠Google截屏神器)
生信读研第一件事绝对是读大量文献,那么如何在
PubMed
大量的文献中筛选出自己想要并且高质量的呢?当然第一反应肯定是检索式,但这得自己清楚的知道课题的关键词才能准确筛选。
JiangQ_1996
·
2020-07-06 15:09
pubmed
新生搜索神器Microsoft Academic Search与Google scholar、
PubMed
、wos、embase大PK!
新生搜索神器MicrosoftAcademicSearch与Googlescholar、
PubMed
、wos、embase大PK!
大白技术控
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2020-07-06 15:56
科研笔记
Wos/
Pubmed
/Scopus数据库一键去重+清洗数据 CiteSpace Vosviewer
不知大家是否遇到过这种情况,在做英文文献计量与知识图谱时发现检索出的文献一方面:很多文献竟然不相关;另一方面文献有重复;当然这可能是数据库自身的检索问题。数据不相关,那就需要筛选。如何筛选呢?在数据库里直接删选,非常不方便。数据有重复就要去重,怎么去重呢?尽管一些图谱软自带去重功能,但是我们无法白盒操作,不清楚文献是否相关,而导入诸如Endnote/NoteExpress等文献管理软件,导出来的文
学术点滴
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2020-07-06 15:44
科研小助手
PubMed
的插件PubMedy
而Firefox的安装就更简单了点击添加到Firefox点击添加(A)好了,打开
PubMed
看看是不是可以用了?搜索个circRNA看看点击第
zhangyuexiang123
·
2020-07-06 12:24
杂记
pubmed
影响因子直接显示和sci-hub免费下载文章-科研狗再用吐血推荐
方法一:在chrome的应用商店直接下载,安装就好:关键字搜索:影响因子结果如下:随便下载一个插件就可以满足了。方法二:就是这个了,不过现在搜不到了;不过之前下载的还可以用方法三:就是http://www.sohu.com/a/150855818_653813按照这个教程就可以了。蛮简单的:下载的话:用sci-hub.tw就好了免费下载按需要输入就可以免费下载了,不管是是不是学校内网。
我最有才
·
2020-07-06 00:26
NIH预算或被“狂砍”,生物医学研究的冬天还将继续
自成立以来,NIH在生物和医学领域做出了大量的成绩,比如由它资助的国立医学图书馆(NationalLibraryofMedicine)下属的
PubMed
/MEDLINE是世界上使用最频繁的科学与医学数据库
英论阁学术院
·
2020-07-02 13:07
Yoshua Bengio等图神经网络的新基准Benchmarking Graph Neural Networks(代码已开源)
我们一般会从节点分类数据集cora,citeseer,
pubmed
,图分类数据集PROTEINS,NCI1,NCI109等入手,这些数据集相对都比较小,数据集小不是什么问题,问题是当我们复现已提出的相关模型并进行训练和测试时
风度78
·
2020-07-01 23:08
GCN使用的数据集Cora、Citeseer、
Pubmed
、Tox21格式
文章目录Cora、Citeseer、
Pubmed
以Cora为例数据格式示例Tox21数据集本文分享一下图卷积网络GCN里用到的一些数据集的格式Cora、Citeseer、
Pubmed
数据集来源#图#节点
yyl424525
·
2020-06-30 11:43
深度学习
2019-EMNLP-Extractive Summarization of Long Documents by Combining Global and Local Context
在两个科学论文集
Pubmed
和arXiv上对模型进行评估。在本文中,在决定一个句子是否是摘要的一部分时,同时捕获全局(整个文档)和局部上下文(例如,段落/主题)的分布式表示。
sw山禾女
·
2020-06-25 09:38
自动文摘阅读笔记
自然语言处理
深度学习
机器学习
Introduction of GNN dataset ——图神经网络数据集介绍
本文主要介绍近年来图神经网络方向使用最多的三个数据集的详细内容:Cora、Citeseer、
PubMed
。
锋大大
·
2020-06-25 06:19
GNN
关于深度学习理论和架构的最新综述(参考文献)
[CrossRef][
PubMed
]Bengio,Y.;LeCun,Y.;Hinton,G.DeepLearning.Nature2015,521,436–444.Bengio,Y.
