fasta 第6页

2018-03-27

的编辑模式太难用了，以后会转到word，有时间会发到微信上今天解决的问题:高通量测序原理，FASTQ和FASTA格式问题。linux中的shell,vim/vi提RNA反转录，播种拟南芥，摇农杆菌

纤蹄马·2022-02-22 05:22

根据ID从FASTA文件中批量提取序列(Python,seqtk,seqkit),参考“冷月”, "Nickier"," 苏牧传媒"

根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情，有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条，我自己写写了一个，太慢了；后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook–Coolthingstodowithit

1c43f522e1c3·2022-02-21 19:18

seqtk --- fasta/fastq文件的操作神器

seqtk是李恒编写的一款能够快速处理fa/fq文件处理的神器，不仅能处理文本格式还能直接处理gzip压缩后的fa/fq文件格式。你可能不了解李恒，但你肯定知道samtools和bwa，这些软件都出自李恒之手。因此，对于这个软件，不用过多的担心其稳定性。下载安装conda安装：condainstall-cbiocondaseqtk手动安装，命令如下：gitclonehttps://github.c

鹿无为·2022-02-19 04:55

OrthoFinder比较基因组确定基因家族

OrthoFinder易于使用，您只需要运行一套FASTA格式的蛋白质序列文件（每个物种一

小白菜学生信·2022-02-18 23:18

跑步歌曲：速度与激情原声1小时10公里

歌曲标题——歌手1、SeeYouAgainWizKhalifa/CharliePuth2、HandsintheAir8Ball3、Dominic'sStoryBT4、Fasta

跑嗨乐·2022-02-18 14:57

鸡（Gallus_gallus）转录组实战

平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件wget-chttp://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta

佳名·2022-02-16 16:22

使用SSRMMD便捷、迅速与准确地进行：SSR位点检测，多态性SSR筛选，与批量SSR引物设计

1.简介SSRMMD(SimpleSequenceRepeatMolecularMarkerDeveloper)是用Perl语言编写的软件，可以从组装序列（FASTA格式，例如：基因组或转录组）中检测完美的

月光下的辣椒侠·2022-02-13 22:23

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release

pomela·2022-02-13 13:16

Fasta序列文件合并与分割，支持.seq等无头序列

写在前面我隐约记得我写过类似主题，但也并不确定。相关功能，我并不写使用说明的冲动，一者是这些功能至少是四五年前就有的，二者是这些功能其实比较简单，但也并不常用。然而，现在我还是决定写一篇。主要动机简单，TBtools“黑转粉”的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话，我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人，确实不多。而后来，这位老铁的不少建议，我都是接受的。其中有很多好建议，尽管我

生信药丸·2022-02-12 20:01

fastq to fasta conversion

cattest.fq|paste----|cut-f1,2|sed's/^@/>/'|tr"\t""\n">file.fa

OmicsAcademy·2022-02-12 19:08

技巧 | 基因家族功能域可视化

我们先根据geneid提取fasta序列图1-根据id提取genefasta序列输入geneid和参考基因集即可提取

biogeeker·2022-02-12 09:35

【基因组学】提取基因的启动子序列

序列文件：基因组文件fasta，注释文件

巩翔宇Ibrahimovic·2022-02-09 02:34

利用重测序数据Call SNP,并尝试构建遗传图谱

/data/genome.fasta./data/${i}_1.fq./data/${i}_2.fq>./${i}

IANMOONE·2022-02-05 03:51

可以从fasta中提取基因序列的4款软件

前言做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看看是哪4个软件：seqkit、

生信店小二·2022-02-03 10:49

使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果

可视化展示可以选择用这个圈图来做首先是使用blast建库比对makeblastdb-inmt.fasta-dbtypenucl-outmtblastn-quer

小明的数据分析笔记本·2022-02-03 04:03

基因注释：MAKER全记录（参照徐洲更老师）

训练麻烦但提升效果好)GeneMark(自我训练，在碎片化基因组或长内含子上表现不佳）FGENESH(效果好，但是训练需要花钱)1.AUGUSTUS将PASA获得的database.sqlite.assemblies.fasta.transdecoder.genome.gff3

橙子_orange·2022-01-19 10:44

从参考基因组快速读取指定序列

介绍faidx是FASTA和FASTQ文件的随机读取索引。描述faiindex一般以文件名增加.fai后缀，作为文件的名称。fasta文件faiindex有5列，fastq文件会多一列质量信息。

