fasta

juicer 学习

1.bwaindexmygenome.fasta2.pythongenerate_site_positions.pyHindIIIAox-genome../reference/Aox-gen
bettermaan·2023-03-12 09:57

GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\
追梦生信人·2023-03-11 11:44

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：>mkdir-p~/biosoft>cd~/biosoft>wgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip>unzipbowtie2-2.3.4.3
生信_小陌·2023-03-11 10:55

sgRNA脱靶位点检测

CHOPCHOP首先在官网界面，输入基因名字或Fasta序列，选择相应的物种，然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA。在结果文件页面，包含了10个候选的sgRNA，单击sgRNA进入单独界面，会详
谢俊飞·2023-03-11 00:05

PSI-BLAST 输出MSA与fasta

PSI-BLAST(Position-SpecificIterativeBasicLocalAlignmentSearchTool)是blastp的一种，用于发现与查询序列更远距离相关的序列。PSSM（position-specificscoringmatrix），PSI-BLAST中要用到的中间结果，也被称为profile（配置文件）。PSSM捕获保持模式的对齐并将其存储为对齐中每个位置的分数矩
气旋_c8b6·2023-03-10 18:28

2019-03-01 序列下载及合并，多序列比对，进化树

参考学习网址：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951下载序列NCBI下载序列方法下载的是基因或者蛋白质的全序列合并多个fasta
七比比·2023-03-09 23:13

blast以后使用python提取比对上的序列简单小例子

5首先是blast构建索引makeblastdb-inZjn_sc00188.1.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outzjn比对blastn-dbzjn-queryquery.fasta-outfmt5
小明的数据分析笔记本·2023-03-09 11:39

fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看

生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。
笺牒九州的怪咖·2023-02-18 22:37

基因家族分析（2）鉴定

苦荞基因组数据处理#下载基因组数据wgethttp://mbkbase.org/Pinku1/FtChromosomeV2.fasta.gzwgethttp://mbkbase.org/Pinku1/FtChromosomeV2
Bioinfor生信云·2023-02-18 02:03

基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明

简介GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。
生信师姐·2023-02-17 05:13

PythonWeb:在pycharm中的django项目上传至centos7中的nginx上部署时，文件上传路径问题

FileNotFoundError:[Errno2]Nosuchfileordirectory:'/mnt/vdb/Bioinformatics/static\\enhancerupload/fileTest08.fasta
ch_cyq·2023-02-06 13:13

PHP的效率比起JAVA简直弱爆了！

BenchmarkTimeMemoryCodemandelbrot1/5717×2×binary-trees1/431/2±fannkuch-redux1/43±±n-body1/355×±spectral-norm1/233×±fasta1
hipop·2023-02-06 08:27

本地BLAST使用方法（command line）

BasicLocalAlignmentSearchToolBLASTn：核酸序列比对核酸数据库BLASTx：核酸序列比对蛋白数据库BLASTp：蛋白序列比对蛋白数据库建库并比对1.一对一（一条序列比对一个库）建库：$makeblastdb-inyourdbseq.fasta-dbtypenucl
Xylona_MS·2023-02-05 08:07

2020-07-24

zhiwufy@DESKTOP-TC540TA:/mnt/e/dai$hisat2-f-xmixgenome-p24-Uall.fasta-Sall-picea.sam70reads;ofthese:70
陈光辉_花生所·2023-02-05 01:54

用blast进行本地化搜索PHI数据库

在下载数据前需要注册填写一点信息，如何下载fasta格式文件，命名为PHI-base.fasta。1、创建blast数据库makeblastdb-inPHI-base.fasta
咸鱼426·2023-02-04 16:26

fq转换成fa格式

awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta
山竹山竹px·2023-02-03 10:28

系统进化树的构建

一、多物种某基因家族的氨基酸序列fasta文件的准备（此例为yth基因家族）1.已鉴定物种的某基因家族文件的获取HMM文件准备查找pfam号如何查找基因家族pfam号：https://www.omicsclass.com
Htt_1996·2023-02-02 22:47

pb-assembly=0.0.6参数设置

Input输入[General]input_fofn=input.fofninput_type=rawpa_DBdust_option=truepa_fasta_filter_option=streamed-medianinput_type
我最响亮·2023-01-30 19:26