wtuiigu
·
2020-06-24 23:45
巧用“谷歌学术”,轻松完成参考文献
巧用“谷歌学术”,轻松完成参考文献作者:毛斌“谷歌学术”是谷歌搜索引擎中的学术检索部分,相对于知网、维普、万方、
Pubmed
等专业的论文数据库来说功能单薄了些,但具有页面简约、搜索速度快、集国内外文献于一体
iamaboyy
·
2020-06-23 17:15
小插件,大作用,科研路上Scholarscope带你飞
主要的功能有两个:自动加载
PubMed
期刊的影响因子,帮助用户筛选有用的期刊。添
飞烟子
·
2020-05-31 14:19
【文献助手06】写论文必备数据库
PubMed
:网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedPubMed网页
PubMed
是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库,其数据库来源为MEDLINE
小不点Grace
·
2020-05-07 20:49
NCBI的强大
NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、
PubMed
、PudMedCentral、PubReader、Gene、theNCBITaxonomyBrowser、BL
又是一只小菜鸟
·
2020-04-02 19:39
将谷歌浏览器插件PubMedy安装到其他浏览器
上期我们介绍了一款可以在
pubmed
中显示期刊影响因子的插件PubMedy,点击一个插件搞定
pubmed
中显示期刊影响因子及全文下载查看。
生信杂谈
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2020-04-01 10:52
Meta分析选题教程新鲜出炉
课程内容:一、利用
PubMed
选题二、
meta分析TCGAGEO
·
2020-03-30 21:56
脑卒中研究资料
http://www.chinacdc.cn/mtdx/mxfcrxjbxx/201403/t20140327_94842.htm医疗的杂志搜索网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
pubmed
美环花子若野
·
2020-03-29 20:21
NLM 公布了一个重新设计的新
PubMed
数据库
NewPubMed经常使用
PubMed
的童鞋可能已经发现,美国国家医学图书馆(NLM)在今年10月份左右发布了一个新的重新设计的版本以取代
PubMed
数据库的现有版本,新版本现在已经上线,可以在https
史提芬先森
·
2020-03-29 05:33
如何把文献PDF导入EndNote
之前小博给大家介绍过EndNote的基础使用方法(忘记的小伙伴们可以复习一下~)今天小博给大家介绍的是如何把文献PDF导入EndNote,直接在EndNote上查看文献全文~一.批量下载文献PDF1.首先我们在
Pubmed
南博屹生物医学
·
2020-03-21 09:09
两种方法三步走,轻松搞定搜索文献(
PubMed
为例)
搜索策略(文末有导图)一、简单方法直接以关键词为检索词,例如【低分子肝素治疗肺栓塞】,可以分别以【低分子肝素】、【肺栓塞】作为检索词二、复杂办法
PubMed
主题词+自由词
PubMed
网址:http://
飞烟子
·
2020-03-05 13:56
Pubmed
你的
Pubmed
长这样:
pubmed
无插件.PNG我的
PubMed
长这样:pubmedgoogle插件.PNG我的
PubMed
可以实现一站式查看影响因子,期刊分区排名,文献下载(有些文献无法下载?
泥人吴
·
2020-03-01 09:09
临床激酶药物靶点一览(二)|编译
一项对科学和专利文献(
Pubmed
,Scifinder,ChEMBL)的调查显示,在这项研究中考查的243种药物中
三叶草的成长
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2020-02-18 19:31
一招搞定启动子序列查找
能查到启动子序列的网站很多,
pubmed
,ensemble,UCSC等等,可是这些网站气场太强大,小白hold不住,看得还是很迷糊,肿么破?
华联科生物
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2020-02-13 08:28
你想了解的国家自然基金单细胞项目统计分析
历年的中标项目数量从图中可以看出从2009年开始单细胞项目的项目逐年递增;根据今年
PubMed
的单细胞关键词统计论文,明显增多,未来可以预见单细胞类型的项目肯定还有增加。image历年的中标项目金额
天涯清水
·
2020-02-07 20:19
NCBI
目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库,包括:
PubMed
,PubMedCentral,a
oddxix
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2020-02-07 08:29
RISmed之查看自己研究方向近年文章发表情况
最重要的参考链接:如何优雅的用十分钟对
Pubmed
文本挖掘掌握研究现状?