茄子_0937·2022-01-13 16:11

perl脚本练习：fasta格式与tab格式序列之间相互转换(2)(适用范围更广)

前言我的认知里，fasta格式中“>”只会位于行首。但是我写脚本用的示例数据里出两行特殊id。这两个id中除了行首的“>”，中间还有“>”，造成原脚本不能适用。

已挪窝_学生信的大叔·2021-12-07 11:15

可变剪切|rmats

rmats下面是小编使用rmats进行可变剪切的步骤，大家感兴趣可以瞅瞅~1.下载好对应参考序列的gff文件以及fasta文件可用gffread进行转换gffread*.gff-T-

维凡生物·2021-11-30 09:11

微生物基因组学及比较基因组学分析管道PGCGAP的安装及使用详细教程

、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释，并可以进行比较基因组学分析，包括构建单拷贝核心蛋白进化树以及单拷贝核心基因SNPs进化树，基于Multi-FASTA

了尘兰若·2021-11-22 09:40

FastAPI 部署在Docker的详细过程

Dockerfile└──requirements.txtFastAPI应用程序main.py代码fromtypingimportOptionalfromfastapiimportFastAPIapp=FastA

·2021-11-11 12:07

批量下载fasta文件和gbk文件

小编作为一名有着多年工作经验生信工作者，经常要从GenBank数据库中中下载物种的基因组fasta文件和gbk文件。在

xw_欢乐豆·2021-11-05 12:04

利用pep序列构建OrgDb进行富集分析（1）

利用eggnog-mapper软件生成注释文件准备文件：pep.fasta序列(一定是蛋白序列文件)以及eggnog-mapper软件及其数据库文件step1:下载eggnog-mapper软件及其数据库

多啦A梦的时光机_648d·2021-10-27 22:14

全基因组CNV分析2. 快速上手

1.参照序列和注释数据CNVkit要求有两组基础数据才能进行分析Fasta格式的参考基因序列基因注释数据库。需要Bed或者RefFlat格式。以上的数据都要求是无压缩的独立文件。

Jason数据分析生信教室·2021-10-26 09:51

通过perl脚本将fasta格式转换为KaKs_Calculator需要的AXT格式

这个perl脚本的作用是将Mega等软件比对保存的fasta格式的结果转化为KaKs_Calculator软件需要的AXT的输入格式。

qujingtao·2021-10-26 06:28

R包biozhuoer——将fasta序列读入为tibble格式

数据：ensembl下载的TAIR10的cds序列功能介绍：biozhuoer有read_fasta()和write_fasta()两个功能read_fasta()是将fasta序列读入为tibble格式

已挪窝_学生信的大叔·2021-10-19 22:25

python：统计每条fasta序列长度

一、输入文件CARD蛋白数据库fasta文件cattest.txt>gb|ACT97415.1|ARO:3002999|CblA-1[mixedculturebacteriumAX_gF3SD01_15

胡童远·2021-10-13 18:03

2021-09-30 数据库记录格式

数据库的记录格式主要有FASTA,FASTQ,GFF,GTF，GBFF等。（1）FASTAFASTA格式也成为Pearson格式。主要用于储存DNA、RNA、蛋白序列

Xie_MJ·2021-10-01 16:06

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

vcf数据，参考序列的fasta数据，还有gff格式的注释数据。library(vcfR)#Findthefiles.vcf

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:03

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须，可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了pinfsc50包。这个包里

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:31

59.《Bioinformatics Data Skills》之解析FASTX文件并清点碱基数目

FASTA/FASTQ文件的解析看起来是一件比较容易的事情，然而如果你尝试亲自编写代码的话就会发现很难全面地考虑问题。更好的方式是使用开源的库，这些库经过了广大用户的测试，更加鲁棒，同时速度更快。

DataScience·2021-08-26 20:34

基因组注释文件格式 -- （二）GTF文件格式

UCSCGTFformathttps://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239简介GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta

我是爱哭虫小鱼·2021-08-19 15:20

生信分析常见文件格式说明

【原创】生信分析常见文件格式说明生信分析中经常会遇到各种格式特殊的文件，例如：fasta、gff、gtf、gbk、m8、sam/bam、vcf等；本文主要就生信分析中常见的一些文件格式做简单说明，持续更新中

