fasta

统计碱基数目、GC含量、read数、最长的read、最短的read及平均read长度

#用于fasta格式文件的碱基数目和GC含量的统计grep-v'>'input.fa|perl-ne'{$count_A=$count_A+($_=~tr/A//);$count_T=$count_T+
aosi1971·2020-07-09 13:19

解析fasta文件

sequences={}ac=''seq=''forlineinopen("swissprot.fasta"):ifline.startswith(">")andseq!
南山欧巴·2020-07-09 08:23

【分析】CNVkit_拷贝数分析工具

下载地址：Github地址2.下载相应数据去UCSCGenomeBioinformatics下载参考数据:1.物种的参考基因组序列，采用FASTA格式[必填]2.基因注释数据库，通过RefSeq或Ensembl
oddxix·2020-07-09 06:36

Rosalind工具库：使用Biopython处理生物数据

处理这个任务的工具有很多种，比如说EMBOSS/revseq.问题：给定FASTA格式的DNA序列，判断在这些序列中，有多少条序列的反向互补链和原来的链是相同的。
徐洲更hoptop·2020-07-07 08:00

fasta和fastq格式文件的shell小练习 2019-05-04

fasta和fastq格式文件的shell小练习1统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息grep-n"^@"reads_1.fq|wc-l10219awk'{if(NR%4==1)print}
盼玉·2020-07-06 15:13

生信课程笔记5-数据格式

FastA格式>gi|187608668|ref|NM001043364.2|Bombyxmorimoricin(Mor),mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAAACTTTTTGTGGCAATGTCTCTGGTGTCATGTAGTACAGCCGCTCCFasta
bio_meow·2020-07-06 07:50

fasta文件处理小工具

fasta文件处理小工具前边我们简单介绍过什么是fasta格式，。
Neal_Bio·2020-07-04 07:20

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-07-02 07:41

使用python提取蛋白质序列的相似位点

/usr/bin/pythonimportnumpyasnpfromcollectionsimportCounterwithopen('A1.fasta','r')asA1:#打开蛋白质序列withopen
xuqimm·2020-06-30 04:06

转录组分析实战第三节： RESM对Trinity得到的转录本进行定量

前面三节，我们得到了Trinity拼接的Fasta文件（Trinity.fasta)以及通过Bowtie2将Fastq中的Reads进行回贴到Trinity.fasta文件的sam文件。
Yeyuntian·2020-06-28 23:36

Python读取fasta文件

AMPs.fasta文件格式：>AP00001|antibacterial|anticancer/tumor|antifungalGLWSKIKEVGKEAAKAAAKAAGKAALGAVSEAV>AP00004
weixin_35338624·2020-06-28 19:10

VCF （Variant Call Format）格式详解

=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta
weixin_34268610·2020-06-28 15:40

Python处理多行文本问题--一个简单方法读取多行fasta文件

在处理fasta序列时，常常会遇到一条序列多行排列的现象，如下所示：$cattest.fasta>test_1TGGGGAATCTTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGCGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCAGCTGGGAAGATAATGACGGTACCAGCAGAAGAAGCCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCG
weixin_33984032·2020-06-28 09:08

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank
白墨石·2020-06-27 00:15

多个fasta文件中去除重复序列

前言需求：N个fasta文件，里面的序列可能有大量的重复，但是其header并不一定相同，需要把他们合并并去重。
547可是贼帅的547·2020-06-26 18:37

生物信息数据格式：fastq格式

文章目录格式说明实例演练判断fastq序列编码是Phred33(Illumina1.8+)orPhred64(Illumina1.3+)fastq转换fasta格式Linux操作fastq获取数据统计reads
sunchengquan·2020-06-26 15:55

Rfam统计各种RNA

1.得到Rfam最终结果1.代码参考perl/bin/rfam_scan.pl-blastdb/biosoft/rfam11.0/Rfam.fasta/biosoft/rfam11.0/Rfam.cm{
琼脂糖·2020-06-26 04:51