生信常用文件格式

2021.6.61.序列格式1.1fasta简介一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
lkj666·2023-01-30 09:48

fasta格式大小写转换

对于序列是大写字母的fa文件若将序列转换为小写字母命令sed'/^[A-Z]/s/[A-Z]/\l&/g'tesesed'/>/!s/[A-Z]/\l&/g'tese小写字母转换大写字母sed'/^[a-z]/s/[a-z]/\u&/g'tesesed'/>/!s/[a-z]/\u&/g'tese
啊吧啊吧鸭·2023-01-30 00:39

蛋白质多序列CD-HIT处理

db=Protein，上传文件，点击RETRIEVE按钮开始匹配3：点击右上角SENDTO:选项进行下载，注意选择保存格式（保存为FASTA格式）4：打开CD-HIT官网http://weizhongli-lab
LostWinds_0401·2023-01-29 21:51

Linux获取fasta格式的序列长度

="")printl;print;l=0;next}{l+=length($0)}END{printl}'XXX.fasta
煮梦斋_bioinfo·2023-01-26 09:41

Blast结果处理

7qaccsaccscoreevaluepidentqcovsppos")：#BLASTP2.7.1+#Query:NP_040533.1#Database:blastdatabase/ElmMotif.fasta
蓄起大胡子·2023-01-13 13:54

用正则表达式处理Blast结果

1.测试数据：和之前用到的测试数据一样，其部分内容如下所示：#BLASTP2.7.1+#Query:Q9Q6P4#Database:blastdatabase/ElmMotif.fasta#0hitsfound
蓄起大胡子·2023-01-13 13:54

IQtree：使用 SNP 数据（vcf file）构建玉米群体的 无根 系统发育树

IQtree是一款用于构建系统发育树的软件，支持Phylip、Fasta、Nexus、Clustalw等多序列比对后的数据格式。
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:53

snapgene怎么比对序列_SnapGene教程—常用生物学软件的安装与应用（一）

首先我们在NCBI上下载pUC57的FASTA序列。打开SnapGene
weixin_39531688·2023-01-11 08:58

不合适的人类参考基因组使mapping质量为0

之前抄着gatk的BestPractices做了个somatic的流程，用的是gatk这个页面发布的ucsc.hg19.fasta（md5suma244d8a32473650b25c6e8e1654387d6
无话_·2023-01-02 16:56

使用Python程序读取fasta文件reads

#!/usr/bin/python3importsysimportrefromreverse_seqimport*defformat_seq(seq,num):l=len(seq)m=l//num#取整除fseq=""foriinrange(m+1):fseq+=seq[i*num:(i+1)*num]+"\n"returnfseqif__name__=='__main__':seq_file=o
小飞棍来喽~·2022-12-29 03:34

WebLogo3为附件中.fasta里的DNA序列创建序列标识图

用WebLogo3（https://weblogo.threeplusone.com/）为附件中exercise2.fasta里的DNA序列创建序列标识图。
爱做饭的电饭煲·2022-12-28 20:43

fastq与fasta文件格式解析

fastq与fasta文件格式解析一、fasta格式二、fastq格式2.1格式说明2.2碱基质量计算2.3QualityScore简化三、二代测序的fastq文件格式介绍四、补充说明4.1illumina
中原H·2022-12-22 08:25

AlphaFold2源码解析(3)--数据预处理

AlphaFold2源码解析(3)–数据预处理数据预处理整体流程数据处理入口：feature_dict=data_pipeline.process(input_fasta_path=fasta_path
发呆的比目鱼·2022-12-16 01:58

从FASTA文件中批量提取指定序列【Python脚本】

文章目录前言一：读取含特定字符的序列并输出演示二：读到某一个字符之前的全部输出使用方法三：输出前n条序列使用方法总结前言背景：学测序流程的时候，做到mapping的时牛的基因组有两个多G，因为是在个人PC上初步学习，建立index实在太慢了，而且临时也没有现成的index。于是决定只挑基因组前十条染色体拿来练习（所以需要从基因组文件里选取序列，尝试自己用python写脚本处理）。自己的python
twocanis·2022-12-10 04:19

2022-11-29 RNA-seq数据处理

RNA-seq数据，这里使用tophat21.使用前建立index使用bowtie2建立indexbowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genomegenome.fa是基因组fasta
Zheng_xy·2022-11-29 16:56