二货潜
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2020-02-05 14:40
医学毕业党实用杂志推荐(1-4分)
笔者通过一些非常具有特征性的关键词检索了
pubmed
,并整理出接收生信类文章方便毕业的杂志和对应影响因子,推荐给大家。祝每一位医学博士都能顺利毕业~~!
生信狗
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2020-02-05 07:35
Pubmed
使用小记
由于工作上常用
pubmed
查阅文献,不常见的期刊要专门去查下它的影响因子,很是麻烦。这种按影响因子归类文献的方式便于查阅文献,于是照葫芦画瓢。
sunshine739383
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2020-02-01 03:43
【r<-科研|生信】使用yyplot绘制
pubmed
研究趋势
在准备转博报告的过程中觉得有必要给一些研究添加
Pubmed
研究趋势,这个功能Y叔在它的公众号推过,所以我记了一下,之前在写开题报告的时候就用了下。
王诗翔
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2020-01-01 13:34
生物信息常用数据库
NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation:美国国立生物技术信息中心,包含
PubMed
、GenBank、RefSeq、GEO这些数据库;搜索引擎:Entrez
红丸张
·
2019-12-30 18:34
干货资源-文献神器scihub升级版你值得拥有
权限只能进入该数据库去检索,并没有提供
Pubmed
的直接链接。权限非常少,仅有少数几个数据库的权
白介素2
·
2019-12-30 18:58
【2019-01-16】每日生信--用RSS订阅NCBI-
PubMed
文献
文献跟踪是少不了的,无论是某检索式的跟踪、某篇文章引文的跟踪,还是某个主题的跟踪等等。以往进行文献跟踪大多为邮件订阅,然而,利用RSS订阅会更加及时方便。RSS需要有阅读器才能使用,这样的阅读器很多,有在线阅读器(打开一个网址就可以),离线阅读器(安装软件),还有些浏览器中也有RSS阅读器的插件,目前来看,在线阅读器还是更好一些,我这里推荐googlereader.这里,我就医学专业常用的免费文摘
oddxix
·
2019-12-29 02:09
20190803 两万(20227)篇核酸适配体文献全集-免费领取
【整理流程】:以aptamer作为主题词,检索Webofscience、
pubmed
、scopus三大数据库,整合所有文献再删除重复。由于
罗昭锋
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2019-12-26 06:17
[R|数据库] m6A数据库总结(上)
因此我们可以通过
pubmed
来检索相关发表的数据库,再提取相关数据库信息即可。
xhog
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2019-12-26 01:02
String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库
它除了包含有实验数据、从
PubMed
摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
南博屹生物医学
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2019-12-25 13:24
2019-07-14
Python----->
Pubmed
文献摘要下载和整理PART2目的:下载检索词返回的文献摘要,现在仅针对NCBIpubmed数据库,下载格式为xml。
树懒吃糖_
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2019-12-25 09:50
芯片数据的标准化方法(2002年文献)
原来最初的标准化原理不过如此文章地址为:https://www.stat.berkeley.edu/~terry/zarray/Html/normspie.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
pubmed
x2yline
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2019-12-22 05:29
经常长痘的人,我就想告诉你个好消息……
其实打开医学论文数据库网站
Pubmed
输入关键词“acne(痤疮)”,扑面而来基本是痤疮的病因研究、饮食影响。
夕子叨叨
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2019-12-20 23:32
这里有油猴子脚本大合集
木有错,以前在魔改
pubmed
时分享过哦~油猴子强大之处就在于脚本啦,所以这次分享一些好用的油猴子脚本。
解不开的丁香结
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2019-12-20 13:30
数据集 | 图网络一般适用的数据集整理
(结尾附数据集下载链接)1.引文网络(Cora、
PubMed
、Citeseer)引文网络,顾名思义就是由论文和他们的关系构成的网络,这些关系包括例如引用关系、共同的作者
VTS三只小猪
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2019-12-19 23:23
NCBI数据库与工具
文献类:
PubMed
:Biomedicalliteraturecitationsandabstracts生物医学文献引文和摘要PubMedCentral:Free,fulltextlifesciencesarticles
quan575
·
2019-12-19 10:28
R语言:rvest抓取网页信息
好久没有用R了,今天复习了下,用rvest写了个抓取http://
pubmed
.cn网站关键字搜索结果的脚本,分享一下。需求按关键字搜索,并记录文章列表中的链接等信息。
无鱼二饼
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2019-12-15 06:52
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