基因家族鉴定分析实战操作手册

基因家族鉴定分析操作手册：基因家族基因家族鉴定基因家族鉴定分析总结1.下载基因组信息文件，gff，cds，pep，fasta文件：Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org
awk_bioinfo·2020-06-25 11:59

生信文件格式fastqc

资料推荐生信菜鸟团的浅谈FastQ和FastA格式,以及测序数据质量控制之FastQC生信技能书论坛的blat简介与格式解读还有视频讲解：英语视频；中文视频生信技能书系列视频：https://www.bilibili.com
泥人吴·2020-06-25 08:23

ape包01：介绍

ape全称AnalysesofPhylogeneticsandEvolution，主要用于系统进化树分析，包含读写各种格式的Tree及可视化，读取fasta，计算序列的距离，转换氨基酸序列构建居于距离的树
quan575·2020-06-25 03:18

序列提取 - [区段]批量 - 任何人 - 10秒上手与完成

准备数据序列文件，Fasta格式（任何Fasta格式
生信札记·2020-06-24 19:10

蛋白三级结构预测（I TASSER）

先将RNA序列用CPC2预测下氨基酸序列，当然也可以下已知的氨基酸序列，存储为fasta格式，我上批量运行的所以直接就批量递交了，大家参考即可。这里要注意的是他们会默认序列名字为seq.
落寞的橙子·2020-06-24 05:11

基因组注释之同源搜索

蛋白质序列下载2.创建本地数据库使用makeblastdb程序，对上述FASTA格式的基因组序列进行处理，建立本地BLAST数据库。
javaLi·2020-06-24 05:46

Orthologous groups

这是通过多个步骤完成的，每个步骤如下所述：1.域FASTA序列根据其家族被分类到文件中。2.每个FASTA系列文件都使用程序makeblastdb进行了一些BLAST数据库的默认设置。
keaidelele·2020-06-23 14:34

RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化

文件批量读取2.1.3.文本批量读取2.1.4.DataFrame批量读取2.2.读.sdf2.2.1.文件批量读取2.2.2.压缩包批量读取2.3.读.mol2.4.读.mol22.5.读其他格式：pdb,fasta
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

数据格式

1.fasta和fastq1.1.fasta：序列以>开头gi|gi号|来源标识|序列标识（接收号/名称等）序列描述序列中允许空格，换行，空行，直到下一个>表示序列结束1.2.fastq：序列+质量第一行以
大吉岭猹·2020-06-21 08:20

tophat软件比对-测试（2018-05-28）

2bowtie2做index建索引结果1）使用方法：bowtie2-build；比如：path/bowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genome2）参数说明：genome.fa是fasta
简单点lili·2020-06-21 02:20

R语言将一个fasta文件拆分成多个

有一个蛋白质序列文件：>tr|A0A023T6R1|A0A023T6R1_HUMANMagonashiproteinOS=HomosapiensOX=9606GN=FLJ10292PE=2SV=1MAVASDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDVMIRKEAYVHKSVMEELKRIIDDSEITKEDDALWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFT
气旋_c8b6·2020-06-18 18:07

基于3D-DNA，ALLHiC挂载二倍体基因组

个步骤：Prune:修剪（二倍体基因组可以不用）Partition:根据Hic对contig进行分组Rescue：将未分组的contig继续进行分组Optimize:确定每组的顺序和方向Build：得到fasta
斩毛毛·2020-05-17 14:39

NGS009 生信常用数据格式

Fasta&FastqFastaa也即alignment，Fasta格式也称为Pearson格式，是一种基于文本，用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式，一般为参考基因组序列。
caoqiansheng·2020-05-14 14:35

[基因组工具]seqkit的使用

SeqKit的学习--20191017软件的介绍SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。
巩翔宇Ibrahimovic·2020-04-17 22:17