ESM2蛋白预训练模型 蛋白质、氨基酸向量表示

action=fold1、transformers版本使用直接输入Fasta氨基酸序列格式就行；第一次下载esm2_t33_650M_UR50D模型有点
loong_XL·2022-11-27 00:38

Hisat2 比对到参考基因组

参考基因组准备:注意参考基因组版本信息#下载，Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html#http://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:45

Mothur3进阶_Mothur扩增子基因序列处理_数据比对、聚类及其处理评估

参考数据库（silva.bacteria.fasta），序列比对的起始位置为11894、结束位置为25319。为了删除leadingandtrailingdots，将keepdots设置为false。
环微分析·2022-11-23 01:41

生信小白如何利用MEGA7构建系统进化树

http://www.megasoftware.net/图片图片2、序列的准备，必须是fasta结尾的格式，其他像txt格式，软件不能识别，以下以拟南芥SPL
生信漫谈·2022-11-20 12:02

【DeepDTA+分子对接发现SARS-CoV-2药物】

用CNN学习蛋白表示，所以将FASTA序列的最大长度舍味1000个字符，截断>1000的,用0填充<1000的。3.模型使用训练过的模型预测DrugBank中的药物与24个病毒蛋白的亲
VictoryZhou_·2022-11-20 03:31

进化树加多序列比对结果可视化 | ggtree

首先利用mega进行多序列（clustalw）比对然后用最大似然法建树树文件另存为*.nwkclustalw结果另存为fas结尾的fasta格式文件利用ggtree进行可视化library(ggtree
kkkkkkang·2022-10-13 14:26

blast与blast+使用（参数、输出文件格式）

NCBI发布于2009年）下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname
纵春水东流·2022-09-28 16:33

2022-09-12 ROSALIND第五题 计算GC含量并返回最大值

#首先将文件逐行读入并且去除每一行末尾的换行符\nwithopen("ROSALIND_FASTA.txt")asfile:FASTAseq=file.readlines()FASTAseq=[x.rstrip
小孟在充电·2022-09-13 00:02

生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名

的问题一个将ensembleid转换成gene名的python脚本如何解决转录组分析中count之后遇到ensembleid的问题亲亲们好，我们做生物信息转录组分析的时候，可以走如下流程鸭：获取fastq或者fasta
生信讲师-老高·2022-09-08 04:12

BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nt] in search path解决办法

Blast网页版做生物信息的应该都用过，输入你想比对的序列或者fasta文件提交网页就能出来结果。但如果你想用blast的命令行模式，用法会跟网页版非常不一样。
生信讲师-老高·2022-09-08 04:42

基因家族分析（3）进化树构建及美化

准备文件：构建进化树的蛋白文件#使用muscle进行多序列比对muscle-inpep.fasta-outpep.mfa#结果转为phylip格式trimal
Bioinfor生信云·2022-08-07 22:23

根据id提取fasta序列

defget_trans(intrans,outtrans):withopen(intrans,"r")asmyfile:chr19_name=[]database={}f=myfile.readlines()forlineinf:ifline.startswith('>'):lin=line.strip().split("")chr=lin[0].split("-")[1]keys=line.l
纵纵纵小鸮·2022-07-27 09:13

2020.10.21【转载】丨GWAS全基因组关联分析流程

本人将在学习过后重新配图一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwam
穆易青·2022-07-19 22:15

GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\
追梦生信人·2022-07-19 22:12

Fasta文件处理常用命令

1.提取fasta文件abc.fas中序列>LG02的第164~202碱基之间序列，另存为abc_LG02_164_202.fas：$moreabc.fas|awk'BEGIN{ORS=""}{if(/
小飞虎·2022-06-23 09:46

2022-04-27使用 GSDS 绘制基因结构图

图片.pngsequence(FASTA)格式GSDS2.0目前提供四种格式：BED、GenBankAccessionNumberorGI、GTF/GFF3和sequence(FASTA)。
麦冬花儿·2022-04-27 11:52

利用Python将GB格式序列文件 转换成 Fasta格式文件

在分子生物学中我们会有将GB格式序列文件转换成Fasta格式文件的需求，这里我们利用python脚本来解决这个问题。
火卫控·2022-03-22 14:52
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