枫狂灬呆子·2021-07-02 15:29

HLAminer1.4 (HPRA, HPTASR) 在HLA分型中的使用方法

针对database中的fasta，报错时候重新bwaindex-aisHLA-I_II_CDS.fasta1.ReadAlignment(HPRA，fasterbutlessaccurate)查看HPRArnaseq_classI-II.sh

gong0037·2021-06-27 12:41

关于pyfaidx模块的使用

1.pyfaidx的安装输入即可2.使用****字典>>>frompyfaidximportFasta>>>genes=Fasta('tests/data/genes.fasta

毛毛_a389·2021-06-26 19:57

GENES模块---批量的引物设计、批量的序列提取以及批量翻译

首先，需要将要设计的引物整理成fasta格式，如下所示：fasta格式基本格式是大于号，基因ID一行，下一行是序列。考虑到有些同学的fasta

许东·2021-06-24 23:38

基因家族鉴定---Blastp

数据：研究物种的基因组文件：Protein.fasta近源种的基因家族蛋白序列:protein.fasta建库：makeblastdb-ininput_file-dbtypemolecule_type-parse_seqids-outdatabase_name-logfileFile_Nameinput_file

MLD_TRNA·2021-06-24 20:19

利用python自NCBI下载fasta和genbank文件

恰好最近在学习Bioinformaticswithpythoncookbook这本书里的内容，其中一小部分提到利用Biopython访问genbank数据库，可以非常方便的解决自己在网络情况不佳时自NCBI下载fasta

小明的数据分析笔记本·2021-06-22 13:07

用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析

这里是网页版获取DNA序列，下载保存后可以用read.fasta打开##########################用SeqinR包获取序列并进行统计########################

Y大宽·2021-06-22 10:51

miRdeep

1.构建参考基因组的序列的indexbowtie-buildreference.fastareference2.将测序序列比对到参考基因组这里的输入序列可以是seq.txt，qseq.txt，fasta

小七玩数据·2021-06-20 23:38

我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程

准备工作：1.待分析的序列文件（fastq/fasta)，可以先筛选掉冗余的序列文件。包含每个序列文件名、所在路径的txt文件。

大坏蛋HYB·2021-06-15 13:14

bedtools----getfasta

getfasta可以根据BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色体上的位置信息，从fasta中提取feature的碱基序列bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-foTipTheheadersintheinputFASTAfilemustexactlymatchthechromosomecolumnintheBEDfile

_eason_·2021-06-15 05:06

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png

Biofantasy·2021-06-14 16:33

GATK参考序列的操作（操作FASTA格式的序列）

java-jarpicard.jarBaitDesigner\TARGET=targets.interval_list\DESIGN_NAME=new_baits\R=reference_sequence.fasta"BwaMemIndexImageCreator

Greatji·2021-06-09 17:50

系统发育（进化）树绘制小结

通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。

bioin·2021-06-07 21:31

SwiftUI 生物文件解析和预览组件支持pdb cif fasta格式 SceneKit（教程含源码）

SwiftUI生物文件解析和预览组件支持pdbciffasta格式SceneKit（教程含源码）本文价值与收获看完本文后，您将能够作出下面的界面image.png看完本文您将掌握的技能打开PDB，CIF和FASTA

iCloudEnd·2021-06-06 08:12

Python和Perl处理fasta文件对比_2018-09-11

从fasta中抽取需要的序列：Python方法一：（这种方式最慢）由于平时工作比较忙，工作中遇到的问题都没有及时记录，现在有空时间了所以整理一下一些常见的问题及技巧供大家参考：!

凤舞琦天·2021-06-04 00:48

12.《Bioinformatics Data Skills》之命令替换

举例说明：例1：统计FASTA序列数目文件内容：headexample.fasta>seq0FQTWEEFSRAAEKLYLADPMKVRVVLKYRHVDGNLCIKVTDDLVCLVYRTDQAQDVKKIEKF

DataScience·2021-05-31 13:25

全长转录本SSR预测

并给出其所在位点按照前人的经验，他们给出的下载地址为（http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html）点击DownloadSourcecode上传至服务器运行前将misa.ini与fasta

宗肃書·2021-05-19 18:27

感谢这部片告诉我人是可以吃瘦的

反正Sir是老老实实看完了——《节食与长寿》Horizon:Eat,Fasta

Sir电影·2021-05-12 09:44

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