框架整理系列二十四（Database 调试Android-Debug-Database）

Android-Debug-DatabaseAllthesefeaturesworkwithoutrootingyourdevice->NoneedofrooteddeviceCheckoutanotherawesomelibraryforfastandsimplenetworkinginAndroid.FastA
I_Gisvity·2020-04-14 11:51

ensembl-vep （docker：下载使用plugins、fasta、caches）

教程http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.htmldockerpullensemblorg/ensembl-vepdockerrun-tiensemblorg/ensembl-vep./vep（试验是否下载可运行）mkdir/home/vep_datachmoda+rwx/home/vep_datadocke
gong0037·2020-04-13 22:47

misa和primer3结合快速设计SSR引物

介绍misa.ini：配置文件p3_in.pl：输入misa.pl的输出结果（file.fasta.misa），将引物设计的参数文件（模板，产物长度，目标区域等）导入到一个以“p3in”为后缀的文件中
灵动的小猪·2020-04-13 18:48

蛋白质组学学习整理-研究方法概述-2

1）蛋白序列数据库：通常是FASTA格式，从公共
熊熊的向日葵·2020-04-12 18:29

简介不同的文件格之Fasta格式

在浏览核酸蛋白质数据库的时候会经常遇见不同的文件格式，常见的有Fasta格式文件、NBRF/PIR格式文件、EMBL/SWISSPROT格式文件、Clustal(*.aln)格式文件、GCG/MSF(Pileup
李则果·2020-04-10 20:44

biostar 学习笔记（4-1）--- 认识数据和数据的获取

fasta第一行以”>“开头，为序列信息。第二行开始为序列。fooATGCCbarotheroptionaltextco
绮梦云飞·2020-04-10 11:55

基因组注释之从头预测

1.创建本地BLAST数据库使用makeblastdb程序，对上述FASTA格式的蛋白质序列进行处理，建立本地BLAST数据库。makeblastdb-in.
javaLi·2020-04-09 17:34

Python文件内容替换

任务：将pep.muscle.fasta.treefile文件中的信息根据id.list列表内容进行替换，得到result.treefile文件，三个文件的内容如下：$catid.listOsativa.pep.fastariceAtrichopoda.pep.fastaAmborallaAthaliana_TAIR10
wangsb_2020·2020-04-08 03:26

2019-05-29 文件批量重命名rename

linux还是perl#文件系统如下：1.faa2.faa3.faa4.faa5.faa6.faarenamefaafasta*.faa#linuxrenamecommand,将所有尾缀faa>fasta.renam's
YPCHEN1992·2020-04-06 22:46

提取参考基因组某个位置的碱基

参考基因组格式参考基因组通常以FASTA
生信说·2020-04-03 00:03

fasta和fastq格式文件的shell小练习题作业

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
秦城听雪·2020-04-01 01:51

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

相信大家在上一文中下载fasta的时候还没有感觉到下载是多么复杂，但是对于分析比对多个序列文件时，这个工作量说多了都是泪。
白墨石·2020-03-31 11:38

BWA和Bowtie2的安装，简单使用和比较

tar.bz2tar-jxvfbwa-0.7.15.tar.bz2cdbwa-0.7.15make二.BWASYNOPSIS语法image.png三.bwa的使用需要的两种输入文件格式：Referencegenomedata（fasta
Poppy_zhu·2020-03-28 00:09

TRF（tandem repeats finder）使用手册（三）

FIile=sequencesinputfile（输入文件，需为fasta格式）Match=matchingweight（匹配上的权重）Mi
Xylona_MS·2020-03-27 20:34

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
mayoneday·2020-03-27 15:57

分析记录|blast

makeblastdb-inCAZyDB.07202017.fa-dbtypeprot-outCAZydbnohupblastp-db~/database/pfam/Pfam-A-duplicate.fasta-query
琼脂糖·2020-03-26 08:43

fasta和fastq格式文件的shell小练习

下载bowtie2软件后拿到示例数据：$mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip$cd~/biosoft/b
黄晶_id·2020-03-26 07:05

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-03-26 00:53

signalp工具+ 我的脚本

之前出现了一个bughttp://stackoverflow.com/questions/38605052/signalp-error-message-cant-locate-fasta-pm-in-inc
keaidelele·2020-03-24 14:24
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